347 ورقة بحثية
يُعد OxBreaker مساراً برمجياً مفتوح المصدر، مؤتمتاً، وغير محدد بنوع معين، وسهل الاستخدام، يستفيد من تقنية تسلسل "أكسفورد نانوبور" لتمكين غير المتخصصين من إجراء مراقبة جينومية عالية الدقة وفورية لتفشي البكتيريا بدقة تضاهي منصات القراءة القصيرة.
تقيم هذه الورقة تسع طرق إحصائية وتعلم آلي للتعامل مع البيانات البيئية والتطورية عالية الأبعاد، حيث وجدت أنه بينما يعد الإفراط في التخصيص أمراً شائعاً وغالباً ما يكون الاختيار الدقيق للمتغيرات غير قابل للتحقيق في ظل مخططات أخذ العينات الواقعية، إلا أن النماذج المتناثرة لا تزال قادرة على تحقيق دقة تنبؤية وتخفيف حدة الإفراط في التخصيص عندما تكون سمات البيانات مثل حجم العينة، وقوة التأثير، وعدد المتغيرات مواتية.
تُظهر هذه الدراسة أن تسلسل القراءة الطويلة من تقنية PacBio HiFi يتيح التجميع الدقيق لـ "de novo" لجيومات كاملة لمتصورة الملاريا (Plasmodium falciparum)، بما في ذلك عائلات مستضدات السطح المتغيرة المعقدة، من 43 عزلة طبيعية في غامبيا، مما يوفر مورداً جينومياً عالي الجودة لدراسة تطور الطفيليات والتنوع المستضدي.
تقدم الورقة البحثية ARGformer، وهو نموذج قائم على المحولات (transformer) يتعلم تضمينات تعتمد على السياق من الرسوم البيانية لإعادة التشكيل السلفي لالتقاط البنية السكانية بفعالية واستنتاج النسب دون الاعتماد على مصفوفات الأنماط الجينية.
يُعد BioWorldModel بنية موحدة متعددة الممالك تستفيد من التعلم المنهجي التطوري للتنبؤ بالتوزيعات المظهرية عبر الفطريات والنباتات والحيوانات باستخدام مجموعة واحدة من المعلمات، متفوقاً بشكل كبير على طرق التنبؤ الجينومي التقليدية الخاصة بكل نوع من خلال التقاط مبادئ مشتركة للارتباط بين النمط الجيني والنمط الظاهري.
يقدم المؤلفون ExTRaCT، وهو مسار آلي فعال وسهل الاستخدام مصمم لتحديد وتصنيف أجزاء الإكسون الجينية المحفوظة، مثل نطاقات Z في APOBEC3، في جينومات الأنواع الجديدة دون الاعتماد على التوصيفات الكاملة للجينوم أو الأنواع المرجعية ذات الصلة الوثيقة.
تقدم هذه الدراسة أطلساً وظيفياً على نطاق الجينوم لدماغ الفأر باستخدام منصة "Perturb-seq" محسنة في الجسم الحي لتوصيف الاستجابات على مستوى الترانسكريبتوم لفقدان 1,947 جينًا مرتبطًا بالأمراض عبر 7.7 مليون خلية، مما يكشف عن الضرورة النوعية للخلايا والبرامج النسخية المتعارضة التي تعزز فهمنا للأمراض النمائية العصبية، والنفسية، والتنكسية العصبية.
تقدم هذه الدراسة أدلة جينومية تُظهر أن خمائر الـ "كفيك" (kveik) في المزارع النرويجية تمثل سلالة متميزة ومتباعدة مبكراً من استئناس خميرة "ساشارومايسيس سيريفيزيا" (Saccharomyces cerevisiae) يعود تاريخها إلى ما بين 4,000 و8,000 عام، مما يحفظ أثراً من ممارسات التخمير البشرية القديمة مع حد أدنى من الاختلاط مع السلالات المستأنسة الأخرى.
تحلل هذه الدراسة ما يقرب من 4,700 جينوم حقيقي النواة لتكشف أن الجينات التي تشفر البروتينات المفرزة غنية باستمرار في المناطق الجينومية التي تتميز بتسلسلات بين جينية جانبية طويلة وكثافة عالية من التكرارات المبتورة والمجزأة، مما يشير إلى بنية جينومية قديمة ومحفوظة تدفع الابتكار التطوري في وظيفة البروتينات المفرزة.
تتقصى هذه الدراسة التأثيرات النسبية للعوامل الوراثية والعوامل البيئية المرتبطة بالحرارة على التعبير الجيني في الدم الكامل للخنازير، حيث حددت آلاف الجينات ذات التعبير المتمايز ومواقع السمات الكمية للتعبير الجيني (eQTLs)، مع تسليط الضوء على آليات وراثية محددة وجينات مرشحة مشاركة في التنظيم الحراري وسمات الإنتاج.