1121 ورقة بحثية
إن CHACAM هو إطار عمل للتعلم الآلي الخاضع للإشراف يدمج التعبير الجيني، وتفاعلات الربيطة والمستقبل، وخرائط الاتصال الخلوي لتحديد الهويات الخلوية الغامضة في التطور الجنيني المبكر لديدان *C. elegans* من خلال الاستفادة من توقيعات التفاعل بين الخلايا من أجل توصيف عالي الدقة.
تقدم الورقة البحثية PeTriPPI2، وهو إطار عمل هجين يدمج تضمينات تسلسل ESM-2 مع تمثيلات PeTriBERT الهيكلية للتنبؤ بالتفاعلات بين البروتينات، محققاً دقة وإحكاماً عاليين على مجموعة بيانات Pinder مع إثبات القيمة التكاملية لكل من الميزات التسلسلية والهيكلية من خلال دراسات الاستئصال.
تُظهر هذه الدراسة أن استخدام محفزات MDM2 P1 مقابل P2 يعمل كمفتاح جزيئي يميز بين الأنماط الظاهرية لسرطان القولون والمستقيم ذات المنشأ المعدي (gastric-metaplastic) والناتجة عن عدم الاستقرار الكروموسومي وبين تلك الناتجة عن التكيف البيئي، مما يتيح تصنيف المرضى حسب الاستجابة العلاجية.
تقدم الورقة البحثية "Murmurent"، وهو بيئة برمجية مشتركة ومفتوحة المصدر مصممة لدعم الأبحاث الطبية الحيوية التعاونية من خلال توفير وكلاء متخصصين، وذاكرة متعددة المستويات، وقابلية التتبع، وإجراءات تشغيل قياسية مفروضة تقلل من الحواجز التقنية للمختبرات الأكاديمية التي تستخدم الذكاء الاصطناٍعي الوكيل، وهو ما تم إثباته من خلال تطبيقه في تحديد المثبطات لبروتين Pin1.
تقدم هذه الورقة طريقة تصنيف مبتكرة تستخدم الزخارف المحفوظة والـ k-mers الفجوية للكشف عن تسلسلات 16S rRNA المتحولة عشوائياً والتي تحاكي البيانات البيولوجية الطبيعية، محققة دقة تتجاوز 90% لحماية قواعد البيانات العامة من التلوث المحتمل بواسطة التسلسلات المولدة أو المعدلة بواسطة الذكاء الاصطناعي.
تقدم الورقة البحثية إطار عمل PRIORITI، وهو إطار عمل مقاوم للتسرب يستفيد من النماذج اللغوية الكبيرة الموجهة بالمجال لتخليق أدلة بيولوجية غير مرتبطة بدواء معين لإنشاء توقعات معايرة وقابلة للتفسير لنجاح الهدف والاستطباب، متفوقاً بذلك على النماذج المرجعية الحالية في كل من التقييمات التاريخية والاستشرافية.
تقدم هذه الورقة بحث PanVasc، وهو إطار عمل قابل للتنفيذ للتحليل المدعوم بالذكاء الاصطناعي للأدلة في التدخلات الوعائية الشاملة، والذي يقيم قدرة نموذج Qwen3-4B محلي على الحفاظ على أمانة المصدر والدقة الدلالية من خلال تجارب منضبطة، مسلطاً الضوء في النهاية على الحاجة إلى التوسيم والتحقق المتخصصين في المجال بدلاً من ادعاء الاكتشاف العلمي المستقل.
تكشف هذه الدراسة أن أهداف الحمض النووي الريبوزي مزدوج السلسلة (dsRNA) النموذجية لمضادات الفطريات المستخدمة في إسكات الجينات المستحث بالرش تحتوي تكراراً على تطابقات مثالية بطول 21 نيوكليوتيد مع فطريات نافعة، مما يشير إلى خطر كبير من التأثيرات غير المستهدفة تفشل لوائح فحص الشاشة الحالية في اكتشافه.
تقدم الورقة البحثية ProcessNets، وهو إطار عمل يستخدم بنية بيانات جديدة تشبه شجرة تطور السلالات تسمى nc-tree لتمثيل خصائص الشبكة عبر مجموعات من الشبكات البيولوجية المتشابهة بشكل مدمج وحسابها بكفاءة، محققةً وفراً كبيراً في المساحة والوقت مقارنة بطرق التحليل المستقلة التقليدية.
تعد vep-rs إعادة تنفيذ بلغة Rust لأداة Ensembl VEP ذات إنتاجية عالية، حيث تحقق توافقاً شبه تام مع الأداة الأصلية عبر ملايين المتغيرات مع تقديم أداء أسرع بمقدار 78 إلى 284 ضعفاً وتصحيح العديد من العيوب الموثقة في تنفيذ لغة Perl.