bioinformatics ورقة بحثية

Machine learning-based rescoring with MS2Rescore boosts peptide identification and taxonomic specificity in metaproteomics

تُظهر هذه الدراسة أن الأداة القائمة على تعلم الآلة MS2Rescore تعزز بشكل كبير معدلات تحديد الببتيد والخصوصية التصنيفية في علم البروتينات المجموعاتية (metaproteomics)، مما يتيح عتبات أكثر صرامة لمعدل الاكتشاف الخاطئ وتحليلاً تصنيفياً أكثر موثوقية في العمليات اللاحقة مقارنة بسير العمل التقليدي.

Malliet, X., Declercq, A., Gabriels, R., Holstein, T., Mesuere, B., Muth, T., Verschaffelt, P., Martens, L., Van Den Bos (…)2026-02-24

💻 bioinformatics

Sequence-to-graph alignment based copy number calling using a network flow formulation

تقدم الورقة البحثية Floco، وهي طريقة مبتكرة تعمل على تحسين دقة تحديد عدد النسخ في الرسوم البيانية للجينوم من خلال الجمع بين احتمالات عمق القراءة على مستوى العقدة وصياغة تدفق الشبكة التي يتم حلها عبر البرمجة الخطية الصحيحة، مما يتغلب على قيود رسم الخرائط المرجعية الخطية التقليدية وتنبؤات عقد الرسم البياني البسيطة.

Magalhaes, H., Weber, J., Klau, G. W., Marschall, T., Prodanov, T.2026-02-24

💻 bioinformatics

CoMR: an integrative scoring pipeline for Comprehensive Mitochondrial proteome Reconstruction across eukaryotes

يقدم المؤلفون CoMR، وهو مسار تسجيل تكاملي يجمع بين التنبؤ بالاستهداف، والبحث عن التماثل، والتحليل الفيلوجيني لتحسين دقة إعادة بناء البروتينوم الميتوكوندري بشكل كبير عبر مختلف حقيقيات النوى مقارنة بالمتنبئات المستقلة.

Boisard, J., Williams, S. K., Roger, A. J., Stairs, C. W.2026-02-24

💻 bioinformatics

RSTG: Robust Generation of High Quality Spatial Transcriptomics Data using Beta Divergence Based AutoEncoder

تقترح الورقة البحثية نموذج RSTG، وهو مشفر تلقائي متين يستخدم الاستدلال التبايني القائم على تباعد بيتا لتوليد بيانات علم النسخ المكاني الاصطناعية عالية الجودة التي تستعيد المواقع الخلوية بفعالية وتحافظ على الاستقرار ضد الضوضاء، والقيم المتطرفة، وتأثيرات الدُفعات عبر مجموعات بيانات وتقنيات متعددة.

Halder, A., Ghosh, A., Bandyopadhyay, S.2026-02-24

💻 bioinformatics

How Not to be Seen: Predicting Unseen Enzyme Functions using Contrastive Learning

تقدم الورقة البحثية EnzPlacer، وهو خوارزمية تعلم تبايني تتنبأ بالسياق الوظيفي الأوسع (أرقام EC من 1 إلى 3) للإنزيمات ذات الوظائف المحددة غير المعروفة (EC 4) من خلال وضعها بدقة ضمن مساحات وظيفية معروفة لتوليد فرضيات قابلة للاختبار للتوصيف التجريبي.

Ma, X., Joshi, P., Friedberg, I., Li, Q.2026-02-24

💻 bioinformatics

BioGraphX-RNA: A Universal Physicochemical Graph Encoding for Interpretable RNA Subcellular Localization Prediction

يقدم BioGraphX-RNA إطار عمل عالمي وتفسيري لترميز الرسوم البيانية الفيزيائية الكيميائية يدمج المبادئ البيوفيزيائية مع تضمينات RiNALMo المجمدة لتحقيق تنبؤات رائدة، وعامة، وذات رؤية ميكانيكية حول التوطن داخل الخلايا للحمض النووي الريبي (RNA) عبر فئات وأنواع متنوعة.

Saeed, A., Abbas, W.2026-02-24

💻 bioinformatics

Bayesian Perspective for Orientation Determination in Cryo-EM with Application to Structural Heterogeneity Analysis

تقترح هذه الورقة إطاراً بايزياً لتقدير التوجه في المجهر الإلكتروني بالتبريد المبرد (cryo-EM) والمجهر الإلكتروني التجسيمي بالتبريد (cryo-ET)، والذي يتفوق بشكل كبير، من خلال استخدام مُقدِّر متوسط مربعات الخطأ الأدنى (MMSE)، على طرق الارتباط المتبادل التقليدية في ظروف نسبة الإشارة إلى الضجيج المنخفضة، مما يعزز دقة إعادة البناء ثلاثي الأبعاد ويُمكّن من تحليل التغاير الهيكلي عالي الدقة.

Xu, S., Balanov, A., Singer, A., Bendory, T.2026-02-23

💻 bioinformatics

Error Correction Algorithms for Efficient Gene ExpressionQuantification in Single Cell Transcriptomics

تقدم الورقة البحثية O_SCPLOWARCANEC_SCPLOW، وهي أداة سريعة ودقيقة تعمل عبر واجهة سطر الأوامر لمعالجة بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي أحادي الخلية، والتي تستفيد من طريقة Fourway لتصحيح أخطاء الباركود و الـ UMI بكفاءة، وحل القراءات إلى جينات، وقياس التعبير الجيني مع تحسين استخدام الذاكرة من خلال استراتيجية فهرسة k-mer مبتكرة.

Zentgraf, J., Schmitz, J. E., Keller, A., Rahmann, S.2026-02-23

💻 bioinformatics

A General Framework for Injecting BiophysicalPriors into Protein Embeddings

تقدم هذه الورقة ProtBFF، وهو إطار عمل غير مرتبط بمشفر محدد يعزز التنبؤ بـ $\Delta\Delta$ G للبروتين من خلال دمج الأولويات الفيزيائية الحيوية القابلة للتفسير في تمثيلات التعلم العميق عبر انتباه التضمين المتقاطع، مما يمكن النماذج العامة من التفوق على النهج المتخصصة ذات الحالة الراهنة.

Feldman, J., Maechler, A., Wang, D., Shakhnovich, E.2026-02-23

💻 bioinformatics

Comprehensive top-down mass spectral repository enables pan-dataset analysis and top-down spectral prediction

تقدم هذه الورقة TopRepo، وهو المستودع الشامل الأول الذي يضم أكثر من 18 مليون طيف كتلة من النوع "من الأعلى إلى الأسفل" (top-down) من أنواع وأجهزة متنوعة، مما يتيح تحليل الأشكال البروتينية (proteoforms) على نطاق واسع ويعزز بشكل كبير كلاً من تحديد الأشكال البروتينية والتنبؤ الطيفي القائم على التعلم العميق.

Li, K., Liu, K., Fulcher, J. M., Tang, H., Liu, X.2026-02-23

→ السابق التالي ←