Porcine-CaMo multimodal wearable ECG, kinematics and heat- production data in respirometry chambers
تُعد مجموعة بيانات Porcine-CaMo مورداً متعدد الوسائط ثنائي المجموعات من جامعة الصين الزراعية، حيث تدمج إشارات تخطيط كهربائية القلب والحركة المسجلة باستمرار من الأجهزة القابلة للارتداء مع بيانات إنتاج الحرارة لمدة 5 دقائق من الخنازير النامية في غرف قياس التنفس لدعم الأبحاث في نمذجة التمثيل الغذائي للخنازير، وتحليل تقلب معدل ضربات القلب، وتقييم الطرق عبر المجموعات.
إن قياس كمية الطاقة التي يحرقها الحيوان هو سؤال جوهري في علم الأحياء، وهو سؤال يساعد العلماء على فهم كل شيء، بدءاً من مدى كفاءة الخنزير في تحويل العلف إلى لحم، وصولاً إلى كيفية إدارة حيوان ضخم لدرجة حرارة جسمه. لعقود من الزمن، كانت الطريقة الأكثر موثوقية للحصول على هذه الإجابة هي وضع الحيوان داخل غرفة معزولة ومتحكم في مناخها، وقياس كمية الأكسجين الذي يستنشقه وثاني أكسيد الكربون الذي يزفره بدقة. هذه الطريقة، المعروفة باسم قياس السعرات الحرارية غير المباشر، تعمل كمعيار ذهبي لحساب إنتاج الحرارة. ومع ذلك، فإن هذه الغرف باهظة الثمن، ويصعب صيانتها، وغالباً ما تكون صغيرة جداً أو مقيدة بحيث لا تسمح للحيوانات بالتحرك بشكل طبيعي، مما يعني أن البيانات التي يتم جمعها قد لا تعكس كيفية سلوك الحيوان في العالم الحقيقي. لطالما أراد العلماء طريقة أبسط لتقدير استخدام هذه الطاقة من خلال مراقبة الإشارات التي يطلقها الحيوان بشكل طبيعي، مثل ضربات قلبه وحركاته، لكنهم افتقروا إلى مجموعة بيانات كبيرة وعالية الجودة لتعليم الحواسيب كيفية إجراء هذا الربط بدقة.
لقد نجح فريق من الباحثين في جامعة الصين الزراعية الآن في سد هذه الفجوة من خلال إنشاء سجل ضخم ومفصل لخنازير نامية تتحرك بحرية داخل هذه الغرف الخاصة. فقد زودوا الحيوانات بأجهزة صغيرة قابلة للارتداء عملت بمثابة مذكرات يومية مستمرة لحياتها، حيث سجلت ضربات قلبها، وحركات جسمها، وإنتاجها للحرارة في آن واحد. والنتيجة هي مجموعة بيانات تسمى (Porcine-CaMo)، والتي تلتقط أكثر من 150 يوماً من البيانات المستمرة من مجموعتين مختلفتين من الخنازير. تألفت إحدى المجموعتين من خنازير أكبر حجماً تمت مراقبتها على مدار عشر فترات منفصلة مدة كل منها أربعة أيام، بينما تكونت المجموعة الأخرى من خنازير أصغر حجماً تمت مراقبتها على مدار نافذة زمنية مدتها اثنان وعشرون يوماً. ومن خلال الجمع بين سجلات الأجهزة القابلة للارتداء وهذه القياسات الدقيقة من الغرف، قدم الباحثون مكتبة مرجعية جديدة تسمح للآخرين ببناء نماذج أفضل للتنبؤ باستخدام الطاقة دون الحاجة إلى حبس الحيوانات في غرفة.
لقد صُممت التكنولوجيا القابلة للارتداء المستخدمة في هذه الدراسة لتكون غير مزعجة ومتينة. فمن خلال تثبيتها بإحكام على ظهور الخنازير، سجلت هذه الأجهزة النشاط الكهربائي للقلب خمسمائة واثني عشر مرة في الثانية، مما يسمح بالتقاط اللحظة الدقيقة لكل نبضة. وفي الوقت نفسه، تتبعت حركة الحيوان عشر مرات في الثانية، ملاحظةً كيفية دوران الخنزير وتسارعه في ثلاثة أبعاد. هذا التسجيل عالي السرعة أمر بالغ الأهمية لأنه يسمح للعلماء ليس فقط برؤية أن الحيوان قد تحرك، بل برؤية كيف ارتبط هذا التحرك بالضبط بإيقاع القلب. كما حرص الباحثون على أن تكون الأجهزة آمنة للحيوانات، باستخدام أسلاك قابلة للفصل لمنع الضرر في حال قام الخنزير بمضغها، وكان بإمكان الحيوانات الأكل والشرب والاستراحة بشكل طبيعي طوال فترة التجربة.
