🧬 biology

Rotation, rescaling, or replacement? Decomposing organ adaptation in single-cell transformer representations

من خلال الاستفادة من ثلاث نقاط تفتيش لنموذج scGPT ذات بنيات متطابقة ولكن مع مجموعات بيانات تدريب مسبق مختلفة، تُظهر هذه الدراسة أن التكيف الخاص بالأعضاء في نماذج المحولات أحادية الخلية ضئيل ومركز في طبقات انتباه محددة بدلاً من التحولات الهندسية الشاملة، مما يشير إلى أن النماذج المدربة على أقل من عشرة ملايين خلية تحتفظ إلى حد كبير بضجيج التهيئة الأولية، وأن نقاط التفتيش العامة هي الأفضل لاستخراج الخوارزميات البيولوجية.

Liu Chen2026-08-06
🧬 biology

Spectral universality in single-cell foundation models: a low-dimensional shared core carries the biology

على الرغم من الاختلافات الجوهرية في البنية والمعلمات، تشترك النماذج التأسيسية للخلية الواحدة في نواة ذات أبعاد منخفضة، صغيرة ومتينة وقابلة للتفسير بيولوجياً، تتفوق على تمثيلاتها الكاملة الفردية في مهام الاسترجاع الوظيفي، مما يكشف أن معظم قدرتها التمثيلية هي قدرة خاصة وخاملة بيولوجياً.

Liu Chen2026-08-06
🧬 biology

Emergence Requires No Miracle: Eligibility Is All You Need

تثبت هذه الورقة أن أثر الاستحقاق هو الآلية الزمنية الوحيدة وغير القابلة للتفاوض المطلوبة لظهور التمايز في الشبكات العصبية النبضية ذات المكافأة المعدلة، حيث يؤدي حذفه إلى إلغاء النظام بينما يتحكم امتداده مباشرة في درجة التمايز بغض النظر عن حجم الشبكة.

Yahua Ruan2026-08-06
🧬 biology

Where in the spectrum does biology live? A confound audit and a compaction law for gene embeddings of single-cell foundation models

تكشف هذه الورقة أن المحاور الطيفية الرائدة لنماذج التأسيس أحادية الخلية مرتبطة في الغالب بوفرة التعبير الجيني بدلاً من المعنى البيولوجي، مما يثبت أن إزالة هذه المحاور يحسن أداء الاسترجاع ويؤسس قانون ضغط يعتمد على النموذج يوجه خفض الأبعاد الأمثل للمهام البيولوجية.

Liu Chen2026-08-06
🧬 biology

Does AI-predicted biochemical age predict death? A cross-validated re-examination in NHANES 1999–2018 with linked mortality follow-up

تُظهر هذه الدراسة أنه في حين يمكن لنماذج تعلم الآلة المعقدة أن تتنبأ بالعمر الزمني من كيمياء الدم بدقة أكبر، إلا أن مقاييس "تسارع العمر" الناتجة عنها تكون أقل فعالية في التنبؤ بالوفاة مقارنة بالنماذج الأبسط أو المؤشرات الحيوية المدربة مباشرة على نتائج الوفاة، مما يكشف أن هدف التدريب وليس تعقيد النموذج أو المؤشرات الحيوية هو العامل الحاسم في تطوير مقايضات عمر بيولوجي مفيدة.

John Feng2026-08-06
🧬 biology

How Much of a Donor-Level Signal in Single-Cell Data Is Just Cell-Type Composition?

تُظهر هذه الدراسة أنه في تحليلات الخلية الواحدة على مستوى المتبرع، غالبًا ما يؤدي التحكم في تكوين نوع الخلية إلى إزالة إشارات ضئيلة لأن ملفات التعبير تحتفظ بمعظم معلومات السمة حتى عند تثبيت التكوين، وأن القوة المتصورة للتكوين كعامل مربك تعتمد بشكل كبير على دقة التوصيف المستخدم لنوع الخلية.

John Feng2026-08-06
🧬 biology

Spatial GNN Analyzer: An AI-Powered Graph Neural Network Framework for Spatial Transcriptomics Domain Analysis and Visualization

تقدم هذه الورقة "Spatial GNN Analyzer"، وهو إطار عمل مدعوم بالذكاء الاصطناعي يدمج الشبكات العصبية الرسومية مع بيانات النسخ المكاني لتمكين تحديد النطاقات المكانية القوي والمتماسك بيولوجياً والتصور التفاعلي، مما يظهر أداءً فائقاً في الحفاظ على البنية النسيجية مقارنة بالطرق التقليدية غير المكانية.

Subhasankar Khilar, Natarajan Elamathi2026-08-06
🧬 biology

Asymmetric responses of microbial community structure mediated by root exudates under grazing

تكشف هذه الدراسة أن الرعي يغير ملامح الإفرازات الجذرية لنبات *Stipa grandis* ليقود استجابات ميكروبية غير متماثلة، حيث يعزز الرعي قصير الأمد نمو البكتيريا عبر الدهون الغنية بالطاقة بينما يحافظ الرعي طويل الأمد على الارتباطات الفطرية من خلال المستقلبات الدفاعية، مع تقيد مواضع شبكة المستقلبات بالخصائص الديناميكية الحرارية في البكتيريا ولكن بالتعقيد الهيكلي الجزيئي في الفطريات.

wei wen2026-08-06
🧬 biology

The Conservation-Tolerance Paradox: Solvent Exposure and Conformational Flexibility Predict False-Positive Deleteriousness Signals Across Ten Deep Mutational Scanning Datasets

تكشف هذه الدراسة أن الحفظ التطوري غالباً ما يولد تنبؤات إيجابية كاذبة بضرر الطفرات المغلطة، وهو نمط فشل يمكن التنبؤ به بقوة وبشكل مستقل من خلال ارتفاع إمكانية الوصول إلى المذيب والمرونة التشكيلية عبر عشر مجموعات بيانات للمسح الطفري العميق.

Amir Mahdi Mahboubi2026-08-06
🧬 biology

Targeting cancer-intrinsic protein neddylation bypasses the loss of JAK/STAT signaling and overcomes acquired resistance to immunotherapy

تُظهر هذه الدراسة أن استهداف عملية "النديلة" (neddylation) للبروتين الجوهري في السرطان يتغلب على المقاومة المكتسبة للعلاج المناعي في الأورام التي تعاني من نقص في مسار JAK/STAT، وذلك عبر تثبيت بروتين cGAS المرتبط بالكروماتين، مما يؤدي إلى استعادة الإشارات الالتهابية وتعزيز ارتشاح الخلايا المناعية لتحسس الأورام تجاه حصار PD1.

Yumeng Mao, Marta Rubies Bedos, Yonglin Lu, Eirini Voutsinou, Irineos Papakyriacou, Liam Alford, Rebeca Parracho, Vaishn (…)2026-08-06