370 ورقة بحثية
إنّ DynMoCo هو إطار عمل للتعلم العميق مبتكر يستخدم الشبكات التلافيفية الرسومية والشبكات المتكررة لإجراء كشف ديناميكي للمجتمعات في محاكاة الديناميات الجزيئية، مما يحول بيانات حركة البروتين عالية الأبعاد إلى بنيات فرعية نمطية قابلة للتفسير ومتطورة زمنياً.
تقدم هذه الورقة إطار عمل يعتمد على نموذج حالة ماركوف لتوصيف تفاعلات الجزيئات الصغيرة مع البروتينات غير المنظمة من خلال "مسارات ارتباط" ديناميكية بدلاً من الجيوب الساكنة، مما يساهم في تفسير آليات التعرف وتحديد المناطق القابلة للاستهداف الدوائي لتسهيل اكتشاف الأدوية للأهداف التي كان يتعذر استهدافها سابقاً.
تقدم الورقة البحثية ST-Analyzer، وهو أداة مفتوحة المصدر ومجانية ومتعددة المنصات تعمل على الربط بين واجهات سطر الأوامر والواجهات الرسومية لتبسيط التحليل القابل للتكرار لمسارات محاكاة الحوسبة عالية الأداء لكل من الخبراء وغير الخبراء.
تقدم هذه الورقة بروتوكول CTMD، وهو بروتوكول ميتا-ديناميكا (metadynamics) سريع وقائم على الفيزياء ومفتوح المصدر، يستخدم مُقدِّر العمل العكوس c(t) لتحقيق إثراء مبكر قوي في الفحص الافتراضي، مما يسد الفجوة بفعالية بين طرق الإرساء التقريبية/الذكاء الاصطناعي وحسابات الطاقة الحرة المكلفة، مع تجنب عيوب الذاكرة وتحيزات مجموعة بيانات التدريب الملحوظة في أساليب الطي المشترك بالذكاء الاصطناي الحديثة.
تقدم الورقة البحثية "Unbend"، وهي ميزة جديدة في برنامج cisTEM تستخدم نموذج شريحة تكعيبية ثلاثية الأبعاد لتصحيح حركة العينة الموضعية الناتجة عن الحزمة في صور المجهر الإلكتروني المبرد (cryo-EM)، مما يحسن بشكل كبير معدلات اكتشاف الجسيمات ونسب الإشارة إلى الضجيج عبر أنواع مختلفة من العينات مع إدخال حد أدنى من التشوه الإضافي.
تقدم هذه الدراسة بيانات كيميائية حيوية وبنى مجهرية إلكترونية مبردة عالية الدقة لإنترون من المجموعة الثانية مُعدل تدويرياً من بكتيريا *Comamonas testosteroni* لتوضيح التبديل الميكانيكي من مسارات التفرع إلى مسارات التحلل المائي، مما يكشف عن إعادة ترتيبات في الموقع النشط تتيح إنتاج الحمض النووي الريبي الدائري وتقدم استراتيجيات جديدة للهندسة العلاجية.
تكشف هذه الورقة أن إنزيم PETase يحقق تحفيزاً حمضياً وقاعدياً تآزرياً لتميؤ الإستر من خلال البيئة المحلية لموقعه النشط، والتي تستخدم ناقلاً للبروتونات لتوليد النيوكليوفيل والترابط الهيدروجيني لتثبيت الحالة الانتقالية، مما يقترح استراتيجيات محددة للهندسة البروتينية لتعزيز تفاعلية التحلل البلاستيكي لديه.
تقدم هذه الورقة تجارب نموذجية في خط الأشعة VMXi في مصدر الضوء دايموند (Diamond Light Source) تثبت جدوى الجمع بين نظام توصيل العينات عبر محرك شريط يعتمد على تقنية القطرة عند الطلب مع مطيافية انبعاث الأشعة السينية (XES) من أجل البلورات المتسلسلة زمنياً في سينكروترون من الجيل الثالث، وهي منهجية كانت مقتصرة سابقاً على ليزر الأشعة السينية الحرة (XFELs).
تقدم هذه الورقة طريقة مطورة لـ "رسم خرائط الطور الممتد" تعمل على الكشف الصريح عن عيوب الطور الناتجة عن كتل التوصيل أو الحدود التشريحية ومراعاتها، مما يؤدي إلى القضاء على الكشوفات الزائفة وتوفير توصيف أكثر موثوقية واتساقاً من الناحية الفسيولوجية للمحركات الدورانية في عدم انتظام ضربات القلب عبر مجموعات بيانات محاكاتية، وتجريبية، وسريرية.
لقد سحب المؤلفون هذه المخطوطة، المعنونة بـ "تحديد كمية الدهون في الخلايا البشرية باستخدام مطيافية رامان"، بسبب تحديد أوجه عدم دقة تتطلب مزيدًا من التنقيح، وهم يطلبون عدم الاستشهاد بها.