bioinformatics ورقة بحثية

CellAwareGNN: Single-Cell Enhanced Knowledge Graph Foundation Model for Drug Indication Prediction

يُعد CellAwareGNN نموذجاً تأسيسياً جديداً للرسوم البيانية يدمج علم الجينوم للخلية الواحدة في رسم بياني موسع للمعرفة الطبية الحيوية (scPrimeKG) ليتفوق بشكل كبير على النماذج المرجعية الحالية في التنبؤ بدواعي الاستعمال الدوائي، لا سيما بالنسبة لأمراض المناعة الذاتية، وذلك من خلال التقاط آليات المرض الخاصة بنوع الخلية وتعزيز التفسير البيولوجي.

Zhang, X., Jeong, E., Yan, C., Feng, Y., Lyu, L., Guo, X., Chen, Y.2026-02-23

💻 bioinformatics

MetaTracer: A nucleotide alignment-based framework for high-resolution taxonomic and transcript assignment in metatranscriptomic data

يُعد MetaTracer إطار عمل مفتوح المصدر يعتمد على محاذاة النيوكليوتيدات، حيث يقوم بتعيين قراءات الميتاترانسكريبتوم بدقة لكل من المجموعات التصنيفية والجينات المُعبر عنها في تمريرة واحدة، مما يتيح تحليلاً عالي الدقة على مستوى الأنواع للمجتمعات الميكروبية كما تم إثباته في دراسات لويحة الأسنان.

Furstenau, T., Shaffer, I., Hsu, K.-L. C., Pearson, T., Ernst, R. K., Fofanov, V.2026-02-23

💻 bioinformatics

Interpretable transcriptome-to-phenotype modeling of cell-painting nuclear morphology features from RNA-seq under low-dose radiation exposure

تقدم هذه الدراسة إطار عمل للنمذجة العكسية الشفافة والمقسمة زمنياً يربط استجابات النسخ الوراثي (RNA-seq) بالتغيرات الطولية في مورفولوجيا النواة الناجمة عن الإشعاع منخفض الجرعة، وذلك باستخدام نهج انحدار صارم ثنائي المراحل لتحديد ارتباطات مستقرة وقابلة للتفسير بين الجينات والمراحل الزمنية مع التحكم في اتجاهات الجرعة والارتباك الزمني.

Jantre, S., Chopra, K., Zhao, G., Cucinell, C., Weinberg, R., Forrester, S., Brettin, T., Urban, N. M., Qian, X., Yoon (…)2026-02-23

💻 bioinformatics

Cellects, a software to quantify cell expansion and motion

تُعد Cellects أداة برمجية مفتوحة المصدر وسهلة الاستخدام تتيح التكميم الآلي للنمو البيولوجي، والحركة، والشكل المورفولوجي من بيانات الصور ثنائية الأبعاد ذات الفاصل الزمني عبر واجهة رسومية تفاعلية وواجهة برمجة تطبيقات Python قابلة للتخصيص.

Boussard, A., Petit, M., Arrufat, P., Dussutour, A., Perez-Escudero, A.2026-02-22

💻 bioinformatics

Bacterial protein function prediction via multimodal deep learning

يقدم البحث إطار عمل DeepEST، وهو إطار تعلم عميق متعدد الوسائط يدمج التعبير الجيني، والموقع الجينومي، وبنية البروتين للتنبؤ بدقة بمصطلحات الوجودية الجينية (Gene Ontology) للبروتينات البكتيرية، متفوقاً بذلك على الأساليب الحالية وممكناً من التوصيف الوظيفي للبروتينات الافتراضية غير المصنفة عبر المسببات المرضية البشرية.

Muzio, G., Adamer, M., Fernandez, L., Miklautz, L., Borgwardt, K., Avican, K.2026-02-22

💻 bioinformatics

Bias in genome-wide association test statistics due to omitted interactions

تُبين هذه الورقة أن إغفال التفاعلات الوراثية (epistatic interactions) في دراسات الارتباط الجينومي الكامل الخطية القياسية يمكن أن يؤدي إلى إحصاءات اختبار منحازة ونتائج معنوية زائفة، لا سيما في الأنظمة غير التحفظية، مما يستوجب توخي الحذر عند تفسير النتائج المستمدة من النماذج التي تفترض وجود تأثيرات جينية تراكمية بحتة.

Yelmen, B., Güler, M. N., Estonian Biobank Research Team,, Kollo, T., Möls, M., Charpiat, G., Jay, F.2026-02-22

💻 bioinformatics

STELAR-X: Scaling Coalescent-Based Species Tree Inference to 100,000 Species and Beyond

يُعد STELAR-X خوارزمية جديدة قائمة على الثلاثيات ومتسقة إحصائياً، تحقق قدرة غير مسبوقة على التوسع في استنتاج شجرة الأنواع من خلال استخدام هياكل بيانات محسنة وتوازي وحدات معالجة الرسومات لمعالجة مجموعات بيانات تصل إلى 100,000 نوع و100,000 جين مع تقليل متطلبات الوقت والذاكرة بشكل كبير مقارنة بالطرق الحالية.

Saha, A., Bayzid, M. S.2026-02-22

💻 bioinformatics

Protenix-v1: Toward High-Accuracy Open-Source Biomolecular Structure Prediction

يُعد Protenix-v1 أول نموذج مفتوح المصدر بالكامل للتنبؤ ببنية الجزيئات الحيوية يتفوق على AlphaFold3 في الدقة مع مطابقة قيوده، حيث يتميز بالتوسع عند وقت الاستدلال، وقدرات موسعة للقوالب والحمض النووي الريبي (RNA)، ونسخة أكبر مدربة لعام 2025 إلى جانب أدوات قياس أداء محسنة.

Zhang, Y., Gong, C., Zhang, H., Ma, W., Liu, Z., Chen, X., Guan, J., Wang, L., Yang, Y., Xia, Y., Xiao, W.2026-02-22

💻 bioinformatics

Paired oral clinical specimens reveal the underlying ecology supporting the emergence of inflammophilic microbiome communities

تُظهر هذه الدراسة أن الالتهاب الناجم عن المضيف يعمل كضغط انتقائي يعيد هيكلة الميكروبيوم الفموي من كائنات متعايشة مستهلكة للكربوهيدرات إلى مجتمعات متخصصة أيضياً ومحبة للالتهاب، مما يوفر إطاراً للعلاجات المستهدفة للميكروبيوم لاستعادة الاستقرار البيئي.

Krieger, M., Kerns, K. A., Palmer, E. A., McLean, J. S., Kreth, J., Yardimci, G. G., Merritt, J.2026-02-21

💻 bioinformatics

Disentangling the Impacts of Incomplete Lineage Sorting and Gene Tree Estimation Error on Species Tree Inference

تُظهر هذه الدراسة من خلال عمليات محاكاة منهجية أن خطأ تقدير شجرة الجينات (GTEE) يمارس عادةً تأثيراً ضاراً أقوى على دقة شجرة الأنواع مقارنة بفرز السلالات غير المكتمل (ILS)، وذلك رغم مستويات التباين الإجمالية المتماثلة، عبر الكشف عن أن خطأ تقدير شجرة الجينات يُولد ضجيجاً منتظماً وعالي الإنتروبيا بينما يُنتج فرز السلالات غير المكتمل انحرافاً مهيكلاً ومقيداً في توزيعات الرباعيات.

Tahmid, N., Rhythm, S. I., Bayzid, M. S.2026-02-21

→ السابق التالي ←