biophysics ورقة بحثية

Large scale prospective evaluation of co-folding across 557 Mac1-ligand complexes and three virtual screens

تقدم هذه الدراسة تقييماً استشرافياً واسع النطاق يوضح أنه في حين أن طرق الطي المشترك القائمة على التعلم العميق مثل AlphaFold3 وBoltz-2 وChai-1 يمكنها التنبؤ بدقة ببنى البروتينات المرتبطة باللجين وإظهار بعض الارتباط مع الفعالية التجريبية، إلا أنها تفشل في محاكاة التغيرات التشكيلية الرئيسية، مما يشير إلى أن دمج طرق التعلم العميق هذه مع درجات الإرساء التقليدية القائمة على الفيزياء يمثل الاستراتيجية الأكثر واعدية لتحسين تحديد أولويات الجزيئات الواعدة في اكتشاف الأدوية.

Kim, J., Correy, G. J., Hall, B. W., Rachman, M. M., Mailhot, O., Togo, T., Gonciarz, R. L., Jaishankar, P., Neitz, R. J (…)2026-03-18

⚛️ الفيزياء الحيوية

Filament-resolved simulations reproduce self-organization of lamellipodia and filopodia

تقدم هذه الورقة نموذجاً حاسوبياً بدقة الخيوط يوضح كيف يؤدي التفاعل بين التفرع بوساطة Arp2/3 والتجميع بوساطة الفاسين إلى التنظيم الذاتي لبنى أكتين متميزة (الخملات المسطحة، والخملات الإصبعية، والشبكات الشبكية) واقترانها اللاحق بتشوه الغشاء لتنظيم شكل الخلية.

Fukui, M., Kondo, Y., Saito, N., Naoki, H.2026-03-18

⚛️ الفيزياء الحيوية

Learning Continuous Morphological Trajectories via Latent Principal Curves

تقدم الورقة البحثية MorphCurveVAE، وهو إطار عمل للتعلم العميق يتكون من مرحلتين يستخدم مشفرًا تلقائيًا متباينًا متعدد الفروع ومنحنيات رئيسية واعية طوبولوجيًا لإعادة بناء مسارات مورفولوجية ثلاثية الأبعاد مستمرة وذات منطقية بيولوجية من لقطات مجهرية ثابتة، مما ينمذج بفعالية العمليات الخلوية الديناميكية مثل الانقسام الفتي دون الحاجة إلى بيانات زمنية متسلسلة.

Magana, S., Zhao, W., Dao Duc, K.2026-03-18

⚛️ الفيزياء الحيوية

A Computational Framework for Pulmonary Assessing Wave Intensity Following Simulated Lung Resection

تقدم هذه الدراسة إطاراً حوسبياً يحاكي بنجاح التغيرات الديناميكية الدموية في شدة الموجة الرئوية وإعادة توزيع التدفق عقب استئصال الرئة من خلال نمذجة التغيرات في الشبكة الشريانية، حيث أظهرت النتائج توافقاً قوياً مع البيانات السريرية وتؤكد إمكانات النموذج للتطبيقات المستقبلية الخاصة بكل مريض.

Mackenzie, J. A., Hill, N. A.2026-03-18

⚛️ الفيزياء الحيوية

Protein disorder controls allostery in DNA

تكشف هذه الدراسة أن المنطقة غير المنظمة ذاتياً (IDR) لعامل النسخ ComK، وليس ارتباط البروتين نفسه، هي التي تضخم تقلبات الحمض النووي بعيدة المدى لتمكين التباين الخيفي، في حين أن إزالتها تؤدي إلى تصلب الحمض النووي وإلغاء الوظيفة النسخية.