ولتحويل هذا التدفق الهائل من المعلومات إلى معنى، طور الفريق نظاماً حاسوبياً متطوراً لتنظيف وتنظيم البيانات. فغالباً ما تحتوي إشارات ضربات القلب الخام على ضوضاء ناتجة عن حركة الحيوان، لذا استخدم الباحثون نموذج ذكاء اصطناعي متخصص لتحديد ضربات القلب الحقيقية وإزالة الضربات الزائفة. ثم قاموا بتجميع البيانات في كتل مدة كل منها خمس دقائق، وربطوا معدل ضربات القلب وأنماط الحركة بقياسات إنتاج الحرارة المأخوذة من مستشعرات الهواء في الغرفة. خلقت هذه العملية جدولاً زمنياً متزامناً حيث يمكن مقارنة كل تغيير في نشاط الخنزير أو معدل ضربات قلبه مباشرة بالتغيير في الطاقة التي يحرقها. وقد أصدر الفريق نسختين من البيانات: نسخة "مصححة" مناسبة لمعظم الأبحاث، ونسخة "مثالية" تم فحصها يدوياً من قبل خبراء لضمان تسمية كل نبضة قلب بشكل صحيح، مما يوفر معياراً ذهبياً لتدريب البرامج الحاسوبية الجديدة.
كشفت الدراسة أن البيانات متسقة وموثوقة بما يكفي لاستخدامها في التحليل المعقد. فقد تحقق الباحثون من أن أنماط معدل ضربات القلب تتبع الدورات اليومية الطبيعية، حيث ترتفع وتنخفض مع مستويات نشاط الخنازير، وأكدوا أن أرقام إنتاج الحرارة منطقية بيولوجياً، مثل إظهار استخدام أقل للطاقة في الأيام التي لا يتم فيها إطعام الخنازير. كما لاحظوا أنه بينما كانت مجموعتا الخنازير مختلفتين في الحجم وكانت المعدات المستخدمة لهما ذات اختلافات طفيفة، إلا أن الإشارات الجوهرية ظلت واضحة وقابلة للمقارنة. هذه الاتساق أمر حيوي لأنه يعني أنه يمكن استخدام البيانات لاختبار ما إذا كان النموذج المدرب على مجموعة واحدة من الخنازير يمكن أن يعمل على مجموعة أخرى، مما يساعد في بناء أدوات أكثر شمولية لعلوم الحيوان.
لا يدعي هذا العمل أنه قد حل مشكلة قياس طاقة الحيوان بمفرده، ولكنه يوفر المادة الخام الأساسية اللازمة للقيام بذلك. ومن خلال إتاحة مجموعة البيانات هذه والبرمجيات المستخدمة لمعالجتها مجاناً، خفض الباحثون الحاجز أمام العلماء الآخرين لتطوير أدوات تنبؤ أفضل. وبدلاً من الحاجة إلى بناء غرف باهظة الثمن لكل دراسة جديدة، يمكن للباحثين في المستقبل استخدام هذه الإشارات القابلة للارتداء لتقدير إنتاج الحرارة بدقة أكبر. وتتضمن مجموعة البيانات ليس فقط الأرقام، بل أيضاً الكود التعليمي والتعليمات اللازمة لتكرار التحليل، مما يضمن قدرة المجتمع العلمي على البناء على هذا الأساس لتحسين ممارسات تغذية الحيوان ورعايته وتربيته.
ملخص تقني: مجموعة بيانات Porcine-CaMo متعددة الوسائط للأجهزة القابلة للارتداء
بيان المشكلة
تُعد قياسات السعرات الحرارية غير المباشرة باستخدام غرف قياس التنفس ذات الدائرة المفتوحة المعيار الذهبي لقياس إجمالي إنتاج الحرارة (HP) وتقييم صافي طاقة العلف في الحيوانات. ومع ذلك، فإن هذه الطريقة مقيدة بالتكاليف المرتفعة، وانخفاض الإنتاجية، وصعوبة الصيانة، وصعوبة التكيف مع بيئات الإنتاج. وبينما تُعد تقلبات معدل ضربات القلب (HRV) المستمدة من تخطيط كهرباء القلب (ECG) وإشارات حركة الجسم من وحدات القياس بالقصور الذاتي (IMUs) مرشحات واعدة لتقدير إنتاج الحرارة (HP)، إلا أن هناك ندرة حرجة في مجموعات البيانات المتاحة علنًا والتي توفر في آن واحد:
بيانات تخطيط قلب (ECG) عالية الدقة ومستمرة لعدة أيام.
