433 ورقة بحثية
تقدم هذه الورقة إطار عمل حوسبي قائم على الفيزياء يتكون من مرحلتين، يجمع بين محاكاة المجموعات الموزونة وخوارزمية إعادة الوزن RiteWeight لمواءمة مجموعات هياكل البروتين المتنوعة المولدة بواسطة الذكاء الاصطناعي في حالة توازن متسقة وذات تفصيل ذري.
تُظهر هذه الدراسة أن استراتيجيات اضطراب محاذاة التسلسل المتعدد تعزز بشكل كبير قدرة AlphaFold3 على أخذ عينات من حالات التشكيل البديلة للبروتين، متفوقةً في كثير من الأحيان على AlphaFold2 ومماثلة لنموذج BioEmu.
تستخدم هذه الدراسة إطاراً حوسبياً متكاملاً للكشف عن أن الأجسام المضادة لـ SARS-CoV-2 ذات القدرة الواسعة على التحييد تحقق فعالية عصية على الهروب من خلال استهداف نوى مستضدية ذات إحباط أدنى ومقيدة تطورياً، بينما يحدث الهروب المناعي في المناطق المحيطية ذات الإحباط المحايد التي تعمل كملاعب طاقية للطفرات.
تُظهر هذه الدراسة أن حقول قوة الأيونات الحالية لا تنتقل مباشرة إلى ماء (OPC) دون انحرافات كبيرة، مما دفع المؤلفين إلى اقتراح حقل القوة الجديد MS/G-LB(OPC)، الذي يجمع بين معاملات كاتيونية وأنيونية محددة لإعادة إنتاج طاقات الهيدرات الحرّة التجريبية، والخصائص البنيوية، ومشتقات النشاط بدقة.
تحدد هذه الورقة وتصحح انحيازاً جوهرياً في معالجة خرائط اتصال الكروماتين مسبقة المعالجة ناتجاً عن قص المئويات للمصفوفة الكاملة، مقدمةً إطاراً متسقاً إحصائياً وأداة تعلم عميق (CCUT) تتيح إعادة بناء كمي وقابل للتفسير فيزيائياً لبنية الجينوم بما يتوافق مع فيزياء البوليمرات ونماذج استخراج العراوي.
تكشف هذه الدراسة أن عامل النسخ YY1 يُشكّل تكاثفات DNA متميزة ميكانيكيًا بطريقة تعتمد على التركيز، حيث تؤدي التركيزات العالية متوسطًا إلى تجمعات تشبه السوائل وضعيفة الترابط مدعومة بـ DNA غير متحرك، بينما تدفع التركيزات العالية نحو تكاثفات تشبه المواد الصلبة وقوية الترابط من خلال الجسر الناتج عن أصابع الزنك.
توضح هذه الدراسة الأساس الهيكلي الذي يثبط من خلاله المركب الرائد CN045 مستقبلات المسكارين M1 ومستقبلات الهيستامين H3 لتعزيز تمايز الخلايا السلفية للدبيدات قليلة التغصن، كاشفةً عن ارتباط أقوى وأكثر استقراراً بمستقبل M1 من خلال المحاكاة الحاسوبية لتوجيه تطوير علاجات إعادة تكوين الميالين لمرض التصلب المتعدد.
باستخدام المجهر الإلكتروني المبرد تحت ظروف حمضية، حدد الباحثون بنية قناة الأيونات البكتيرية المنظمة بالربيطة DeCLIC في هيئة مسامية موسعة لم تكن معروفة سابقاً، مع تحديدها كحالة مفتوحة وظيفية وتوضيح كيفية قيام ارتباط الكالسيوم وديناميكيات النطاق الطرفي-N بدفع القناة نحو الإغلاق.
تقدم هذه الورقة تصميم مشهد اللياقة الفيزيائية الحيوية (FLD)، وهو إطار حوسبي يستخدم مجموعات أجسام مضادة مُحسّنة لإعادة تشكيل مشاهد اللياقة الفيروسية كمياً، مما يؤدي إلى كبح تطور المتغيرات الهاربة مثل متغيرات سارس-كوف-2 بشكل استباقي قبل ظهورها.
تُحلل هذه الدراسة، باستخدام قياس الكتلة والنمذجة الحركية، ديناميكيات الارتباط للأجسام المضادة ثنائية الخصوصية "إيفونيسيماب"، كاشفةً أنها تشكل بشكل سائد ثنائيات مستقرة بنسبة 2:2 مع عامل نمو بطانة الأوعية الدموية (VEGF) ومعقدات ثلاثية تقدم جزيئين من مستقبل PD-1، مع ثوابت تفكك متميزة لكل تفاعل.