biophysics ورقة بحثية

An essential dynamics-based elastic network model to unravel the conformational dynamics of DNA, RNA, and protein-nucleic acid complexes

تقدم هذه الورقة نموذج edENM، وهو نموذج شبكة مرنة مُحسَّن بالديناميكيات الجوهرية ومُعلمات بواسطة محاكاة الديناميكيات الجزيئية لالتقاط الديناميكيات التشكيلية للحمض النووي الريبوزي منقوص الأكسجين (DNA)، والحمض النووي الريبوزي (RNA)، ومعقدات البروتين والحمض النووي بدقة، والذي تم دمجه في إطار عمل eBDIMS لمحاكة الحركات الوظيفية واسعة النطاق في أنظمة مثل الوحدات الفرعية للكروماتين والريبوسومات.

Cannariato, M., Scaramozzino, D., Lee, B. H., Deriu, M. A., Orellana, L.2026-03-13

⚛️ biophysics

Segment Any Plant (SAP): Foundation-Model Segmentation for Plant Time-Series Phenotyping

تقدم هذه الورقة نظام SAP (تقسيم أي نبات)، وهو إطار عمل للتعلم القليل العينات ولا يتطلب تدريباً، يستفيد من نموذج Segment Anything Model 2 (SAM2) المدرب مسبقاً لتمكين التقسيم الآلي الدقيق والنمذجة الظاهرية الكمية للسلاسل الزمنية لمختلف الهياكل النباتية عبر أنواع متعددة وظروف تصوير متنوعة دون الحاجة إلى إعادة تدريب مخصص للمهمة.

Abbey, A., Meroz, Y.2026-03-13

⚛️ biophysics

Enhancer binding kinetics explain transcription factor hub formation

تُظهر هذه الدراسة أن تشكّل محاور عوامل النسخ هو خاصية ناشئة عن حركية الارتباط المشفرة في المعززات والمدفوعة بعدد الأنماط، وليس آلية تزيد من إشغال الهدف بشكل نشط أو تتنبأ بسلوك الاندفاع النسخي.

Fallacaro, S., Kapoor, M., Encarnation, L., Mukherjee, A., Turner, M. A., Garcia, H. G., Mir, M.2026-03-12

⚛️ biophysics

A universal protein ladder for standardisation of diverse FRET assays

تقدم هذه الورقة سلماً بروتينياً نموذجياً يعتمد على نماذج TPR مهندسة وإنزيمات ذاتية الوسم، يعمل كمعيار مرجعي عالمي لتوحيد ومواءمة قياسات مسافة FRET عبر مختلف المنصات التجريبية، وأنظمة التعبير، واستراتيجيات الوسم، مما يتيح الترجمة المباشرة للبيانات المستمدة من المختبر إلى البيئات داخل الخلايا.

Smith, E. R., Gelder, K. L., Hunter-Craig, L., Bose, D. A., Craggs, T. D., Twelvetrees, A. E.2026-03-12

⚛️ biophysics

A mathematical model of curvature controlled tissue growth incorporating mechanical cell interactions

تقدم هذه الدراسة نموذجاً رياضياً منفصلاً مبتكراً وحدّاً متصلاً لانتشار التفاعل مشتقاً منه لمحاكاة نمو الأنسجة البيولوجية المتحكم فيه بالانحناء، مما يوضح كيف تقود التفاعلات الخلوية الميكانيكية والقيود المكانية عملية تنعيم الواجهة بما يتوافق مع الملاحظات التجريبية.

Kuba, S., Simpson, M. J., Buenzli, P. R.2026-03-12

⚛️ biophysics

Introducing a proline in the α1 M2-M3 linker relieves a molecular brake on channel activation in α1β2γ2 GABAA receptors

تُظهر هذه الدراسة أن إدخال بقايا برولين في الموقع 2 في الرابط M2-M3 للوحدة الفرعية $\alpha1$ ، وليس في الوحدة الفرعية $\gamma2$ ، لمستقبلات $\alpha1\beta2\gamma2$ من نوع GABA $_A$ غير المتجانسة، يعمل كمخفف لفرملة جزيئية يوجه القناة نحو حالة التنشيط، مما يعزز حساسية الـ GABA والنشاط التلقائي.

Desai, N. G., Garlapati, P., Borghese, C. M., Goldschen-Ohm, M. P.2026-03-12

⚛️ biophysics

Chlamylipo, a Chlamydomonas-in-liposome microswimmer: self-propelled swimming and associated lipid membrane flow

تقدم هذه الدراسة "chlamylipo"، وهو سبّاح مجهري هجين حيوي حيث يحقق طحلب *Chlamydomonas reinhardtii* المغلف داخل ليبوزوم عملاق سباحة ذاتية الدفع وانتحاءً ضوئياً عن طريق نقل قوى السوط الداخلية عبر الغشاء الليبيدي من خلال تشوهات غشائية دورية وتدفقات سوائل لزجة مقترنة.

Shiomi, S., Akiyama, K., Shiraiwa, H., Hamaguchi, S., Matsunaga, D., Kaneko, T., Hayashi, M.2026-03-12

⚛️ biophysics

A DNA deliverer-receiver mechanism for DNA recruitment in phase-separated transcriptional condensates

تكشف هذه الدراسة، باستخدام محاكاة الديناميات الجزيئية واسعة النطاق، أن Nanog وOct4 وSox2 تشكل تكثفات نسخية منفصلة طورياً ذات خصائص ناشئة وغير تراكمية، حيث يعمل الحمض النووي (DNA) كمنظم مكاني يعزز تجنيد Oct4، مما يؤسس لآلية "المُرسل-المستقبل" التآزرية التي تضيف طبقة جديدة من تنظيم التعبير الجيني تتجاوز الارتباط التقليدي.

Blazquez, S., Yamauchi, M., Terakawa, T.2026-03-11

⚛️ biophysics

Early nascent polypeptide dynamics are coupled to the flexibility of the ribosomal tunnel constriction

تكشف هذه الدراسة أن تضيق النفق الريبوسومي، الذي تشكله البروتينات uL4 وuL22، يعمل كبوابة مرنة ديناميكية تكيف عرضها استجابةً لوجود الببتيد المتعدد الناشئ، متحولةً من الانسداد العابر إلى استيعاب الهياكل الحلزونية، مما يؤثر بالتالي على عملية الانتقال، وتأثير المضادات الحيوية، وتنظيم الترجمة.

McGrath, H., Cernekova, M., Kolar, M.2026-03-11

⚛️ biophysics

Structure and conformational dynamics of the Pseudomonas CbrA transceptor

توضح هذه الدراسة البنية الجزيئية والديناميكيات التشكيلية للمستقبل الناقل CbrA في بكتيريا الزائفة (Pseudomonas) من خلال تحديد بنيته باستخدام المجهر الإلكتروني المبرد (cryo-EM)، مما يكشف عن كيفية قيام الببتيد الصغير CbrX بتثبيت نطاق ناقل SLC5 وتحديد الآلية المدفوعة بالبروتونات التي تربط استشعار الهيستيدين والنقل بإشارات التوصيل اللاحقة.

Orlando, M. A., Shah, T., Faber, M. W., Bose, S., Orlando, B. J.2026-03-11

→ السابق التالي ←