إشارات حركة جسم متزامنة.
إنتاج حرارة (HP) للجسم بالكامل تم قياسه مباشرة تحت ظروف بيئية محكومة.
عادة ما تكون بيانات تخطيط القلب للخنازير الموجودة حاليًا قصيرة المدى أو يتم جمعها تحت قيود التوصيل السلكي، بينما تفتقر مجموعات بيانات قياس السعرات الحرارية المنشورة غالبًا إلى دقة مستوى المللي ثانية المطلوبة لتحليل قوي لتقلبات معدل ضربات القلب (HRV).
المنهجية
تعالج مجموعة بيانات Porice-CaMo هذه الفجوات من خلال مجموعتين متميزتين تم جمعهما في جامعة الصين الزراعية داخل غرف قيال السعرات الحرارية ذات الدائرة المفتوحة.
التصميم التجريبي
مجموعة خريف 2025: 6 خنازير نامية (30-100 كجم) تمت مراقبتها على مدار 10 فترات متتالية مدة كل منها 4 أيام (3 أيام تغذية، يوم صيام). استخدمت هذه المجموعة جهازًا قابلًا للارتداء من الجيل الثالث وتغطي 106 "يوم-خنزير-غرفة".
مجموعة يناير 2025: 9 خنازير نامية صغيرة الحجم (25-33 كجم) تمت مراقبتها على مدار نافذة زمنية مدتها 22 يومًا. استخدمت هذه المجموعة جهازًا أقدم من الجيل الثاني وتغطي 45 "يوم-خنزير-غرفة".
البيئة: وُضعت الخنازير بشكل فردي في غرف عند درجة حرارة 19 مئوية ورطوبة 70% مع إضاءة محكومة (06:00–18:00).
الأجهزة والاستحواذ
الأجهزة القابلة للارتداء: أجهزة مخصصة مطبوعة بتقنية ثلاثية الأبعاد، تُثبت على الظهر ويتم التحكم فيها بواسطة متحكمات دقيقة من نوع STM32F103C8T6.
تخطيط القلب (ECG): إشارات أحادية القطب يتم تسجيلها بتردد 512 هرتز باستخدام واجهة أمامية تناظرية من نوع BMD101.
وحدة القياس بالقصور الذاتي (IMU): جيروسكوب ثلاثي المحاور بتردد 10 هرتز، وفي (مجموعة الخريف) مقياس تسارع ثلاثي المحاور باستخدام مستشعر HWT905 تساعي المحاور. تم استبعاد بيانات المغناطيسية بسبب التداخل من الهياكل المعدنية للغرفة.
النقل: يتم نقل البيانات عبر بلوتوث ESP32-A1S إلى جهاز مضيف يعمل ببرنامج الاستحواذ SwineDAQ.
قياس السعرات الحرارية: استُخدم قياس السعرات الحرارية غير المباشر ذو الضغط السلبي والدائرة المفتوحة. تم قياس تبادل الغازات (O₂، CO₂، CH₄) بوتيرة زمنية قدرها 5 دقائق. تم حساب إنتاج الحرارة (HP) باستخدام معادلة Brouwer، مع معالجة البيانات لاستبعاد فترات فتح الأبواب وأخطاء المستشعرات.
خط معالجة الإشارة
معالجة تخطيط القلب (ECG): تم استخدام نموذج هجين من نوع CNN-Transformer U-Net (يُسمى ECG TransUNet) للكشف عن قمة R. خضع النموذج لعملية تدريب من مرحلتين (تدريب أساسي على مقاطع مدققة مهنيًا، يليه تصحيح دقيق)، واستخدم تصحيحًا إحصائيًا تكيفيًا قائمًا على البيانات لتنقية فترات R-R.
استخراج الميزات:
تقلب معدل ضربات القلب (HRV): يتم حسابه من تسلسلات قمة R، بما في ذلك المؤشرات في النطاق الزمني، والنطاق الترددي (Lomb-Scargle مع قطع التردد العالي عند 2.0 هرتز)، والمؤشرات غير الخطية (SampEn، DFA، Poincaré).
الحركية (Kinematics): تم دمج بيانات IMU في إشارات بتردد 1 هرتز وتجميعها في نوافذ مدتها 5 دقائق. شملت الميزات VeDBA (لمجموعة الخريف)، وإحصائيات السرعة الزاوية، والمقاييس المشتقة مثل بدائل الزخم الزاوي الموزونة بكتلة الجسم.
