347 ورقة بحثية
تقدم الورقة البحثية SpeciMiR، وهو إطار عمل للذكاء الاصطناي التوليدي تم تدريبه على 2.2 مليون زوج من الـ miRNA والـ mRNA، يقوم بتخليق تسلسلات siRNA محددة الهدف ذات قدرة تعزيزية على الاستهداف المباشر وتقليل الآثار الجانبية خارج الهدف، وقد نجح في استعادة مناطق الارتباط المقابلة لأدوية أمراض الكبد المعتمدة من قبل إدارة الغذاء والدواء.
تقدم هذه الدراسة إطاراً بايزياً ينجح في تقدير الفقد الموزاييكي للكروموسوم Y (LOY) من بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA-seq) للذكور المجمعة، وذلك عبر نمذجة التعبير الجيني المنخفض المرتبط بالكروموسوم Y، محققةً ارتباطاً قوياً مع القياسات القائمة على الحمض النووي (DNA) لأحداث فقد الـ Y الكبيرة، مع تسليط الضوء على حدود هذه الطريقة بسبب الارتباك النسخي وطبيعتها كبديل احتمالي وليس بديلاً مباشراً للمقايسات القائمة على الحمض النووي.
يقدم البحث تطبيق "PerturbPlan"، وهو تطبيق ويب تفاعلي يستخدم صيغة تحليلية مبتكرة وفعالة حاسبياً لتمكين التصميم السريع والمرن لتجارب فحص "CRISPR" أحادية الخلية ذات القدرة الإحصائية العالية، متجاوزاً بذلك قيود الأدوات القائمة على المحاكاة.
من خلال تحليل أكثر من مليون طفرة جسدية عبر ثلاثة عشر نسيجاً بشرياً، تكشف هذه الدراسة أن الجينوم الهرم يعاني من "هشاشة منظمة" حيث يتم حماية الجينات الحرجة وعالية الاتصال بشكل منهجي من الطفرات عبر الإصلاح المرتبط بالنسخ والترشيح الانتقائي، مما يشير إلى أن التدهور العضوي لا ينجم عن إجمالي العبء الطفري بل عن المواقع الشبكية المحددة التي تتراكم فيها الطفرات.
تُنشئ هذه الدراسة أطلساً شاملاً للتعبير عن الحمض النووي الريبوزي الصغير النووي (snoRNA) ومواقع الميثيلة عند الكربون 2' (2'-O-methylation) في خلايا S2 لذبابة الفاكهة (*Drosophila melanogaster*) باستخدام تقنية RibOxi-seq2، كاشفةً عن تعديلات واسعة النطاق في الحمض النووي الريبوزي الرايبوزي (rRNAs)، والحمض النووي الريبوزي النووي الصغير (snRNAs)، والحمض النووي الريبوزي المرسال (mRNAs)، مع تحديد تسلسلات توافقية جديدة قد توجه عملية ميثيلة الحمض النووي الريبوزي المرسال رغم غياب الـ snoRNAs الإرشادية التقليدية.
تُظهر هذه الدراسة أنه في حين أن طرق التخزين في درجة الحرارة المحيطة (بطاقات FTA ومحلول DESS) تعطي جودة تسلسل أقل ليرقات الطفيليات الخيطية الفردية مقارنة بالعينات المجمدة الضابطة، إلا أنها توفر نتائج مماثلة للعينات المجمعة، مما يجعلها بديلاً قابلاً للتطبيق لتسلسل الجينوم الكامل في المناطق محدودة الموارد.
تقدم هذه الدراسة Jindo1-G-TTAGGA، وهو أول مرجع جينومي للكلاب كامل، وخالٍ من الفجوات، ومحلل للنمط الفرداني يلبي معيار TTAGGA الصارم، ويتميز بكروموسوم Y مكون من قطعة واحدة (single-contig) يحل حوالي 79% من طول الكروموسوم Y الكامل للكلاب، مما يعزز بشكل كبير فهم التباين الهيكلي وتطور الكروموسومات الجنسية لدى الكلاب.
تُظهر هذه الدراسة أن CDK12 وCDK13 يلعبان أدواراً متميزة في كبح عملية تعدد الأدينين داخل الإنترونات (intronic polyadenylation) للحفاظ على سلامة النسخ، وتكشف أن النسخ المنهية مبكراً الناتجة عن ذلك هي نسخ قادرة على الترجمة، مما يولد ببتيدات إنترونية جديدة يمكن أن تعمل كمستضدات نيو (neoantigens) محددة للأورام في السرطانات التي تعاني من نقص في CDK12/13.
طوّر تحالف GREGoR نموذج بيانات معياريًا وقابلاً للتشغيل البيني لتوحيد البيانات متعددة الأوميات والبيانات المظهرية عبر مختلف المواقع السريرية، ونجح في مواءمة المعلومات من أكثر من 12,000 مشارك لتمكين أبحاث الأمراض النادرة واسعة النطاق والتحليل عبر الدراسات.
يقدم المؤلفون تقنية KAS-CUT&Tag، وهي طريقة مبتكرة تجمع بين وسم N3-kethoxal وتقنية CUT&Tag لرسم خرائط فقاعات النسخ لإنزيم بوليميراز الحمض النووي الريبي الثاني (RNA Polymerase II) مباشرة داخل الجسم الحي، مما يكشف عن توزيعها المتميز عبر الجينات وإثرائها النوعي في جينات الهيستون المعتمدة على التضاعف.