1123 ورقة بحثية
تقدم الورقة البحثية نموذج mnDINO، وهو نموذج تقسيم يعتمد على المحولات الرؤيوية (vision transformer) يتميز بالمتانة، تم تدريبه على مجموعة بيانات متنوعة تضم أكثر من 5,000 نواة مجهرية مشروحة لتحقيق كشف عالي الدقة لهذه الهياكل تحت الخلوية النادرة عبر مختلف المجاهر والخطوط الخلوية، مع إتاحة جميع الموارد للعموم.
تقيم هذه الدراسة 30 مقياساً لمسافة الأحماض الأمينية عبر مجموعات بيانات بيولوجية متنوعة لتثبت أن مقياساً جديداً قائماً على الإجماع، وهو DEX، والمستمد من المسح الطفري العميق وبيانات التبادل التجريبي، يتفوق على المقاييس الحالية في نمذجة أنماط استبدال الكودونات والتنبؤ بمتوسط ترددات الاستبدال.
تقوم هذه الورقة بتقديم معايير قياسية لتكامل مكتبة BEAGLE مع BEAST X لإثبات كيف يؤثر تخصيص الأجهزة وإعدادات محددة بشكل كبير على أوقات التشغيل على بيانات حقيقية لفيروس حمى الضنك، مما يضع في النهاية إرشادات للتخصيص الأمثل للموارد في التحليلات التطورية.
تقدم الورقة البحثية إطار عمل IFACE، وهو إطار مبتكر يعمل على محاذاة أسطح البروتينات من خلال الربط الاحتمالي بين الهندسة الجوهرية والحقول الكيميائية لاستخلاص مقياس مسافة مشترك وموحد، مما يميز بشكل أكثر فعالية أوجه التشابه الوظيفية والجيوب التحفيزية المحفوظة مقارنة بالطرق التقليدية القائمة على الطي.
تقدم هذه الورقة منهجية مبتكرة تدمج نماذج لغة البروتين ESM-2 مع متوسط التبديل الدوري لبناء "فضاء ببتيدي" شامل، مما يتيح الاختيار الفعال لمكتبات الببتيدات الحلقية ذات التغطية الفيزيائية الكيميائية الموحدة والأداء المتفوق في اكتشاف الأدوية المدعوم بالذكاء الاصطناعي مقارنة بالاختيار العشوائي للتسلسلات.
تقيم هذه الدراسة ثمانية نماذج للمياه مقترنة بحقل القوة AMBER Lipid21 لمحاكاة طبقات ثنائية من الـ POPC والـ DPPC، وتخلص إلى أن نموذج SPC/E هو الخيار الأمثل لإعادة إنتاج الخصائص الهيكلية، بينما يتوافق نموذج TIP4P-Ew بشكل أفضل مع ديناميكيات الانتشار الجانبي التجريبية.
تقدم هذه الورقة البحثية التطوير والتقييم القائم على المستخدم لإطار عمل "Llemy"، وهو إطار عمل وكيل يعتمد على النماذج اللغوية الكبيرة (LLM) مصمم لمساعدة الخبراء في المجال على التنقل وتلخيص خرائط التفاعلات الجزيئية المعقدة من خلال النمذجة الأولية التكرارية والتغذية الراجعة.
تقدم الورقة البحثية DIPScan، وهو سير عمل (workflow) قابل للتوسع يعتمد على Nextflow، يقوم بدقة بالكشف عن الجينومات الفيروسية التي تحتوي على عمليات حذف (DelVGs) في بيانات تسلسل الإنفلونزا، ويصحح تداخلها لضمان إنتاج جينومات إجماع دقيقة للمراقبة الوبائية.
تقدم الورقة البحثية MultiPopPred، وهي طريقة جديدة لدرجة المخاطر الجينية متعددة الأعراق تستفيد من البيانات على مستوى الأفراد من المجموعات السكانية المدروسة جيداً لتحسين دقة التنبؤ بمخاطر الأمراض بشكل كبير في مجموعات سكان جنوب آسيا غير الممثلة كفاية مقارنة بالنهج الحالية المتطورة.
تقترح هذه الورقة استراتيجية هجينة لتسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA) أحادي الخلية تجمع بين تضخيم الترانسكريبتوم الكامل بالقراءة القصيرة لضمان تغطية واسعة، والتسلسل المستهدف بالقراءة الطويلة للكشف العميق عن المتغيرات، مما يتغلب على قيود التغطية لتمكين إيجاد روابط قوية بين النمط الجيني والنمط الظاهري على مستوى الخلية الواحدة.