💻 bioinformatics

The Phylogenetic Structure of β-diversity: Covariance Matrix Sparsification of Critical Beta-splitting Trees

تُظهر هذه الورقة أن موجهات "هار" (Haar-like wavelets) تعمل بفعالية على جعل مصفوفات التباين الوراثي العشبي للأشجار الواقعية ذات "انقسام بيتا الحرج" (critical beta-splitting) متفرقة، مما يتيح مقياس مسافة ذا معنى بيولوجي يحدد الانقسامات التطورية الهامة المسؤولة عن الاختلافات التركيبية بين البيئات الميكروبية.

Svihla, S. P., Lladser, M. E.2026-02-11
💻 bioinformatics

CoPrimeEEG: CRT-Guided Dual-Branch Reconstruction from Co-Prime Sub-Nyquist EEG

يُعد CoPrimeEEG إطار عمل لإعادة البناء العصبي يستخدم أخذ عينات تحت-ناي كويست (sub-Nyquist) مت coprime وبنية ثنائية الفروع موجهة بنظرية الباقي الصينية (CRT)، وذلك لإعادة بناء إشارات EEG عالية الدقة بكفاءة مع التنبؤ في الوقت ذاته بالأقنعة الزمنية وميزات قدرة النطاق.

Yu, Y., Liu, D., Wu, Y. N.2026-02-10
💻 bioinformatics

Parsimonious cell co-localization scoring for spatial transcriptomics

تقدم الورقة البحثية درجة "نتاج الجوار المشترك في الموقع" (NPC)، وهي مقياس متعدد المتغيرات يتسم بالكفاءة والقابلية للتفسير، صُمم لقياس وتحديد الموقع المكاني للظهور المشترك لأنواع الخلايا في مجموعات بيانات النسخ المكاني.

Gingerich, I. K., Frost, H. R.2026-02-10
💻 bioinformatics

Enumerating the chemical exposome using in-silico transformation analysis : an example using insecticides

تقدم هذه الورقة سير عمل متكامل عبر المحاكاة الحاسوبية (in-silico) يستفيد من تعلم الآلة وموارد البيانات الكيميائية لحصر وتحديد أولويات آلاف نواتج تحول المبيدات الحشرية المحتملة، مما يؤدي إلى توسيع الحيز الكيميائي المعروف للمعرضات (exposome).

Jothiramajayam, M., Barupal, D. K.2026-02-09
💻 bioinformatics

Orchestrating Spatial Transcriptomics Analysis with Bioconductor

يقدم هذا البحث كتاباً إلكترونياً متاحاً بحرية ومحدثاً باستمرار يوفر أمثلة برمجية، ومجموعات بيانات، وسير عمل قابلة لإعادة الإنتاج لتحليل بيانات النسخ المكاني باستخدام Bioconductor في لغة R، مع دعم قابلية التشغيل البيني مع لغة Python.

Crowell, H. L., Dong, Y., Billato, I., Cai, P., Emons, M., Gunz, S., Guo, B., Li, M., Mahmoud, A., Manukyan, A., Pages (…)2026-02-09
💻 bioinformatics

Exercise-conditioned tear fluid suppresses myopia progression

تُظهر هذه الدراسة أن سائل الدمع الذي يتم جمعه بعد ممارسة التمارين الهوائية متوسطة الشدة، وليس قبلها، يثبط بشكل كبير تطور قصر النظر في نموذج خنزير غينيا، مما يكشف عن آلية علاجية جديدة بوساطة التمارين الرياضية لعلاج قصر النظر.

Yao, H., Liang, M., Fei, Q., Cao, J., Liang, T., Zhou, X., Zhang, S., Cui, Q.2026-02-09
💻 bioinformatics

DEPower: approximate power analysis with DESeq2

تقدم الورقة البحثية DEPower، وهي أداة قائمة على الويب ومستندة إلى إطار عمل نموذج DESeq2، والتي تمكن الباحثين من إجراء تحليل دقيق لقوة الاختبار لتحديد أحجام العينات المثلى في كل من تجارب تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA-seq) للكتلة والخلية الواحدة.

Gorin, G., Guruge, D., Goodman, L.2026-02-09
💻 bioinformatics

Proteins as Statistical Languages: Information-Theoretic Signatures of Proteomes Across the Tree of Life

تقترح هذه الورقة إطاراً لغوياً إحصائياً لتحليل البروتينات عبر قياس الواصفات المعلوماتية الجوهرية والقدرة على الضغط عبر كائنات متنوعة، مما يكشف أن تسلسلات البروتين الحقيقية تظهر تبعيات موضعية وتعقيداً في التكرار يتجاوزان بشكل كبير ما تتنبأ به النماذج التركيبية البسيطة أو نماذج ماركوف من الدرجة الأولى.

Alegre, E. O. T.2026-02-08
💻 bioinformatics

Scaling Variant-Aware Multiplex Primer Design

تقدم هذه الورقة Δ\Delta-PRO، وهو إطار عمل قابل للتوسع ومبني على أسس منهجية لتصميم البادئات متعددة التعددات (multiplex primer design) الواعية بالمتغيرات، والذي يجمع بين خوارزمية شبه خطية لتحسين منطقة تصميم البادئ (Primer Design Region) القوية وبين تقريب استدلالي فعال لاختيار المجموعات الفرعية الديناميكية الحرارية، متفوقاً بذلك على الأدوات الحالية في إنشاء لوحات تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) مدمجة ومستقرة لمجموعات بيانات مسببات الأمراض المتنوعة.

Han, Y., Boucher, C.2026-02-06
💻 bioinformatics

Prediction of protein-carbohydrate binding sites from protein primary sequence

تقدم هذه الدراسة StackCBEmbed، وهو نموذج تعلم آلي تجميعي مبتكر يجمع بين سمات التسلسل التقليدية وتضمينات نماذج لغة البروتين سابقة التدريب للتنبؤ بدقة بمواقع ارتباط البروتين بالكربوهيدرات على مستوى الثمالة مباشرة من التسلسلات الأولية.

Nafi, M. M. I., Nawar, Q. F., Islam, T. N., Rahman, M. S.2026-02-05