170 ورقة بحثية
تثبت هذه الورقة أن أهداف الحمض النووي الريبوزي (RNA) التي تحتوي على حلزونين أقصى طول لهما 2 ولا تحتوي على أي حلزونات بطول 1 تظل قابلة للتصميم ضمن نموذج واتسون-كريك الرباعي، مما يوسع ضمانات القابلية للفصل بمقياس (modulo-) من خلال الجمع بين عمليات نقل التلوين المحلي وحجج العد العالمي، مع التحقق من البرهان الرسمي في Lean 4.
تقدم هذه الورقة خوارزمية عليا منهجية لإعادة البناء من المبادئ الأولية لخلائط المجهر الإلكتروني برد المبرد (cryo-EM) المعقدة التي تحتوي على عشرات الأنواع المتميزة، محققة دقة عالية في مجموعات البيانات المرجعية ومظهرةً نجاحاً في استعادة حالات تجميع الريبوسومات من بيانات تجريبية غير مصفاة.
تقترح هذه الورقة طريقة مبتكرة لتقييم تنبؤات بنية البروتين دون الحاجة إلى بيانات مرجعية تجريبية من خلال تحليل توزيعات الزوايا ثنائية السطح عبر مسافة ماهالانوبيس، مما يقدم مقياساً يرتبط بجذر متوسط مربع الانحراف (RMSD) التقليدي مع تحديد مناطق محددة للتحسين الهيكلي.
تقدم الورقة البحثية PepLLM، وهو إطار عمل مضبوط بالتعليمات يدمج تضمينات البروتين المشفرة بواسطة ESM مع فك تشفير LLaMA لتوليد تعليقات توضيحية بصيغة JSON مهيكلة وقابلة للقراءة آلياً تفصل الآليات الفيزيائية الكيميائية والخصائص متعددة السمات لواجهات الارتباط بين البروتين والببتيد.
تقدم هذه الورقة إطار عمل قابلاً للتوسع لتعداد البوليمرات المثلى من نوع باريتو في أنظمة النطاق والمونومر باستخدام حسابات أساس هيلبرت وتصاميم التغطية التوافقية، مما يتيح تنبؤاً فعالاً ومبرراً ديناميكياً حرارياً لتركيزات التوازن لأنظمة البرمجة الجزيئية للحمض النووي (DNA) الكبيرة.
تقدم الورقة البحثية ARCHER، وهو مصنف تبايني مستهلك (amortized) يعمل بنظام التعلم الصفري (zero-shot)، يقوم بتعميم تقدير الوضعية في المجهر الإلكتروني برد التجميد (cryo-EM) عبر هياكل بروتينية متنوعة من خلال التكيّف مع أحجام مرجعية في فضاء فوريه، محققاً دقة عالية ومحافظاً على إشارات الهيئة البنيوية دون الحاجة إلى إعادة التدريب لكل هيكل على حدة.
يشرح هذا الفصل كيف يقوم مطياف رامان الرنيني بعزل الإشارات الخاصة بالكروموفور في الأنظمة البيولوجية المعقدة، ويمد هذا المبدأ إلى النطاق الزمني عبر مطياف رامان الرنيني المحفز بالفيمتو ثانية للتمييز بين الأنواع العابرة المتزامنة من خلال ضبط ضخ رامان عبر مستويات امتصاص الحالة المثارة.
تقدم الورقة البحثية إطار عمل PHASE، الذي يحول المجموعات التشكيلية للبروتينات على المستوى الذري إلى نماذج إحصائية مدمجة وقابلة للتفسير باستخدام هاملتونيّات محلية وإعادة بناء كاملة للنموذج الذري، مما يتيح إعادة بناء مشاهِد التنشيط المعقدة والترميز المباشر لعمليات التلدين الكلاسيكية والكمومية.
تقدم الورقة البحثية Harmony، وهو إطار عمل للانتشار الالتوائي التوافقي يعمل على نمذجة الهندسة الدورية للمتغيرات الزاوية بشكل صريح لتحسين دقة وصلاحية فيزيائية عملية إرساء البروتين والربيطة المرنة بشكل كبير مقارنة بالطرق الحالية.
تقترح هذه الورقة وتثبت تجريبياً إطار عمل هجيناً كمياً-كلاسيكياً موفراً للموارد لعملية الإرساء الجزيئي، والذي يعيد صياغة المشكلة كمسألة كليكة ذات أوزان رؤوس قصوى، ويستخدم استراتيجية ترميز كاملة الأساس تباينية مع مُحسِّن حالة منتج نقية مثبت، ويُظهر الجدوى على حاسوب كمي من نوع IBM للنهوض بتصميم الأدوية القائم على البنية.