genomics ورقة بحثية

LAMBDA: A Prophage Detection Benchmark for Genomic Language Models

تقدم الورقة البحثية LAMBDA، وهو معيار شامل مصمم لتقييم القدرات التنبؤية للنماذج اللغوية الجينومية من خلال التمييز بين تسلسلات العاثيات والبكتيريا، مما يكشف عن رؤى نقدية حول أهمية جودة بيانات التدريب والتدريب المتخصص في المجال من أجل الكشف الفعال عن العاثيات المندمجة.

Lindsey, L. M., Pershing, N. L., Dufault-Thompson, K., Gwak, H.-j., Habib, A., Schindler, A., Rakheja, A., Round, J., St (…)2026-03-26

🧬 علم الجينوم

Identification of two genomic cryptotypes of Plasmodium malariae in Africa

من خلال تحليل بيانات تسلسل الجينوم الكامل لعينات من أفريقيا وأمريكا الجنوبية، تكشف هذه الدراسة عن وجود نمطين جينيين متميزين ومعيدين للتركيب من طفيليات الملاريا من نوع (Plasmodium malariae) عبر أفريقيا، يتميزان ببصمات تكيفية محددة تساهم في استمرار الطفيلي وانتقاله.

Lefebvre, M. J. M., Arnathau, C., Houze, S., de Thoisy, B., Gonzalez, C., Rondon, S., Link, A., Pain, A., Fontaine, M. C (…)2026-03-25

🧬 علم الجينوم

Point cloud local ancestry inference (PCLAI): continuous coordinate-based ancestry along the genome

تقدم الورقة البحثية استدلال الأصول المحلية لسحابة النقاط (PCLAI)، وهي طريقة مبتكرة تستبدل تسميات الأصول المنفصلة بتمثيلات مستمرة قائمة على الإحداثيات لنمذجة التباين الجيني على مستوى النمط الفردي، مما يتيح رؤى زمنية طبقية حول كيفية هجرة القطع الجينومية عبر المكان والزمان.

Geleta, M., Mas Montserrat, D., Ioannidis, N. M., Ioannidis, A. G.2026-03-25

🧬 علم الجينوم

A chromosome-level assembly of the Fusarium oxysporum biocontrol strain FO12

تقدم هذه الدراسة تجميعاً جينومياً عالي الجودة على مستوى الكروموسومات لسلالة المكافحة الحيوية *Fusarium oxysporum* FO12، والذي تم إنتاجه باستخدام تقنيات تسلسل Nanopore وHi-C، مما يجعله مورداً قيماً لتعزيز التطبيقات الزراعية لهذا العامل الفعال في المكافحة الحيوية.

Doddi, A., Lopez-Moral, A., Mangelson, H., Di Pietro, A., Agusti-Brisach, C.2026-03-25

🧬 علم الجينوم

Co-infections and cryptic pathogens uncovered by metatranscriptomics in New Zealands severe acute respiratory infections

من خلال تطبيق تسلسل الميتا-ترانسكريبتوميك على 300 عينة من حالات عدوى الجهاز التنفسي الحادة الشديدة التي كانت سلبية لفحص تفاعل البوليميراز المتسلسل في نيوزيلندا، كشفت هذه الدراسة عن مجموعة متنوعة من المسببات المرضية الفيروسية والبكتيرية والفطرية المصاحبة التي أغفلتها التشخيصات الروتينية، مما يبرهن على القيمة الحاسمة للمنهجيات الجينومية في تحسين دقة التشخيص والترصد الصحي العام.

Holdsworth, N., French, R., Waller, S., Jelly, L., Oneill, M., de Vries, I., Dubrelle, J., French, N., Bloomfield, M., W (…)2026-03-24

🧬 علم الجينوم

Standalone nanopore sequencing for foodborne pathogen surveillance: a large-scale evaluation and quality control framework

تُثبت هذه الدراسة أن تسلسل "أكسفورد نانوبور" (Oxford Nanopore) المستقل للحمض النووي الأصلي دقيق بدرجة كافية لمراقبة مسببات الأمراض المنقولة بالغذاء بشكل روتيني عند دعمه بإطار عمل جديد لمراقبة الجودة، يُدعى "ألباكا" (alpaqa)، والذي يحدد ويخفف من أخطاء التجميع المنهجية الناتجة عن تعديلات محددة في الحمض النووي.

