bioinformatics ورقة بحثية

TriGraphQA: a triple graph learning framework for model quality assessment of protein complexes

يُعد TriGraphQA إطار عمل جديد للتعلم عبر الرسوم البيانية الثلاثية يحسن تقييم جودة المعقدات البروتينية من خلال الفصل الصريح بين طي السلسلة الواحدة والارتباط بين السلاسل عبر ثلاثة مناظير هندسية ووحدة تجميع سياق الواجهة، مما يجعله يتفوق على الأساليب الرائدة في تحديد التجمعات القريبة من الحالة الأصلية.

Liang, L., Zhao, K.2026-03-20

💻 المعلوماتية الحيوية

RNASTOP: A Deep Learning Framework for mRNA Chemical Stability Prediction and Optimization

يُعد RNASTOP إطار عمل جديداً للتعلم العميق يحسن بشكل كبير من دقة التنبؤ بالاستقرار الكيميائي لـ mRNA ويسمح بالتحسين العقلاني للتسلسل، مما يسرع تطوير علاجات mRNA المستقرة والفعالة.

Lin, S., Chen, J., Sun, H., Zhang, Y., Yang, W., tan, h., Wei, D.-Q., Jiang, Q., Xiong, Y.2026-03-20

💻 المعلوماتية الحيوية

Computational Prediction of Plasmodium falciparum Antigen-T-cell Receptor Interactions via Molecular Docking: Implications for Malaria Vaccine Design

تستخدم هذه الدراسة الإرساء الجزيئي الحاسوبي والمعلوماتية المناعية لتحديد PfCyRPA وPfMSP10 وPfCSP كأفضل المرشحين من مستضدات المتصورة المنجلية (Plasmodium falciparum) لتصميم لقاح الملاريا من خلال تقييم تفاعلاتها مع مستقبلات الخلايا التائية البشرية.

Kipkoech, G., Kanda, W., Irungu, B., Nyangi, M., Kimani, C., Nyangacha, R., Keter, L., Atieno, D., Gathirwa, J., Kigondu (…)2026-03-20

💻 المعلوماتية الحيوية

A Multi-Dataset Transcriptomic Analysis Unravels Core Mechanisms Involving Vitamin D Metabolism and Inflammatory Pathways for Frailty Diagnosis.

تستخدم هذه الدراسة تحليل النسخ المتعدد البيانات والتعلم الآلي لتحديد بصمات جزيئية قوية، تسلط الضوء تحديداً على استقلاب فيتامين (د) والمسارات الالتهابية، باعتبارها آليات جوهرية ومؤشرات حيوية تشخيصية للهزال.

Hu, X., Zheng, W., Li, Y., Zhou, D.2026-03-20

💻 المعلوماتية الحيوية

Differentiable Gene Set Enrichment Analysis for Pathway-Level Supervision in Transcriptomic Learning

تقدم هذه الورقة تحليل إثراء المجموعات الجينية التفاضلي (dGSEA)، وهو بديل قابل للتوسع ومستقر عددياً لتحليل إثراء المجموعات الجينية الكلاسيكي، والذي يتيح الإشراف على مستوى المسار في نماذج التنبؤ بالنسخ الوراثي من خلال استبدال عمليات التصنيف المنفصلة بتقديرات تقريبية تفاضلية، مما يسد الفجوة بين أهداف التدريب على مستوى الجينات والتفسير على مستوى المسار.

Li, S., Ruan, Y., Yang, X., Wen, Z., Saigo, H.2026-03-20

💻 المعلوماتية الحيوية

ECHO: a nanopore sequencing-based workflow for (epi)genetic profiling of the human repeatome

تقدم الورقة البحثية ECHO، وهو مسار معالجة يعتمد على Snakemake وسهل الاستخدام، يستفيد من تقنية تسلسل Oxford Nanopore لتمكين التوصيف (فوق الجيني) الشامل والقابل للتكرار والتوسع من البداية إلى النهاية للـ (epi)genetics الخاص بالـ human repeatome.

Poggiali, B., Putzeys, L., Andersen, J. D., Vidaki, A.2026-03-20

💻 المعلوماتية الحيوية

Mapping spatial cell-cell communication programs by tailoring chains of cells for transformer neural networks

تقدم الورقة البحثية scCChain، وهو إطار عمل قائم على المحولات (transformer) يقوم برسم خرائط التواصل المكاني بين الخلايا من خلال بناء وتصنيف سلاسل مخصصة من الخلايا لتحديد برامج تواصل قابلة للتفسير وتحديد مواقع بؤر التفاعل الساخنة على مستويي البقعة والخلية المنفردة.

Brunn, N., Guitart, L. C., Farhadyar, K., Fullio, C. L., Kailer, J., Vogel, T., Hackenberg, M., Binder, H.2026-03-20

💻 المعلوماتية الحيوية

Systematic assessment of machine learning-based variant annotation methods for rare variant association testing

تقوم هذه الدراسة بقياس خمس طرق لتعليق المتغيرات تعتمد على التعلم الآلي بشكل منهجي عبر بيانات "UK Biobank"، كاشفةً أن CADD v1.6 يحقق أفضل فصل للإشارات بينما تظهر AlphaMissense مشكلات في المعايرة، مما يوفر في النهاية توجيهات عملية لاختيار الطريقة وإطار عمل جديد لتقييم المعايرة في اختبار ارتباط المتغيرات النادرة.

Aguirre, M., Irudayanathan, F. J., Crow, M., Hejase, H. A., Menon, V. K., Pendergrass, R. K., McCarthy, M. I., Fletez-Br (…)2026-03-20

💻 المعلوماتية الحيوية

ISdetector: precise mapping of insertion sequences and associated structural variations from short-read sequencing data

تقدم الورقة البحثية ISdetector، وهو مسار معالجة معلوماتية حيوية قابل للتوسع ومتين يتفوق على الأدوات الحالية في رسم خرائط تسلسلات الإدراج بدقة وكشف التباينات الهيكلية المرتبطة بها في جينومات البكتيريا والعتائق باستخدام بيانات تسلسل القراءات القصيرة.

Zhou, Y., Lu, B.2026-03-20

💻 المعلوماتية الحيوية

Improving genomic language model reliability under distribution shift

تُثبت هذه الورقة أن تطبيق قياس درجة الحرارة والشبكات العصبية المعرفية يحسن بشكل كبير من موثوقية النماذج اللغوية الجينومية القائمة على المحولات عند مواجهة تحولات التوزيع، مثل البيانات الضوضائية أو المتغيرات الجديدة، عبر مهام التنبؤ الجينومي المتنوعة.

Hearne, G., Refahi, M. S., Polikar, R., Rosen, G. L.2026-03-20

→ السابق التالي ←