1123 ورقة بحثية
تقدم الورقة البحثية PREMISE، وهو إطار عمل احتمالي عالي الأداء ومراعٍ للجودة يستخدم خوارزمية التوقع والتعظيم القائمة على المحاذاة للتغلب على قيود طرق الـ k-mer، مما يتيح التحديد الدقيق للأنواع الفرعية للفيروسات، وتقدير الوفرة النسبية، وكشف الأحداث المعقدة مثل إعادة التشكيل وإعادة الاندماج في فيروسات الإنفلونزا أ من بيانات التسلسل الميتاجينومي.
تقدم الورقة البحثية "Zigo"، وهي طريقة مبتكرة تعتمد على تعلم الآلة، والتي تستنتج بدقة وكفاءة الجنس الجيني من ملفات VCF القياسية باستخدام معادلة متعددة الحدود خالية من المراجع وخالية من العتبات مشتقة من توزيعات الأنماط الجينية للكروموسوم X، مما يظهر أداءً قويًا عبر أنواع متنوعة من البيانات الجينومية ومجموعات المتغيرات المحدودة.
تقدم هذه الورقة طريقة مبتكرة لمقارنة تنوع البانجينوم من خلال استكمال واستنباط أعداد العقد في رسوم دي بروين المدمجة والملونة، وذلك باستخدام أعداد هيل لتعديل تباين أعداد الجينومات والتخفيف من التأثير غير المتناسب للتسلسلات الجينية النادرة.
إن SpeciefAI هو نموذج قائم على تقنية المحولات (transformer) يقوم بتوليد مناطق إطارية للأجسام المضادة على مستوى الحمض النووي الريبوزي المرسال (mRNA) متعددة الأنواع، مصممة خصيصاً لأنواع مضيفة محددة ومناطق تحديد التنوع (CDRs) مدخلة، مما يضمن كلاً من التشابه التسلسلي العالي مع المجموعات الطبيعية والتحسين الأمثل لتكيف الكودونات من أجل التعبير العلاجي داخل الجسم الحي.
تقدم هذه الورقة مقاييس قائمة على التماثل لتقييم ومقارنة رسوم البانجينوم البيانية (تحديداً رسوم التباين ومحاذات الجينوم الكامل)، وتقترح تحويلات بين هذه النماذج، وتوفر حزمة برمجية لتنفيذ هذه الأساليب.
تقدم هذه الورقة هياكل بيانات رتبة المجموعات الفرعية (subset rank) الأسرع والأكثر كفاءة في استهلاك المساحة، والتي تتطلب أقل من 3 بت لكل k-mer، مما يتيح هياكل بحث عن k-mer جديدة مثالية من حيث باريتو (Pareto-optimal) للتحليل الجينومي عند الطرف المنخفض من طيف المساحة والزمن.
تقدم هذه الورقة البحثية الـ 10-minimizers، وهي فئة جديدة من مخططات أخذ العينات ذات المساحة الثابتة التي تحقق بشكل مبرهن كثافة أقل من الـ random minimizers في النظام غير التقاربي، وتوفر سرعات تنافسية في استرجاع الـ k-mer من خلال متغير محدد يسمى "spacers".
تقدم الورقة البحثية scTimeBench، وهي منصة تقييم معيارية تُقيّم تسعة من أحدث أساليب السلاسل الزمنية للخلية الواحدة عبر مجموعات بيانات ومهام متعددة، كاشفةً أنه في حين تحقق العديد منها دقة تنبؤ عالية، إلا أنها غالباً ما تفشل في الحفاظ على الإشارات البيولوجية وأمانة السلالة مقارنة بالنماذج المرجعية البسيطة.
تُعد MosaicTR أداة حوسبية تستفيد من تسلسل القراءة الطويلة الموّسمة بالنمط الفرداني للتقدير الكمي الدقيق لعدم الاستقرار الجسدي لكل موضع في التكرارات الترادفية، متجاوزةً بذلك قيود طرق القراءة القصيرة لتكون بمثابة مؤشر حيوي لقصور إصلاح عدم التطابق ومراقبة تطور المرض في اضطرابات تمدد التكرار.
تقدم هذه الورقة MutationNetwork، وهو إطار عمل قائم على الرسوم البيانية يدمج التفاعلات داخل الكروموسومات بعيدة المدى مع التداخلات الجينومية المحلية لبناء شبكات متمحورة حول الطفرات، مما يتيح التجميع الفعال للأنماط الفرعية لسرطان الثدي وتحديد أولويات الطفرات المحركة غير المشفرة من خلال تحليل التأثير على مستوى الشبكة.