Biggel, M., Cernela, N., Horlbog, J., DeMott, M. S., Dedon, P. C., Hall, M. B., Chen, J., Smith, P., Carleton, H. A., St (…)2026-03-24

🧬 علم الجينوم

Genetic Diversity of Cytochrome P450 Genes in Apis mellifera Subspecies

تقدم هذه الدراسة أول تحليل شامل للتنوع الجيني في جينات السيتوكروم بي 450 (Cytochrome P450) لدى نحل العسل (*Apis mellifera*) عبر 1,467 فرداً من 18 نوعاً فرعياً، كاشفةً أن الانتخاب الإيجابي قد دفع بالتباين التكيفي في جينات عشيرة CYP3 المرتبطة بإزالة السموم، مما يؤسس مورداً أساسياً لعلم الصيدلة الجينية للتنبؤ بنقاط الضعف تجاه المبيدات وتعزيز مرونة الملقحات.

Li, F., Lima, D., Bashir, S., Yadro Garcia, C., Lopes, A. R., Verbinnen, G., de Graaf, D. C., De Smet, L., Rodriguez, A. (…)2026-03-24✓ Author reviewed ⓘ

🧬 علم الجينوم

Single-cell atlas of pig-to-monkey kidney xenotransplantation reveals macrophage chimerism and an IFN-ε orchestrated graft protective immune niche

تقدم هذه الدراسة أطلساً أحادي الخلية لزراعة كلى من الخنزير إلى القرد، يكشف عن وجود خيمرية في الخلايا البلعمية (الماكروفاج) ويحدد محور "إنترفيرون إبسيلون" (IFN-ε) المشتق من الخلايا الطلائية كمنظم محوري لبيئة مناعية واقية للطُعم، مما يقدم رؤى جديدة حول تكيف الطعوم الغريبة وأهداف علاجية محتملة.

Wang, H., Chen, J., Chang, Y., Ci, W., Hua, X., Yu, F., Yang, S., Zhang, X., Song, J., Fan, Y.2026-03-24

🧬 علم الجينوم

Transposable element-host genome evolutionary arms race revealed by multi-modal epigenomic profiling in a telomere-to-telomere human genome reference

من خلال الاستفادة من التنميط الإبيجينومي متعدد الأنماط عبر مرجع جينوم بشري من التيلومير إلى التيلومير، تكشف هذه الدراسة أن العناصر القافزة، ولا سيما عائلات SVA وعائلات فرعية محددة من Alu وLTR، تشارك في سباق تسلح تطوري مع أنظمة الدفاع المضيف، وذلك أساساً عبر الهروب من عملية تكثيف الكروماتين (heterochromatinization) بوساطة H3K9me3 والاجتياح التدريجي للمناطق التنظيمية الغنية ببروتين CTCF لدفع الابتكار الجينومي.

Nikitin, D.2026-03-23✓ Author reviewed ⓘ

🧬 علم الجينوم

TEsingle enables locus-specific transposable element expression analysis at single-cell resolution

تقدم الورقة البحثية TEsingle، وهي أداة حوسبية تتغلب على التحديات في محاذاة التسلسلات المتكررة واحتباس الإنترونات لتمكين التحليل الدقيق والمحدد للموقع لتعبير العناصر القافزة في النسخ الجينية أحادية الخلية، مما يكشف عن خلل التنظيم الخاص بنوع الخلية في مرض باركنسون.

Forcier, T., Cheng, E., Tam, O. H., Wunderlich, C., Castilla-Vallmanya, L., Jones, J. L., Quaegebeur, A., Barker, R. A. (…)2026-03-22

→ السابق التالي ←