bioinformatics ورقة بحثية

Cell phenotypes in the biomedical literature: a systematic analysis and text mining corpus

تقدم هذه الورقة مجموعة بيانات "CellLink"، وهي مجموعة مُصنفة يدويًا تضم أكثر من 22,000 ذكر لمجتمعات خلوية من الأدبيات الطبية الحيوية، والتي تتيح التحليل المنهجي لأنماط التسمية، وتُحسن التعرف على الكيانات المسماة والربط بينها عبر التعلم الآلي، وتسهل توسيع وتنقيح أنطولوجيا الخلايا (Cell Ontology).

Rotenberg, N. H., Leaman, R., Islamaj, R., Kuivaniemi, H., Tromp, G., Fluharty, B., Richardson, S., Eastwood, C., Diller (…)2026-02-14

💻 bioinformatics

Discovery of TDP-43 aggregation inhibitors via a hybrid machine learning framework

تقدم هذه الدراسة إطار عمل هجين للتعلم الآلي نجح في تحديد والتحقق تجريبياً من جزيئين صغيرين، وهما بربروروبين (berberrubine) وPE859، كمن مثبطات فعالة لتجمع بروتين TDP-43 ذات إمكانات علاجية للأمراض التنكسية العصبية.

Kapsiani, S., Vora, S., Fernandez-Villegas, A., Kaminski, C. F., Läubli, N. F., Kaminski Schierle, G. S.2026-02-14

💻 bioinformatics

CodonRL: Multi-Objective Codon Sequence Optimization Using Demonstration-Guided Reinforcement Learning

يُعد CodonRL إطار عمل للتعلم التعزيزي الموجه بالنماذج التوضيحية يتغلب على تحديات مساحات البحث الضخمة والمكافآت المتأخرة في تحسين الكودونات متعدد الأهداف، متفوقاً بذلك على الأساليب الرائدة مثل GEMORNA من خلال تحسين كفاءة الترجمة، واستقرار الحمض النووي الريبوزي (RNA)، والخصائص التركيبية عبر البروتينات البشرية بشكل كبير.

Du, S., Kaynar, G., Li, J., You, Z., Tang, S., Kingsford, C.2026-02-14

💻 bioinformatics

Feature-based in-silico model to predict the Mycobacterium tuberculosis bedaquiline phenotype associated with Rv0678 variants

طورت هذه الدراسة نموذج تعلم آلي عالي الأداء يتنبأ بالأنماط الظاهرية لمقاومة بكتيريا المتفطرة السلية لعقار بيداكويلين المرتبطة بمتغيرات Rv0678، وذلك من خلال دمج خمس ميزات رئيسية تسلسلية وكيميائية حيوية وهيكلية، مما يقدم أداة محتملة لتوجيه الإدارة السريرية لمرض السل المقاوم للريفامبيسين.

Quispe Rojas, W., de Diego Fuertes, M., Rennie, V., Riviere, E., Safarpour, M., Van Rie, A.2026-02-14

💻 bioinformatics

Theseus: Fast and Optimal Affine-Gap Sequence-to-Graph Alignment

تعد Theseus خوارزمية محاذاة تسلسل إلى رسم بياني ذات فجوات تباينية، وهي خوارزمية جديدة وسريعة ومثالية تستفيد من الانتقالات القطرية واستراتيجيات البيانات المتفرقة لتتفوق بشكل كبير على الأساليب الحالية في السرعة مع الحفاظ على المثالية لتطبيقات مثل محاذاة التسلسلات المتعددة ورسم خرائط قراءات البانجينوم.

Jimenez-Blanco, A., Lopez-Villellas, L., Moure, J. C., Moreto, M., Marco-Sola, S.2026-02-14

💻 bioinformatics

GeneReL: A Large Language Model-Powered Platform for Gene Regulatory Relationship Extraction with Community Curation

تُعد GeneReL منصة متكاملة تستفيد من مسار نماذج لغوية كبيرة متعدد المستويات ونظام تنسيق مدفوع بالمجتمع لاستخراج والتحقق من التفاعلات التنظيمية الجينية عالية الثقة في نبات الأرابيدوبسيس ثاليانا (Arabidopsis thaliana) من الأدبيات العلمية.

Park, J.-S., Ha, S., Lee, Y., Kang, Y. J.2026-02-12

💻 bioinformatics

Cigarette smoke induces colon cancer by regulating the gut microbiota and related metabolites

تُظهر هذه الدراسة أن دخان السجائر يزيد من خطر الإصابة بسرطان القولون والمستقيم عن طريق إحداث خلل في التوازن الميكروبي المعوي وتغيرات أيضية، والتي بدورها تثبط جينات كابتة للأورام رئيسية مثل *CPT2* لتعزيز تطور الورم.

Li, W., Bao, Y.-n., Zhao, Q., Yang, X., Gong, Y., Gan, B.2026-02-11

💻 bioinformatics

A global survey of System Biology-based predictions of gene-rare disease associations to enhance new diagnoses

تقترح هذه الورقة تحليلاً عالمياً قائماً على الشبكات لارتباطات الجينات والأمراض لإنشاء درجة نوعية تعمل على تحسين ترتيب أولويات المتغيرات الجينية لتشخيص الأمراض النادرة.

Benitez, Y., Uria-Regojo, G., Minguez, P.2026-02-11

💻 bioinformatics

Adaptive and Spandrel-like Constraints at Functional Sites in Protein Folds

من خلال الجمع بين الطي العكسي وتحليل الإحباط، تقترح هذه الدراسة أن بعض بؤر الإحباط المحفوظة تطورياً تعمل بمثابة "دعامات معمارية" (architectural spandrels)—وهي قيود فيزيائية متأصلة في طيات البروتين لم يتم اختيارها مباشرة من أجل الاستقرار، ولكن تم توظيفها لاحقاً من قبل التطور لتسهيل الوظيفة الجزيئية.

Poley-Gil, M., Fernandez-Martin, M., Banka, A., Heinzinger, M., Rost, B., Valencia, A., Parra, R. G.2026-02-11

💻 bioinformatics

Siderophore identification in microorganisms associated with marine sponges by LC-HRMS and a data analytic approach in R.

تقدم هذه الدراسة سير عمل تحليلياً يعتمد على تقنية LC-HRMS وغير معتمد على المزارع الجرثومية باستخدام لغة R لتحديد والتحقق من مشهد متنوع يضم 59 من السيدروفورات المحتملة ضمن الميكروبيومات لثلاثة أنواع من الإسفنج البحري.

Rios, A. G., Kato, M. J., Yamaguchi, L. F., Esposito, B. P., Arenas, A. F.2026-02-11

→ السابق التالي ←