1124 ورقة بحثية
يُعد IntelliFold-2 نموذجاً مفتوح المصدر للتنبؤ بالبنية الجزيئية الحيوية يتفوق على AlphaFold 3 في الدقة والمتانة — لا سيما في تفاعلات الأجسام المضادة والمستضدات وتفاعلات البروتين واللجين — من خلال تقديم تحسينات معمارية مثل قياس الفضاء الكامن، والذرّة العشوائية، وتحسين الانتشار الموجه بالسياسة.
تقدم هذه الورقة مجموعة بيانات "CellLink"، وهي مجموعة مُصنفة يدويًا تضم أكثر من 22,000 ذكر لمجتمعات خلوية من الأدبيات الطبية الحيوية، والتي تتيح التحليل المنهجي لأنماط التسمية، وتُحسن التعرف على الكيانات المسماة والربط بينها عبر التعلم الآلي، وتسهل توسيع وتنقيح أنطولوجيا الخلايا (Cell Ontology).
تقدم هذه الدراسة إطار عمل هجين للتعلم الآلي نجح في تحديد والتحقق تجريبياً من جزيئين صغيرين، وهما بربروروبين (berberrubine) وPE859، كمن مثبطات فعالة لتجمع بروتين TDP-43 ذات إمكانات علاجية للأمراض التنكسية العصبية.
يُعد CodonRL إطار عمل للتعلم التعزيزي الموجه بالنماذج التوضيحية يتغلب على تحديات مساحات البحث الضخمة والمكافآت المتأخرة في تحسين الكودونات متعدد الأهداف، متفوقاً بذلك على الأساليب الرائدة مثل GEMORNA من خلال تحسين كفاءة الترجمة، واستقرار الحمض النووي الريبوزي (RNA)، والخصائص التركيبية عبر البروتينات البشرية بشكل كبير.
طورت هذه الدراسة نموذج تعلم آلي عالي الأداء يتنبأ بالأنماط الظاهرية لمقاومة بكتيريا المتفطرة السلية لعقار بيداكويلين المرتبطة بمتغيرات Rv0678، وذلك من خلال دمج خمس ميزات رئيسية تسلسلية وكيميائية حيوية وهيكلية، مما يقدم أداة محتملة لتوجيه الإدارة السريرية لمرض السل المقاوم للريفامبيسين.
تعد Theseus خوارزمية محاذاة تسلسل إلى رسم بياني ذات فجوات تباينية، وهي خوارزمية جديدة وسريعة ومثالية تستفيد من الانتقالات القطرية واستراتيجيات البيانات المتفرقة لتتفوق بشكل كبير على الأساليب الحالية في السرعة مع الحفاظ على المثالية لتطبيقات مثل محاذاة التسلسلات المتعددة ورسم خرائط قراءات البانجينوم.
تُعد GeneReL منصة متكاملة تستفيد من مسار نماذج لغوية كبيرة متعدد المستويات ونظام تنسيق مدفوع بالمجتمع لاستخراج والتحقق من التفاعلات التنظيمية الجينية عالية الثقة في نبات الأرابيدوبسيس ثاليانا (Arabidopsis thaliana) من الأدبيات العلمية.
تُظهر هذه الدراسة أن دخان السجائر يزيد من خطر الإصابة بسرطان القولون والمستقيم عن طريق إحداث خلل في التوازن الميكروبي المعوي وتغيرات أيضية، والتي بدورها تثبط جينات كابتة للأورام رئيسية مثل *CPT2* لتعزيز تطور الورم.
تقترح هذه الورقة تحليلاً عالمياً قائماً على الشبكات لارتباطات الجينات والأمراض لإنشاء درجة نوعية تعمل على تحسين ترتيب أولويات المتغيرات الجينية لتشخيص الأمراض النادرة.
من خلال الجمع بين الطي العكسي وتحليل الإحباط، تقترح هذه الدراسة أن بعض بؤر الإحباط المحفوظة تطورياً تعمل بمثابة "دعامات معمارية" (architectural spandrels)—وهي قيود فيزيائية متأصلة في طيات البروتين لم يتم اختيارها مباشرة من أجل الاستقرار، ولكن تم توظيفها لاحقاً من قبل التطور لتسهيل الوظيفة الجزيئية.