Rosenblum, G., Terterov, I., Mishra, S. K., Elad, N., Gianga, T.-M., Hussain, R., Siligardi, G., Hofmann, H.2026-03-18

⚛️ الفيزياء الحيوية

Kinetic proofreading as a mechanism for transcriptional specificity in living human cells

تُظهر هذه الدراسة أنه في الخلايا البشرية الحية، يتم تحقيق النوعية النسخية من خلال آلية تدقيق حركي تعتمد على الطاقة حيث تعمل المحفزات ككواشف لزمن المكوث، مما يسمح لمستقبل الجلوكوكورتيكويد بالتمييز بين مواقع الارتباط النوعية وغير النوعية عبر عمليات مدفوعة بـ ATP مثل النِديلة وإعادة تشكيل الكروماتين.

Kim, J. M., Ball, D. A., Johnson, T. A., DInzeo, C., Cho, H. J., Ozbun, L., Karpova, T. S., Pegoraro, G., Larson, D. R.2026-03-18

⚛️ الفيزياء الحيوية

Quantitative Mapping of Sulfation, Iduronic Acid, and Secondary Structure in Glycosaminoglycans

تستخدم هذه الدراسة عمليات محاكاة الديناميات الجزيئية واسعة النطاق لتوضيح أن التشكيلات اللولبية لـ GAG مدفوعة باستقرار حمض الإيدورونيك من النوع L عبر أنماط كبرتة محددة، وتستحدث مقياساً كمياً ذا معيارين لتصنيف هذه البنى الثانوية بشكل موضوعي.

Riopedre-Fernandez, M., Biriukov, D., Martinez-Seara, H.2026-03-18

⚛️ الفيزياء الحيوية

Functional coupling between ribosomal RNA transcription and processing guided by stable transcription factor binding

تكشف هذه الدراسة، باستخدام مجهر الفلورة للجزيء المنفرد متعدد الألوان، أن التجمع المستقر لمركب rrnTAC الذي يستمر لدقائق، والمدفوع بتجنيد بروتين SuhB، ضروري لتقليل توقف إنزيم بوليميراز الحمض النووي الريبي (RNAP) وتعزيز المعالجة المصاحبة للنسخ للحمض النووي الريبي (rRNA)، مما يميز الديناميكيات الوظيفية لنسخ الـ rRNA عن التفاعلات العابرة النموذجية لنسخ الـ mRNA.

Chaban, A., Qureshi, N. S., Duss, O.2026-03-18

⚛️ الفيزياء الحيوية

PSF-Driven Spatio-Temporal Blending in Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy and Its Mitigation via Mean-Shift Super-Resolution-Based Masking.

تقدم هذه الورقة سير عمل فعالاً من الناحية الحسابية يستخدم تقنية "التحول المتوسط لتعزيز الدقة" (MSSR) لتوليد أقنعة مكانية قائمة على الكثافة، مما يقلل بفعالية من خلط الإشارات المكاني-الزماني الناتج عن دالة انتشار النقطة (PSF) في مجهر تصوير عمر الفلورة (FLIM)، ويعيد استعادة بصمات العمر الدقيقة دون تغيير حركية الاضمحلال الزمني الأساسية.

Gonzalez-Gutierrez, M., Vazquez-Enciso, D. M., Mateos, N., Hwang, W., Torres-Garcia, E., Hernandez, H. O., Chacko, J. V. (…)2026-03-18

⚛️ الفيزياء الحيوية

Structural mechanisms of pump assembly and drug transport in the AcrAB-TolC efflux system

تقدم هذه الدراسة بنيات مجهرية إلكترونية ببرودة (cryo-EM) عالية الدقة لمعقدات التدفق في بكتيريا الإشريكية القولونية (*E. coli*) الأصلية، والتي تكشف أن البروتين الشحمي YbjP غير الموصوف سابقاً يعمل كمكون بنيوي حاسم يثبت بروتين TolC في الغشاء الخارجي ويستوعب التغيرات التشكيلية أثناء دورة نقل الدواء الكاملة.

Ge, X., Gu, Z., Wang, J.2026-03-17

→ السابق التالي ←