952 ورقة بحثية
تستخدم هذه الدراسة نهج بيولوجيا الأنظمة الحاسوبية (in silico) لتحديد المؤشرات الحيوية الجزيئية المشتركة، والشبكات التنظيمية، والأهداف العلاجية التي تتضمن مسارات الالتهاب المناعي الذاتي والأمراض المعدية عبر اضطراب ما بعد الصدمة، والفصام، والاضطراب ثنائي القطب.
تقدم هذه الورقة إطار عمل شامل للمقارنة المرجعية يقيم الأدوات الحسابية لتحليل العناصر القافزة محددة الموضع في بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي أحادي الخلية (single-cell RNA-seq)، كاشفةً أنه بينما يمكن قياس الإدراجات القديمة بدقة، لا تزال العناصر القافزة الشابة صعبة التحديد بسبب غموض التعيين، وتوصي باستراتيجيات التعيين الفريد أو تجميع العائلات الفرعية كأفضل الممارسات.
تخلص هذه الدراسة حول استعادة مرجان الأكروبورا (Acropora) في منطقة الكاريبي، باستخدام عمليات المحاكاة القائمة على الوكلاء، إلى أنه في حين يشكل التهجين خطراً منخفضاً من حيث الغمر الجيني، فإنه يقدم إمكانات محدودة للتدفق الجيني التكيفي المفيد، مما يشير إلى أن التبادل الجيني بوساطة الهجن من غير المرجح أن يساعد بشكل كبير في تعافي المرجان ضمن الجداول الزمنية ذات الصلة بالإدارة.
تقدم الورقة البحثية DeepAllele، وهو إطار عمل جديد للتعلم العميق يستفيد من مدخلات الأليل المحددة والمزدوجة من مجموعات البيانات المحددة الطور بشكل لا لبس فيه للتنبؤ بالتغيرات التنظيمية الدقيقة والكشف عن الزخارف التنظيمية من النوع cis ذات الصلة وظيفياً بدقة أكبر من الطرق الإحصائية الحالية.
تُعد EGGS أداة برمجية قائمة على لغة C صُممت لتعميم بيانات الأنماط الجينية التجريبية ذات المواقع المفقودة عبر المكررات، مع تقديم وظائف متنوعة مثل تحويل التنسيقات، وإزالة الطور، ومحاكاة أخطاء التسلسل وإزالة الأمين.
يُعد CycleGRN إطار عمل مبتكر يستنتج شبكات التنظيم الجيني من بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي أحادي الخلية (single-cell RNA-seq) عبر نمذجة العمليات البيولوجية الدورية كمعادلات تفاضلية عشوائية واستخدام رسوم بيانية موجهة محاذية للتدفق لاستعادة التفاعلات الجينية التذبذبية والاتجاهية بدقة دون الحاجة إلى التقسيم الزمني أو ديناميكيات الربط (splicing).
إنَّ MOSAIC هو إطار عمل طيفي يدمج بيانات الأوميكس المتعددة على مستوى الخلية الواحدة بمقياس سكاني في تضمين مشترك عالي الدقة للميزات مقابل العينات، وذلك لتمكين التوصيف المظهري على مستوى الأنظمة من خلال تحليل الاتصال التفاضلي، والكشف غير الموجه عن المجموعات الفرعية، وتحسين التنبؤ بالنتائج السريرية.
تقدم الورقة البحثية إطار عمل MAP، وهو إطار عمل قائم على المعرفة يدمج رسماً بيانياً للمعرفة البيولوجية واسع النطاق مع التعلم التبايني لتوليد تضمينات مدركة للآليات، مما يتيح تنبؤاً دقيقاً بصفر من الأمثلة لاستجابات الخلايا المفردة للأدوية غير الموصوفة وتحسين التعميم مقارنة بالنماذج المرجعية الحالية.
تُعد SpaMOAL طريقة تعلم تبايني قائمة على الرسوم البيانية تدمج الإحداثيات المكانية، والصور النسيجية، والملفات الجزيئية متعددة الأوميكس لتحديد المجالات النسيجية المكانية بدقة، متفوقةً بذلك على النهج الحالية في دراسات المقارنة المرجعية.
تقدم هذه الدراسة إطار عمل قائماً على النقل الأمثل يعيد بناء مسارات تمايز وهجرة خلايا CD8 T التائية المستمرة عبر الأنسجة أثناء العدوى الفيروسية، كاشفةً عن موجات متميزة من الدخول المعوي وتحديد AP4 كمنظم رئيسي يميز بين مصائر الخلايا المنتشرة في الدورة الدموية والخلايا الذاكرة المقيمة في الأنسجة.