🧬 Category

q-bio

5531 ورقة بحثية

🧬 الأحياء

Does AI-predicted biochemical age predict death? A cross-validated re-examination in NHANES 1999–2018 with linked mortality follow-up

تُظهر هذه الدراسة أنه في حين يمكن لنماذج تعلم الآلة المعقدة أن تتنبأ بالعمر الزمني من كيمياء الدم بدقة أكبر، إلا أن مقاييس "تسارع العمر" الناتجة عنها تكون أقل فعالية في التنبؤ بالوفاة مقارنة بالنماذج الأبسط أو المؤشرات الحيوية المدربة مباشرة على نتائج الوفاة، مما يكشف أن هدف التدريب وليس تعقيد النموذج أو المؤشرات الحيوية هو العامل الحاسم في تطوير مقايضات عمر بيولوجي مفيدة.

John Feng2026-08-06
🧬 الأحياء

How Much of a Donor-Level Signal in Single-Cell Data Is Just Cell-Type Composition?

تُظهر هذه الدراسة أنه في تحليلات الخلية الواحدة على مستوى المتبرع، غالبًا ما يؤدي التحكم في تكوين نوع الخلية إلى إزالة إشارات ضئيلة لأن ملفات التعبير تحتفظ بمعظم معلومات السمة حتى عند تثبيت التكوين، وأن القوة المتصورة للتكوين كعامل مربك تعتمد بشكل كبير على دقة التوصيف المستخدم لنوع الخلية.

John Feng2026-08-06
🧬 الأحياء

Spatial GNN Analyzer: An AI-Powered Graph Neural Network Framework for Spatial Transcriptomics Domain Analysis and Visualization

تقدم هذه الورقة "Spatial GNN Analyzer"، وهو إطار عمل مدعوم بالذكاء الاصطناعي يدمج الشبكات العصبية الرسومية مع بيانات النسخ المكاني لتمكين تحديد النطاقات المكانية القوي والمتماسك بيولوجياً والتصور التفاعلي، مما يظهر أداءً فائقاً في الحفاظ على البنية النسيجية مقارنة بالطرق التقليدية غير المكانية.

Subhasankar Khilar, Natarajan Elamathi2026-08-06
🧬 الأحياء

Asymmetric responses of microbial community structure mediated by root exudates under grazing

تكشف هذه الدراسة أن الرعي يغير ملامح الإفرازات الجذرية لنبات *Stipa grandis* ليقود استجابات ميكروبية غير متماثلة، حيث يعزز الرعي قصير الأمد نمو البكتيريا عبر الدهون الغنية بالطاقة بينما يحافظ الرعي طويل الأمد على الارتباطات الفطرية من خلال المستقلبات الدفاعية، مع تقيد مواضع شبكة المستقلبات بالخصائص الديناميكية الحرارية في البكتيريا ولكن بالتعقيد الهيكلي الجزيئي في الفطريات.

wei wen2026-08-06
🧬 الأحياء

The Conservation-Tolerance Paradox: Solvent Exposure and Conformational Flexibility Predict False-Positive Deleteriousness Signals Across Ten Deep Mutational Scanning Datasets

تكشف هذه الدراسة أن الحفظ التطوري غالباً ما يولد تنبؤات إيجابية كاذبة بضرر الطفرات المغلطة، وهو نمط فشل يمكن التنبؤ به بقوة وبشكل مستقل من خلال ارتفاع إمكانية الوصول إلى المذيب والمرونة التشكيلية عبر عشر مجموعات بيانات للمسح الطفري العميق.

Amir Mahdi Mahboubi2026-08-06
🧬 الأحياء

Targeting cancer-intrinsic protein neddylation bypasses the loss of JAK/STAT signaling and overcomes acquired resistance to immunotherapy

تُظهر هذه الدراسة أن استهداف عملية "النديلة" (neddylation) للبروتين الجوهري في السرطان يتغلب على المقاومة المكتسبة للعلاج المناعي في الأورام التي تعاني من نقص في مسار JAK/STAT، وذلك عبر تثبيت بروتين cGAS المرتبط بالكروماتين، مما يؤدي إلى استعادة الإشارات الالتهابية وتعزيز ارتشاح الخلايا المناعية لتحسس الأورام تجاه حصار PD1.

Yumeng Mao, Marta Rubies Bedos, Yonglin Lu, Eirini Voutsinou, Irineos Papakyriacou, Liam Alford, Rebeca Parracho, Vaishn (…)2026-08-06
🧬 الأحياء

Structural variants contribute substantially to complex trait heritability

تقدم هذه الدراسة أداة MiXeR-SV لتوضيح أن المتغيرات الهيكلية، على الرغم من تشكيلها جزءًا ضئيلًا من المتغيرات الجينومية، تساهم بشكل كبير في توريث العديد من السمات المعقدة — لا سيلوما في المظاهر الدموية والأيضية والسرطانية — مما يساعد في سد الفجوة بين تقديرات التوريث القائمة على تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNP) وتقديرات التوائم.

Dat Thanh Nguyen, Alexey A. Shadrin, Nadine Parker, Julian Fuhrer, Nam S. Vo, Anders M. Dale, Ole A. Andreassen, Oleksan (…)2026-08-06
🧬 الأحياء

RECIPE bridges transcriptomics and proteomics with deep graph learning on Ribo-seq data

تقدم الورقة البحثية RECIPE، وهو إطار عمل للشبكات العصبية الرسومية يستفيد من بيانات Ribo-seq أو البيانات النسخية المتكاملة مع شبكات التفاعل بين البروتينات للتنبؤ بدقة بوفرة البروتينات على مستوى البروتينوم، متجاوزاً بذلك بفعالية قيود قياسات البروتوميات غير المكتملة في كل من سياقات القياس الكلي والخلية الواحدة.

Jun Ding, Luying Su, Bowen Zhao, Kailu Song, Dingfeng Zou, Jingtao Wang, Ziyang Wang, Wei Liu, Xiuhui Yang, Qinghui Duan (…)2026-08-06
🧬 الأحياء

Microbiome-to-Nigrostriatal Vulnerability Mapping Prioritizes SCFA-Linked Gut-Brain Axes in Parkinson’s Disease

تقدم الدراسة إطار عمل MiNi-PD لتحديد أولويات محاور الأمعاء والدماغ في مرض باركنسون، كاشفةً أن المستقلبات المرتبطة بالأحماض الدهنية قصيرة السلسلة، ولا سيما البوتيرات وحمض 3-إندول بروبيونيك، تتقارب عند الجين المضيف IL1B داخل المادة السوداء لتحديد آلية التهابية ذات دلالة بيولوجية.

Nabanita Ghosh2026-08-06
🧬 الأحياء

Proton-coupled alternating access in a versatile mycobacterial Spns drug transporter

توضح هذه الدراسة التنوع الآلي لناقل MsSpns في المتفطرة من خلال بيان كيف تُمكّن التغيرات التشكيلية المدفوعة بالبرتنة والتفاعلات المتميزة مع الركائز طيّة Spns من تشغيل أنماط نقل متضادة، مما يسهل كلاً من طرد الكاتيونات المحبة للماء وامتصاص المركبات المحبة للدهون.

Reza Dastvan, Samantha Gies, Kevin Jagessar, Tianqi Wu, Ian Miller, Khadijeh Dastvan2026-08-06