370 ورقة بحثية
تكشف هذه الدراسة، باستخدام تصوير الجزيء المنفرد ومطيافية القوة، أن الوسيط في نقطة التفتيش Dpb11 يسهل التوضع المشترك لمعقد كيناز Mec1-Ddc2 مع منشطاته على الحمض النووي ذي الفجوات عن طريق استدعاء Mec1-Ddc2 مباشرة إلى وصلات ss-dsDNA وجسر ssDNA لتقليل طول الفجوة الفعال.
تُظهر هذه الدراسة أنه في حين تتسبب معظم استراتيجيات تقليل الأبعاد في جعل نماذج آلات المتجهات الداعمة ذات النواة الكمومية (quantum kernel SVMs) تؤدي بشكل أدنى من النماذج الكلاسيكية المرجعية في تصنيف العظم التربيقي، فإن طريقة UMAP هي الطريقة الوحيدة التي تسمح للنواة الكمومية بالبقاء منافسة، وإن كان التفوق الملحوظ غير ذي دلالة إحصائية ومن المرجح أنه مبالغ فيه بسبب الاعتماد على الطي (fold dependence)، إلى جانب النتائج التي تشير إلى أن النوى الكمومية من نوع ZZ تفشل في التقاط البنى المترية السلسة لمهام الانحدار.
تقدم هذه الورقة البحثية "Deep Learning-Enhanced TopoStats"، وهي حزمة برمجية مفتوحة المصدر بلغة بايثون تعمل على أتمتة التحليل الكمي لبيانات مجهر القوة الذرية (AFM) للحمض النووي والجزيئات الحيوية المعقدة، مما يحول مجهر القوة الذرية من أداة تصور نوعية إلى إطار تحليلي قوي وعالي الإنتاجية قادر على تمييز الاختلافات الهيكلية الدقيقة.
تقدم هذه الورقة نموذجاً حاسوبياً ثنائي الأبعاد، يتسم بالبساطة، يوضح أن هجرة الخلايا الميزنكيمية، التي تتميز بالمسارات العشوائية المستمرة والأشكال المورفولوجية المتنوعة، يمكن أن تنبثق فقط من التفاعل الميكانيكي بين قوى الجر داخل الخلايا ودورات الالتصاق الديناميكية دون الحاجة إلى فرض استقطاب أو انحياز اتجاهي.
تقدم هذه الدراسة CAAMO، وهو إطار عمل حوسبي وتجريبي متكامل نجح في تحسين "أبتامر" (aptamer) من الحمض النووي الريبوزي لفيروس SARS-CoV-2 لتحقيق ألفة ارتباط تضاهي الأجسام المضادة المُحيّدة، مما يبرهن على مسار قوي لتطوير علاجات وتشخيصات تعتمد على الأبتمرات ذات الألفة العالية.
تُظهر هذه الدراسة أن التكاثفات الناتجة عن انفصال الطور سائل-سائل لبروتيني زيكسين (zyxin) وفاسب (VASP) تُمكّن من حركة مستمرة تشبه حركة "التدحرج" (treadmilling) لحزم الأكتين، وذلك عبر موازنة البلمرة مع التفكك المدفوع ببروتين الكوفيلين (cofilin) من خلال نطاق متوسط من التآلف الذاتي، وهي آلية تم التحقق من صحتها من خلال كل من إعادة التشكيل في المختبر والمحاكاة القائمة على الوكلاء.
تُظهر هذه الدراسة أن طلاءات البوليمرات الإلكتروليتية الموجبة والسالبة تعدل الخصائص العيانية للغشاء الحيوي لجرثومة الإشريكية القولونية من خلال إحداث مقايضة بين كمية وجودة البنية لألياف أميلويد "كيرلي" داخل المصفوفة خارج الخلوية.
تقدم هذه الدراسة أدلة كيميائية حيوية وبنيوية على أن بروتين TFAM يتجمع في وحدات متعددة على قطع الحمض النووي الأطول لضغط الجينوم الميتوكوندري في هياكل نووية ذات رتبة أعلى، متجانسة ولكنها مرنة ديناميكيًا، مما يتجاوز الرؤى السابقة المستمدة من قطع الحمض النووي القصيرة.
تستخدم هذه الدراسة نموذجاً قائماً على الوكلاء لتوضيح أن التكدس الميتوكوندري، المدفوع بديناميكيات شكل العضيات والانشطار والاندماج، يولد إجهاداً ميكانيكياً يسبب تورماً محورياً، مما يربط فشل النقل بالاعتلال البنيوي العصبي.
باستخدام نهج مبتكر يعتمد على تقنية "الطبقة الثنائية لغشاء القطرة" (DIB-Pipette)، تكشف هذه الدراسة أنه بينما ينتقل قطعا P454 وP233 لسمّ CyaA بشكل مستقل عن جهد الغشاء وتبعاً له على التوالي، فإن ارتباطهما التساهمي يتيح انتقالاً فعالاً حتى في غياب الجهد الكهربائي، مما يكشف عن آلية تعاونية لتسمم خلايا CyaA.