170 ورقة بحثية
تقترح هذه الورقة إطاراً رياضياً موحداً يعامل البيولوجيا الاختزالية كمنظومة مهيكلة، وديناميكية، ومدمجة مكانياً، متجاوزةً بذلك السرد الوصفي للفهارس لتشرح كيف تنبثق الوظيفة والسلوك البيولوجي من التنظيم الهندسي والجبري للتحولات الجزيئية.
تقدم هذه الورقة البحثية "الترميز البروتيني التكيفي" (Adaptive Protein Tokenization)، وهو منهج ترميز عالمي يتغلب على قيود الأساليب المحلية الحالية من خلال الإضافة التدريجية للتفاصيل إلى تمثيلات البروتين، مما يحسن الأداء في مهام التوليد وإعادة البناء والتصنيف، مع تمكين الاستدلال التكيفي وتطبيقات مبتكرة مثل تقليص البروتين بصفر من الأمثلة (zero-shot protein shrinking).
تقدم هذه الورقة ConforMix، وهو خوارزمية في وقت الاستدلال تعمل على تعزيز نماذج الانتشار لأخذ عينات واكتشاف تضاريس التشكيل الجزيئي الحيوي المتنوعة بكفاءة، بما في ذلك حركات النطاقات والجيوب الخفية، دون الحاجة إلى معرفة مسبقة بدرجات الحرية أو إعادة التدريب.
تقدم هذه الورقة تحليلاً نظرياً يثبت أن اختيار الميزات غير الخاضع للإشراف للبروتينات باستخدام عدم توازن المعلومات القابل للتفاضل يكشف عن انتقال طوري بين حالات تشبه الزجاج وحالات تشبه السائل، حيث يتزامن العدد الحرج للميزات الفيزيائية والكيميائية مع تشبع أداء التصنيف اللاحق، مما يقدم معياراً مبدئياً لتحديد مجموعات الميزات الدنيا.
تقدم هذه الورقة البحثية UCCS، وهي طريقة جديدة للتوجيه أثناء الاستدلال تعمل بفعالية على تقليل التكرار المرضي في نماذج لغة البروتين من خلال بناء مجموعات بيانات تباينية محكومة بالمنفعة، مما يؤدي إلى تحسين موثوقية التوليد دون المساس بقابلية الطي الهيكلي أو الحاجة إلى إعادة تدريب النموذج.