🧬 genomics

An information content principle explains regulatory patterns of gene expression across human tissues

من خلال تطبيق مبدأ طول الوصف الأدنى ومبدأ الاقتصاد الأقصى، تكشف هذه الدراسة أن المتطلبات التنظيمية تتدرج بشكل غير خطي مع خصوصية الأنسجة — حيث تصل ذروتها في الجينات ذات الخصوصية المتوسطة — وتكشف عن استراتيجيات تنظيمية متميزة حيث تعمل الجينات الانتقائية كمفاتيح تشغيل/إيقاف بينما تعمل الجينات واسعة الانتشار كمقابض لضبط الدقة، وكل ذلك يتباين بشكل منهجي مع عمر الجين.

Golomb, R., Yoles, M., Fishilevich, S., Cohen, B., Savariego Peled, S., Dahary, D., Gokhman, D., Pilpel, Y.2026-02-19
🧬 genomics

The emergence of bacterial blight pathogen followed the dispersal pattern of rice in Asia

تكشف هذه الدراسة أن التاريخ التطوري والانتشار العالمي لممرض لفحة الأرز البكتيرية، "زانثوموناس أوريزاي" من نوع "أوريزاي" (Xoo)، في آسيا يحاكي بشكل وثيق استئناس وانتشار الأرز، مع ظهور سلالات أسلاف متميزة في الصين والهند وسلالة ثالثة نشأت من خلال إعادة التوليف والتجارة.

Quibod, I. L., Nguyen, M. H., Atienza-Grande, G., Patarapuwadol, S., Kositratana, W., Nafisah, N., Rosa, C., Prasetiyono (…)2026-02-19
🧬 genomics

Whole genomes reveal how Andean climate history shapes genetic diversity and modern conservation risk in South American pumas

من خلال دمج تسلسل الجينوم الكامل مع تاريخ المناخ القديم، تكشف هذه الدراسة كيف شكلت التذبذبات المناخية في جبال الأنديز مسارات ديموغرافية ومخاطر جينية متميزة لدى أسود الجبال في الإكوادور، مما يوفر إطاراً لاستراتيجيات الحفظ المستهدفة التي توازن بين استعادة الممرات الممرية والإنقاذ الجيني.

Chavez, D. E., Correa-Zanotti, C., Saenz, C., Ong, L., Ormaza, N., Mora, D., Cabezas, M. B., Medina, A., Wayne, R. K., O (…)2026-02-19
🧬 genomics

GFMBench-API: A Standardized Interface for Benchmarking Genomic Foundation Models

تقدم الورقة البحثية GFMBench-API، وهي واجهة بايثون نمطية توحد تقييم النماذج التأسيسية الجينومية من خلال فصل المعالجة الخاصة بالنماذج عن البيانات والمقاييس الخاصة بالمهام لتمكين التقييم المرجعي المتسق والقابل للتكرار.

Larey, A., Dahan, E., Amit Bleiweiss, A. B., Kellerman, R., Leib, G., Nayshool, O., Ofer, D., Zinger, T., Dominissini, D (…)2026-02-19
🧬 genomics

Modeling mitochondrial inheritance enables high-precision single-cell lineage tracing in humans

تقدم الورقة البحثية MitoDrift، وهو إطار احتمالي يستفيد من طفرات الحمض النووي الميتوكوندري الجسدية لتحقيق تتبع دقيق وعالي الجودة لنسب السلالات على مستوى الخلية الواحدة في البشر دون الحاجة إلى هندسة وراثية، مما يكشف عن رؤى حاسمة حول الديناميكيات النسيلية أثناء الشيخوخة والمرض والتي لم يكن من الممكن اكتشافها سابقاً.

Gao, T., Weng, C., Johnson, I., Poeschla, M., Gudera, J., King, E., Rouya, C., Donovan, A., Bourke, L., Shao, Y., Marque (…)2026-02-18
🧬 genomics

Nanopore metagenomic sequencing links clinically relevant resistance determinants to pathogens

تُظهر هذه الدراسة أن تسلسل الميتاجينوميات عبر النانو-ثقب يمكنه ربط جينات مقاومة مضادات الميكروبات بمضيفاتها البكتيرية المحددة بدقة في العينات السريرية من خلال استغلال أنماط مثيلة الحمض النووي، مما يتيح مراقبة سريعة وخالية من الزراعة المجهرية لمسببات الأمراض والمقاومة.

Uerel, H., Sauerborn, E., Gebhardt, F., Wantia, N., Biggel, M., Muchaamba, F., Foster-Nyarko, E., Brugger, S. D., Urban (…)2026-02-18
🧬 genomics

High quality chromosomal genome assemblies of three human Plasmodium species directly from natural infections

تقدم هذه الدراسة جينومات مرجعية عالية الجودة على مستوى الكروموسومات لكل من *P. falciparum* و*P. ovale wallikeri* و*P. malariae* مستمدة مباشرة من حالات عدوى طبيعية باستخدام تقنيات تسلسل متقدمة، مما يساهم في حل المناطق الجينومية التي تعذر الوصول إليها سابقاً ويوفر أساساً حاسماً لجهود القضاء على الملاريا عالمياً.

Dogga, S. K., Rop, J. C., Makunin, A., Teltscher, F., Pointon, D.-L., Sims, Y., Uliano-Silva, M., Torrance, J., Mathers (…)2026-02-18
🧬 genomics

Genotypic and phenotypic diversity of Maudiozyma humilis: the multiple evolutionary trajectories of a domesticated yeast

تُوصّف هذه الدراسة التنوع العالمي لخميرة العجين المخمر من نوع *Mauriziozyma humilis*، كاشفةً عن تاريخ تطوري معقد مدفوع بالتهجين وتنوع الصيغة الصبغية، وهو ما يشكل مشهدها الظاهري بشكل أكثر أهمية من مستوى الصيغة الصبغية بمفرده.

Lebleux, M., Rouil, J., Segond, D., Marlin, T., Howell, K., Bechara, P., Nidelet, T., Arnould, L., Sicard, D., Devillers (…)2026-02-18
🧬 genomics

Regulatory Features and Functional Specialization of Human Endogenous Retroviral LTRs: A Genome-Wide Annotation and Analysis via HERVarium

تقدم هذه الورقة HERVarium، وهو قاعدة بيانات تفاعلية شاملة تعمل على توصيف بنية نطاق البروتين والمشهد التنظيمي لأكثر من 400,000 من الفيروسات القهقرية البشرية الداخلية (LTRs) بشكل منهجي، مما يكشف عن تخصصات وظيفية متميزة وأنماط حفظ هيكلي عبر الجينوم البشري.

Montserrat-Ayuso, T., Pujol, A., Esteve-Codina, A.2026-02-18
🧬 genomics

High-resolution spatial transcriptomics of adult and pediatric human liver with Visium HD

تستخدم هذه الدراسة تقنية Visium HD للترانسكريبتوميات المكانية عالية الدقة لإنشاء خريطة تفصيلية للتعبير الجيني بدقة دون خلوية في كبد بشري بالغ وطفلي سليم، مما يكشف عن تباين خلوي متميز مكانياً ويوفر مورداً قيماً لتحديد بصمات الأمراض والأهداف العلاجية.

Hasan, F., Edgar, R. D., Atif, J., Nakib, D., Thoeni, C., Ricciuto, A., Sayed, B., McGilvray, I., Bader, G. D., MacParla (…)2026-02-18