370 ورقة بحثية
تكشف هذه الدراسة، باستخدام المجهر الإلكتروني بالتبريد، أن الشبكة السيتوبلازمية لبيضة الثدييات هي مستودع عالي الهيكلية يحجز بروتينات التأثير الأمومي، وآليات اليوبيكويتين، والتوبولين المرتبط بـ GTP في حالات غير نشطة لتهيئة البيضة لعمليات التحلل البروتيني وإعادة تشكيل الهيكل الخلوي خلال مراحل التطور المبكرة.
تقدم هذه الدراسة مساراً حاسوبياً (in-silico) يجمع بين التعلم العميق والنمذجة الفيزيائية الحيوية لاكتشاف ببتيدات قصيرة، وذات ذوبانية عالية في الماء، وعالية النوعية في الارتباط بالبلاستيك، من أجل معالجة فعالة للمواد البلاستيكية الدقيقة.
تُطوّر هذه الدراسة وتُقيّم تسعة نماذج من Detectron2 وستة نماذج من YOLO v10 للكشف في الوقت الفعلي عن فئة واحدة من الأميبا في صور مجهرية ذات تباين طوري، وذلك باستخدام مجموعة بيانات متنوعة مكونة من 88 صورة و4,131 تسمية توضيحية لتحقيق التوازن بين السرعة والدقة للتحليل الآلي للصور الحيوية.
تستخدم هذه الدراسة محاكاة الديناميكا الجزيئية لتبادل النسخ ثنائية الأبعاد لرسم مسار الارتباط التفصيلي لركيزة كيناز "آبل" (Abl) المعروفة باسم "آبلتايد" (Abltide)، مما يكشف عن مناطق المواجهة المحددة، والحالات الوسيطة، والتفاعلات الكهروستاتيكية والنافرة للماء الرئيسية التي توجه الببتيد من المواجهة الأولية إلى وضعية الارتباط، وبالتالي تقديم رؤى ميكانيكية للتصميم العقلاني لمثبطات الكيناز القائمة على الببتيدات.
تكشف هذه الدراسة أن مجموعات بولتزمان لـ RNA غير المشفر الطبيعي تشغل إلى حد كبير نفس الفضاء المورفولوجي لـ RNA العشوائي، مما يشير إلى أن الفيزياء الحيوية لخريطة النمط الجيني-النمط الظاهري هي التي تحدد خصائصها البنيوية بدلاً من الانتقاء التطوري.
تتحدى هذه الورقة صحة الادعاءات الأخيرة المتعلقة بانبعاث الفوتونات الضعيفة للغاية خارج الجمجمة كعلامة حيوية دماغية غير جراحية، من خلال إثبات أن الإشارات المسجلة يرجح أنها تهيمن عليها الأضواء الخلفية وانبعاثات فروة الرأس بدلاً من النشاط الدماغي الحقيقي نتيجة لعيوب تجريبية وتوهين الأنسجة.
تكشف هذه الدراسة أن أيونات الصوديوم تنظم تنشيط مستقبل الدوبامين D2 من خلال إعادة تشكيل شبكات الاقتران الخيفي وتعطيل عمود مائي داخلي حاسم، مما يؤدي إلى تثبيت الحالة غير النشطة عبر مواقع ارتباط محددة حديثاً وأنماط تميؤ متغيرة.
تُثبت هذه الورقة أن الطي الأصلي للبروتين يمكن التنبؤ به بكفاءة أكبر من خلال ترميز الهوية الجوهرية الثنائية (مدفون مقابل مكشوف) لكل ثمالة، بدلاً من استخدام خرائط الاتصال التقليدية، أو تضمينات التسلسل، أو تنبؤات الاتصال الزوجي، مما يعيد صياغة طي البروتين فعلياً كمسألة تنبؤ بدفن الثمالات.
تقدم هذه الورقة حلقة التقبيل ألفا (alphaKL)، وهي موصل RNA قابل للبرمجة يتيح التجميع حافةً إلى حافة للهياكل النانوية لـ RNA ثلاثية الأبعاد المعقدة من خلال الجمع بين حلقات التقبيل وتفاعلات الثلاثي (triplex) للتغلب على القيود الهندسية لطرق الربط التقليدية من طرف إلى طرف.
تقدم هذه الدراسة ICed-ENM، وهو إطار نمذجة خشن الحبيبات فعال حاسوبياً يعمل على تحسين نماذج الشبكة المرنة لتحديد كيفية إعادة تشكيل الطفرات المغلطة المرتبطة بالأمراض لمناظر طاقة التشكيل البروتيني وتحديد المناطق الحساسة للطفرات من خلال تغيرات الإنتروبيا الاهتزازية.