952 ورقة بحثية
تقدم هذه الورقة امتداداً لخوارزمية SpatialLeiden يتيح تجميعاً قابلاً للتوسع على نطاق الأطلس لبيانات الأوميكس المكانية متعددة العينات، وثلاثية الأبعاد، ومتعددة الأنماط من خلال تعدد الإرسال المرن لرسوم الجيران البيانية، مما يوفر وحدات نمطية واستقراراً فائقين على الأجهزة القياسية مع التكامل مع منظومة scverse.
يُعد HMM-Flagger أداةً لا تعتمد على مرجع، حيث يستخدم نموذج ماركوف الخفي للكشف عن الأخطاء الهيكلية في تجميعات الجينوم ذات التحديد الفرداني، وقد أظهر دقة عالية على البيانات الاصطناعية ونجح في تحديد أخطاء التجميع والتحقق من صحة التكوينات الجديدة في مشاريع الجينوم البشري مثل HG002 والكونسورتيوم المرجعي للجينوم الشامل (Human Pangenome Reference Consortium).
تقدم الورقة البحثية TreeMS2، وهو إطار عمل حوسبي قابل للتوسع وغير معتمد على التوصيف، يقوم ببناء أشجار النسب الجزيئية مباشرة من بيانات مطيافية الكتلة الخام للكشف عن العلاقات التطورية والتكيفات الوظيفية عبر الأنماط الظاهرية البروتينية والأيضية.
تقدم الورقة البحثية STEQ، وهي طريقة تعتمد على المسافة لتقدير أشجار الأنواع واسعة النطاق من أشجار الجينات، وتتميز بالسرعة والاتساق الإحصائي، حيث تحقق دقة تنافسية مع الطرق الرائدة مثل ASTRAL مع تقديم قابلية توسع فائقة.
تقدم هذه الورقة طريقة سريعة، وخالية من الوسوم، وغير مدمرة لتكميم توزيعات أطوال قطع الحمض النووي (DNA) من خلال دمج مطيافية الأشعة تحت الحمراء بتحويل فورييه بالانعكاس الكلي (ATR-FTIR) ومطيافية رامان مع نماذج التعلم العميق، محققةً دقة عالية وفصلًا ناجحًا للمزيجات المعقدة بمتطلبات دنيا من العينات.
تقدم هذه الورقة إطار عمل APEX، وهو إطار عمل للذكاء الاصطناعي القابل للتفسير يدمج التضمينات التطورية وشبكات الانتباه الرسومي لتمكين اكتشاف أهداف مسببات الأمراض عبر الأنواع وتصميم الجزيئات الموجه بالجيوب، حيث نجح في تحديد أهداف دوائية جديدة وتوليد مرشحات مثبطة محددة لتطوير مضادات الميكروبات.
تقدم الورقة البحثية scDynOmics، وهو نموذج محول (transformer) قابل للتوسع وقابل للتفسير يستفيد من شبكات التنظيم الجيني وآلية الانتباه من طراز Linformer لتعلم تمثيلات مدمجة متعددة الأنماط للخلايا المفردة، والتي يتم تكييفها بكفاءة عبر وحدات ذات رتبة منخفضة لتحقيق أداء رائد في تصنيف الخلايا وتحليل المسارات.
تدمج هذه الدراسة علم الصيدلة الشبكية مع التحقق التجريبي لتوضيح أن نبات "باناکس نوتوجينسينس" (Panx notoginseng) يسرع التئام جروح الجلد لدى الجرذان من خلال تعديل السيتوكينات الالتهابية الرئيسية (TNF-α، IL-6، IL-10) عبر تنظيم متعدد المكونات ومتعدد الأهداف لمسارات إشارات NF-κB وMAPK وJAK-STAT.
تُعد SCOMV (SpatialCompassV) أداة حوسبية مبتكرة تتيح التصنيف الابتكاري للأنماط المكانية للخلايا والجينات وتحديد الجينات المتباينة مكانياً من خلال قياس العلاقات المتجهية بين مواقع النسخ ومناطق الاهتمام دون الاعتماد على توصيفات بيولوجية مسبقة.
تُظهر هذه الدراسة أن التحسينات الأخيرة في دقة تسلسل تقنية "أوكسفورد نانوبور" (ONT) تُمكّن الآن من التوليد المباشر لمتغيرات تسلسل الأمبليكون (ASVs) الخالية من الأخطاء من القراءات الخام عبر نطاق واسع من أطوال الأمبليكون، مما يسمح بتوصيف عالي الدقة للمجتمعات الميكروبية دون الاعتماد على قواعد البيانات المرجعية، رغم أن تحقيق الدقة الكاملة للأمبليكونات الطويلة جداً في العينات المعقدة يتطلب حالياً عمق تسلسل أعلى بكثير مقارً بـ "باك بيو" (PacBio).