1123 ورقة بحثية
تقدم الورقة البحثية نموذج SPAE، وهو نموذج مشفر تلقائي جيبي وقطعي مدمج يحسن بشكل كبير من دقة ومتانة توصيف ديناميكيات وحالات دورة الخلية في بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي أحادي الخلية (single-cell RNA-seq) مقارنة بالطرق الحالية.
تُعد REMAG أداة مبتكرة تستفيد من التعلم التبايني والنماذج التأسيسية الجينومية للتغلب على القيود الحالية في استعادة جينومات مجمعة من الميتاجينوميات حقيقية النواة عالية الجودة وشبه كاملة من بيانات الميتاجينوميات ذات القراءات الطويلة.
لمعالجة أوجه القصور في الأدوات الحالية من حيث المرونة والتفاعلية، طوّر المؤلفون geneSTRUCTURE، وهو منصة حديثة تعتمد على سطر الأوامر وواجهة الويب تتيح تصوراً عالي الدقة وقابلاً للتخصيص لبنى الجينات والتعليقات التوضيحية الإضافية باستخدام تنسيقات GFF3 وGTF.
تقدم هذه الدراسة أول تجميع لنمط فردي (haplotype) بدقة "من التيلومير إلى التيلومير" لجينوم أوركيد *Dendrobium officinale* رباعي الصيغة الصبغية الذاتي، مما يكشف عن تاريخ تعدد الصيغ الصبغية الحديث الخاص به ويحدد جينات SWEET النوعية للجذور التي من المرجح أن تدعم تكافلها الفطري المتخصص.
تقترح هذه الدراسة مساراً للتعلم الآلي والتعلم العميق يصنف الأفراد بناءً على بيانات النمط الجيني لتحديد الجينات المرتبطة بالنمط الظاهري، مما يثبت أن تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNPs) التي اختارتها النماذج عالية الأداء تمنح أولوية فعالة للجينات المرتبطة بالمرض بمتوسط نسبة تحديد للجينات يبلغ 0.84.
تستخدم هذه الدراسة نهجاً متعدد الأهداف عبر المحاكاة الحاسوبية (*in silico*)، بما في ذلك الإرساء الجزيئي، ومحاكاة الديناميكا، وحسابات طاقة الارتباط الحرة، لتثبت أن مادة "ويثافيرين أ" (Withaferin A) تُظهر إمكانات واعدة مضادة للفيروسات ضد بروتينات فيروس ماربورغ الرئيسية (VP35 وNP) مع خصائص شبيهة بالأدوية، مما يستوجب مزيداً من التحقق التجريبي.
تقدم هذه الدراسة إطار عمل محاكاة جديد مفتوح المصدر لتوليد مجموعات بيانات واقعية من تقنية "أكسفورد نانوبور" للقراءات الطويلة، وتقدم أول تقييم مرجعي شامل يقارن بين ثلاث أدوات للكشف عن الحمض النووي الريبوزي الدائري (CIRI-long وIsoCIRC وcircNICK-Irs)، كاشفةً عن ملفات أدائها المتميزة وتداخلها المحدود لتوجيه عمليات اختيار الأدوات وتطويرها في المستقبل.
تقترح هذه الورقة البحثية إطار عمل SI-ADMM، وهو إطار تعلم مشترك مبتكر قائم على تحليل التنسور-تنسور المقترن الذي يدمج معلومات الأدوية المساعدة متعددة الرؤى للتنبؤ في آن واحد بفعالية تركيبات الأدوية والتفاعلات بين الأدوية، مما يظهر متانة وأداءً فائقين في كل من سيناريوهات الإكمال القياسية وسيناريوهات التنبؤ بالأدوية الجديدة الواقعية.
تقدم الورقة البحثية t2pmhc، وهو إطار عمل للشبكات العصبية الرسومية القائم على البنية والذي يستفيد من الهياكل ثلاثية الأبعاد المتوقعة لمعقدات TCR-pMHC لتحقيق تعميم فائق للببتيدات غير المرئية وتنبؤات ارتباط متسقة بيولوجياً مقارنة بالطرق الحالية القائمة على التسلسل.
تقدم الورقة البحثية RigidSSL، وهو إطار عمل للتعلم الذاتي الموجه بالصلابة يستفيد من التدريب المسبق الهندسي على الهياكل الثابتة ومسارات الديناميكا الجزيئية لتعزيز قابلية تصميم البروتينات، والجدة، ونمذجة المجموعات التشكيلية الواقعية بيوفيزيائياً بشكل كبير.