💻 Category

bioinformatics

1124 ورقة بحثية

💻 المعلوماتية الحيوية

In silico transcriptomic analysis reveals shared molecular signatures and immune-associated pathways between Hashimotos thyroiditis and type 2 diabetes with exploratory drug repurposing

تستخدم هذه الدراسة تحليل النسخ المتماثل في السيليكو (in silico) لتحديد التواقيع الجزيئية المشتركة المرتبطة بالمناعة والجينات الرئيسية بين التهاب الغدة الدرقية هاشيموتو وداء السكري من النوع الثاني، ومن ثم ترتيب أولوية ثلاثة أدوية مرشحة (جليكليكوان، وحمض الأوليانوليك، وجليبيد) لإعادة الاستخدام المحتمل لمعالجة هذا المرض المصاحب.

Sharma, O., Ahmed, F., Sharma, D., Sharma, A., Noor, T., Faysal, F., Ahmed, F., Hossain, S., Noman, A., Latif, M. A., Al (…)2026-02-17
💻 المعلوماتية الحيوية

Systematic Evaluation of Transfer Learning Strategies for Clinical Chemotherapy Response Prediction

تقيم هذه الدراسة بشكل منهجي استراتيجيات تعلم النقل للتنبؤ بالاستجابة للعلاج الكيميائي السريري باستخدام بيانات TCGA، كاشفةً أن معظم طرق النقل المباشر تفشل في تحسين الأداء بينما تقدم النهج الهجينة وضبط النموذج الدقيق مكاسب أكثر موثوقية.

Du, H., Ballester, P.2026-02-17
💻 المعلوماتية الحيوية

rustybam: a composable toolkit for alignment analysis and visualization with SafFire

تقدم الورقة rustybam، وهي مجموعة أدوات قائمة على سطر الأوامر بلغة Rust لمعالجة محاذاة ملفات PAF وBAM مع مراعاة CIGAR، وSafFire، وهي أداة قائمة على المتصفح للتصور التفاعلي لمقارنة الجينوم، وكلاهما مفتوح المصدر ومصمم لتسهيل تحليل المحاذاة واستكشاف المتغيرات الهيكلية.

Vollger, M. R.2026-02-17
💻 المعلوماتية الحيوية

Gene-based calibration of high-throughput functional assays for clinical variant classification

تقدم الورقة البحثية ExCALIBR، وهو إطار عمل شبه مُشرف يعمل على معايرة بيانات المقايسات الوظيفية عالية الإنتاجية باستخدام مزيجات التوزيع الطبيعي الملتوي لتوليد احتمالات خاصة بالمتغيرات فيما يتعلق بالإمراض، مما يتغلب على ذاتية العتبات الحالية الخاصة بالجينات ويقلل بشكل كبير من المتغيرات غير محددة الأهمية عبر 80 مجموعة بيانات.

Zeiberg, D., Stewart, R. C., Jain, S., Tejura, M., McEwen, A. E., Fayer, S., Sverchkov, Y., Craven, M., Pejaver, V., Rub (…)2026-02-16
💻 المعلوماتية الحيوية

resLens: genomic language models to enhance antibiotic resistance gene detection

تقدم الورقة البحثية resLens، وهي عائلة من النماذج اللغوية الجينومية التي تتفوق على الطرق التقليدية القائمة على المحاذاة في اكتشاف جينات مقاومة المضادات الحيوية من خلال الاستفادة من التمثيلات الجينومية الكامنة لتحديد المتواليات غير المتشابهة مع المراجع المعروفة.

Mollerus, M., Dittmar, K., Crandall, K. A., Rahnavard, A.2026-02-16
💻 المعلوماتية الحيوية

rbio1-training scientific reasoning LLMs with biological world models as soft verifiers

تقدم هذه الورقة البحثية rbio1، وهو نموذج استدلال بيولوجي تم تدريبه عبر التعلم التعزيزي باستخدام نماذج عالم بيولوجية كمدققات ناعمة لمحاكاة التجارب، مما حقق أداءً هو الأفضل من نوعه في التنبؤ بالاضطرابات والنقل الصفري للمهام المرتبطة بالحالة المرضية دون الحاجة إلى بيانات تجريبية مكلفة.

Istrate, A.-M., Milletari, F., Castrotorres, F., Tomczak, J. M., Torkar, M., Li, D., Karaletsos, T.2026-02-16
💻 المعلوماتية الحيوية

DupyliCate: mining, classifying, and characterizing gene duplications

تُعد DupliCate أداة بايثون متعددة الاستخدامات وعالية الإنتاجية، صُممت لتحديد وتصنيف وتوصيف تضاعفات الجينات عبر أنواع متنوعة، كما تم إثبات ذلك من خلال تطبيقها على مختلف جينومات النباتات وغير النباتات ودراسات حالة تطورية محددة.

Natarajan, S., Pucker, B.2026-02-16
💻 المعلوماتية الحيوية

Learning fragment-based segmentation of binding sites from molecular dynamics: a proof-of-concept on cardiac myosin.

تقدم هذه الدراسة FragBEST-Myo، وهي أداة تقسيم دلالي تعتمد على التعلم العميق تستخدم خرائط احتمالية ارتباط الشظايا المستمدة من الديناميكا الجزيئية لتوصيف مواقع ارتباط الميوسين القلبي بدقة وفحص هيئات حالة "أبو" (apo-state) بفعالية من أجل الإرساء التجميعي.

Yang, Y.-Y., Pickersgill, R. W., Fornili, A.2026-02-16
💻 المعلوماتية الحيوية

Benchmarking within-sample minority variant detection with short-read sequencing in M. tuberculosis

تقوم هذه الدراسة بقياس أداء سبعة من أدوات تحديد المتغيرات الجينية باستخدام بيانات محاكاة لمتفطرة السلية لتحديد FreeBayes كأكثر أداة فعالية في اكتشاف المتغيرات منخفضة التردد، كما تقدم نموذج خطأ جديداً يقلل بشكل كبير من الإيجابيات الكاذبة مع الحفاظ على المتغيرات الحقيقية.

Mulaudzi, S., Kulkarni, S., Marin, M. G., Farhat, M. R.2026-02-16
💻 المعلوماتية الحيوية

Leveraging ONT move table values for signal aware variant calling

يُعد Clair3 v2 طريقة فعالة حاسوبياً لتحديد المتغيرات الجينية، حيث يستفيد من جدول الحركة الخفيف الخاص بتقنية ONT ومعلومات زمن المكوث لتحسين دقة تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNP) وعمليات الغرز والحذف (Indel) بشكل كبير، لا سيما في المناطق الجينومية المعقدة، مع الحفاظ على عبء تشغيلي ضئيل مقارنة بالنهج الحالية الواعية بالإشارة.

Yu, X., Zheng, Z., Chen, L., Qin, Z., He, M., Luo, R.2026-02-16