محاذاة البيانات: تمت محاذاة جميع الوسائط (ECG، IMU، HP) مع نوافذ مدتها 5 دقائق تتوافق مع فترات قياس السعرات الحرارية.
المساهمات الرئيسية
مجموعة بيانات متعددة الوسائط: إصدار 151 "يوم-خنزير-غرفة" من بيانات متزامنة لـ ECG وIMU وHP، مما يعالج ندرة الموارد التي توفر في آن واحد تخطيط قلب عالي الدقة ومستمر لعدة أيام، وإشارات حركة جسم متزامنة، وإنتاج حرارة (HP) للجسم بالكامل تم قياسه مباشرة تحت ظروف بيئية محكومة.
تصنيف الجودة: تقديم فئة "المصححة" (إصدار كامل مع تصحيح إحصائي تكيفي) وفئة "المثالية" (مدققة يدويًا، بدقة تقارب 100% في تعليقات قمة R) لمجموعة الخريف. بالنسبة لمجموعة يناير، تم توفير مجموعة فرعية مدققة مهنيًا (ECGModelTrainData) كمتن ذهبي للتدريب.
البرمجيات مفتوحة المصدر: إطلاق خطوط معالجة البيانات الأساسية، بما في ذلك:
SwineSync-OpenSource: لمعالجة HRV وIMU.
OpenCalori-Swine: لتنفيذ معادلة Brouwer.
ECG-TransUNet: للتدريب على الكشف عن قمة R والاستدلال.
مصفوفات الميزات: مصفوفات ميزات معالجة مسبقًا جاهزة للنمذجة الخاضعة للإشراف (174 عمودًا للخريف، و158 ليناير)، بما في ذلك ميزات التأخير (lag features) والأهداف القياسية (allometric targets).
النتائج والتحقق التقني
تقدم الورقة تحققًا تقنيًا بدلاً من الاستنتاجات الإحصائية الاستدلالية:
دقة قمة R: أظهر نموذج ECG TransUNet، الذي تم تدريبه على مجموعة يناير وتحسينه على بيانات خارجية، دقة عالية عند تطبيقه على مجموعة الخريف. أكدت فحوصات الاتساق بين المجموعات إمكانية نقل أوزان النموذج.
إعادة إنتاج HRV: كانت توزيعات ميزات HRV (مثل HF_norm، ونسبة LF/HF) وأنماط ضربات القلب في الدورة اليوماوية متسقة عبر كلتا المجموعتين، رغم الاختلاف في حجم الحيوان، والموسم، وتكوين المستشعر.
معقولية إنتاج الحرارة (HP): وقعت قيم إنتاج الحرارة ضمن النطاقات الفسيولوجية المعقولة للفئات الوزنية المعنية. أظهرت أيام الصيام قيمًا وسيطة أقل لإنتاج الحرارة مقارنة بأيام التغذية، كما أظهرت تسلسلات إنتاج الحرارة تغيرات سلسة تتوافق مع ثابت خلط الغرفة (~10.4 دقيقة)، دون تغيرات مفاجئة تشير إلى انحراف المستشعر.
استقرار IMU: ظلت الفترات البينية للعينات لبيانات IMU ضمن نطاق تردد 9–11 هرتز الاسمي، مع معالجة قوية لفجوات الاتصال.
الأهمية
صُممت مجموعة بيانات Porcine-CaMo لخفض عتبة بناء نماذج التنبؤ بـ "HRV/IMU ← HP"، مما يسهل تطوير طرق بسيطة وموثوقة لتقدير إنتاج الحرارة في الماشية. ومن خلال توفير بيانات تدريب مراجعة مهنيًا للكشف عن قمة R وإتاحة برمجيات المعالجة كمصدر مفتوح، يهدف المؤلفون إلى تمكين:
نمذجة إنتاج الحرارة للخنازير وتقييم صافي الطاقة.
تحليل تقلبات معدل ضربات القلب (HRV) لمراقبة رفاهية الحيوان والحالة الأيضية.
النمذجة الحركية وتقييم المنهجيات عبر المجموعات المختلفة.
يؤكد المؤلفون أن مجموعة البيانات تعمل كـ "مقارن محكوم" نظرًا لShared Facility (المرفق المشترك) وخطوط المعالجة، مما يجعلها مناسبة لتقييم تأثير تكوينات المستشعرات والتصاميم التجريبية المختلفة. كما يحذرون من دمج المجموعتين في نموذج واحد بسبب الاختلافات المنهجية في الوزن، وتكوين المستشعر، والبيئة، ويوصون باستراتيجيات تدريب منفصلة أو التحقق من المجموعة المستبعدة بدلاً من ذلك.