⚛️ biophysics

Characterizing the Conformational Dynamics of an Intrinsically Disordered Localization Sequence

تُظهر هذه الدراسة أنه في حين أن استبدالات الأحماض الأمينية الفردية في ببتيد التوطين الميتوكوندري غير المنظم ذاتيًا لا تغير افتقاره العام للطي المستقر، إلا أنها تعيد تشكيل التفضيلات البنيوية المحلية ومشهد الطاقة الحرة الكامن بشكل طفيف، مما يشير إلى وجود آلية لتعديل كفاءة الاستهداف من خلال الانحياز التشكيلي المعتمد على التسلسل.

Brownd, M., Chaturvedi, P., Fakharzadeh, A., Moradi, M.2026-03-06
⚛️ biophysics

Dissecting Gap Junctional and Ephaptic Contributions to Electrical Conduction in a Novel Cardiomyocyte Pair Model

تجمع هذه الدراسة بين إعداد تجريبي مبتكر من نوع "الخلية المنفردة مقابل الزوج" والنمذجة الحاسوبية لتثبت أن الاقتران عبر الحقل الكهربائي، والذي تتوسطه قنوات الصوديوم في المنطقة المحيطة بالخلية (perinexus)، يوفر دعماً جوهرياً للتوصيل القلبي بين الخلايا في ظل ظروف الصوديوم الفسيولوجية، لا سيما عندما ينخفض توصيل الفجوات الموصلة.

Wu, X., Swanger, S. A., Meier, L. E. B., Dennison, C. L., Weinberg, S. H., Poelzing, S., Gourdie, R. G.2026-03-06
⚛️ biophysics

Conformational Variability of HIV-1 Env Trimer and Viral Vulnerability

تستخدم هذه الدراسة محاكاة الديناميكا الجزيئية لجميع الذرات لثلاثي HIV-1 Env كامل الطول ومُغلف بالسكريات، والمغمور في طبقة دهنية ثنائية، للكشف عن كيفية تسهيل المرونة الجوهرية للمنطقة الخارجية القريبة من الغشاء ونطاق العبور للغشاء لعملية الارتباط بالمستقبل والاندماج، مع تقديم رؤى حول مدى إمكانية وصول الأجسام المضادة للمواضع المستهدفة.

Cao, Y., Im, W.2026-03-05
⚛️ biophysics

Validating folding energy estimates as a method for variant interpretation

تؤكد هذه الدراسة صحة استخدام تقديرات طاقة الطي القائمة على برنامج FoldX لتفسير المتغيرات، وذلك من خلال إثبات أنه على الرغم من معاملات الارتباط الإجمالية المتوسطة، فإن التحليل المنهجي للبيانات الضخمة يكشف عن علاقة خطية قوية يمكن تحسينها عبر تجميع التقديرات الهيكلية وتحديد القيم المتطرفة، مما يؤسس إطاراً قوياً لتمييز التنبؤات منخفضة الثقة وتحسين تقييمات استقرار البروتين.

Elwes, C., Alcraft, R., Lister, H., Smith, P. A., Shorthouse, D., Hall, B. A.2026-03-05
⚛️ biophysics

Social Information Quality and Environmental Volatility Shape Collective Foraging Behavior

تُظهر هذه الدراسة، باستخدام نموذج تعلم تعزيزي متعدد الوكلاء، أن جودة المعلومات الاجتماعية وتقلب البيئة يحددان معاً استراتيجيات البحث عن الطعام الجماعية، حيث تؤدي الإشارات منخفضة الجودة إلى تنسيق هش في البيئات المستقرة، بينما تتيح معلومات العائد عالية الجودة تنوعاً سلوكياً مرناً ومتكيفاً في البيئات المتقلبة.

Chirkov, V., Kurvers, R. H. J. M., Deffner, D., Romanczuk, P.2026-03-05
⚛️ biophysics

Robust ciliary flows protect early Xenopus embryos from pathogens independent of multiciliated cell patterning

تُظهر هذه الدراسة أن التدفقات الهدبية القوية في أجنة "إكسينوبوس" المبكرة توفر حماية فعالة ضد مسببات الأمراض من خلال درع سائل مرن مدفوع بالسرعة الهدبية الإجمالية، بدلاً من الاعتماد على التنميط الدقيق للخلايا متعددة الأهداب.

Baby, A., Briole, A., Yadav, A., Cheylan, I., Thome, V., Boutin, C., D'Ortona, U., Viallat, A., Favier, J., Loiseau, E. (…)2026-03-05
⚛️ biophysics

G-screen: Scalable Receptor-Aware Virtual Screening through Flexible Ligand Alignment

يُعد G-screen إطار عمل للفحص الافتراضي قابل للتوسع ومدرك للمستقبلات، يحقق إثراءً مبكرًا تنافسيًا من خلال المحاذاة السريعة للروابط المرشحة مع بنية مرجعية باستخدام خوارزمية محاذاة عالمية مرنة مع تقييم الفارماكوفورات المستمدة من المستقبل، مما يجسّر بفعالية بين سرعة الطرق القائمة على الروابط والدقة الهيكلية لعمليات الإرساء.

Jung, N., Park, H., Yang, J., Seok, C.2026-03-05
⚛️ biophysics

A framework for testing structural hypotheses of protein dynamics against experimental HDX-MS data

تقدم الورقة البحثية ValDX، وهو إطار عمل للتحقق الصارم يتغلب على قيود طرق ملاءمة المجموعات الحالية لتقنية (HDX-MS) من خلال توظيف تقدير عدم اليقين ومقاييس "العمل المنجز" لاختبار الفرضيات الهيكلية واستنتاج ديناميكيات البروتين بمتانة.

Siddiqui, A. I. H., Skyner, R., Musgaard, M., Krishnamurthy, S., Deane, C., Crook, O.2026-03-04
⚛️ biophysics

A simple method for computationally unstructuring proteins: some findings

تقدم هذه الورقة منهجية حوسبية لعدم هيكلة البروتينات، كاشفةً أن القابلية لعدم الهيكلة تتباين باختلاف طوبولوجيا الطي، حيث أثبتت البنى ذات الحلزونات ألفا أنها أكثر متانة، وعادة ما تبدأ العملية عند النهايات السلسلية المكشوفة.

Powell, A.2026-03-03
⚛️ biophysics

Quantifying the effects of cell death and agar density on yeast colony biofilms using an extensional-flow mathematical model

من خلال الجمع بين القياسات التجريبية ونموذج رياضي لتدفق التمدد للغشاء الرقيق، تُثبت هذه الدراسة أن زيادة كثافة الآجار تثبط امتصاص العناصر الغذائية وتعزز الالتصاق بين الغشاء الحيوي والركيزة، حيث تم تحديد الأخير كأكثر العوامل اتساقاً في دفع التغيرات في نمو الغشاء الحيوي لمستعمرات خميرة *Saccharomyces cerevisiae*.

Tam, A. K. Y., Netherwood, D. J., Gardner, J. M., Zhang, J., Gourlay, C. W., Jiranek, V., Binder, B. J., Green, J. E. F.2026-03-03