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Ce deuxième article examine les mécanismes au niveau des réseaux qui génèrent des réponses émergentes à la température, en montrant comment les modèles déterministes et stochastiques transforment la dépendance de type Arrhenius des réactions individuelles en des comportements complexes tels que la compensation thermique et les limites thermiques au niveau du système.
Cet article propose que les quantités conservées dans les réseaux d'action de masse sont duales aux cycles internes et émet l'hypothèse d'une relation de dualité entre les prégrappes, les supports polyédraux invariants maximaux et les siphons.
Cet article présente un algorithme Python automatisé qui, en étendant le cadre théorique aux réseaux à multiples entrées, identifie systématiquement les sous-réseaux d'homéostasie et leurs conditions à partir de la topologie des réseaux d'entrée-sortie, surmontant ainsi les limites de l'énumération combinatoire pour appliquer la théorie des singularités à des systèmes biologiques complexes.
Cet article établit de nouvelles conditions suffisantes pour la récurrence positive et la non-explosion des réseaux de réactions stochastiques dans des compartiments dont la fragmentation dépend de leur contenu, démontrant ainsi que les critères précédents échouent dans ce cadre et étendant la modélisation théorique de la dynamique cellulaire.
Cet article propose une synthèse entre la théorie des réseaux de réactions chimiques et l'épidémiologie mathématique pour résoudre des problèmes de stabilité d'EDO positives, en généralisant le théorème de la matrice de la prochaine génération et en appliquant une approche symbolique-numeric aux problèmes de bifurcation via le package Epid-CRN.
Cette étude démontre que l'état énergétique intracellulaire, régi par la concentration d'ATP et l'énergie libre de phosphorylation, module non seulement la vitesse et la taille critique des noyaux de déclenchement des ondes de signalisation cellulaires, mais peut également inverser leur direction de propagation, reliant ainsi les conditions métaboliques à la dynamique spatiale des décisions cellulaires.
Le modèle drGT, présenté dans cet article, est une approche d'apprentissage profond sur graphes hétérogènes qui prédit la réponse aux médicaments et améliore l'interprétabilité des résultats en identifiant des biomarqueurs et des processus biologiques pertinents grâce à des coefficients d'attention, tout en démontrant des performances compétitives sur plusieurs jeux de données de référence.
Cette étude propose une architecture d'additionneur ternaire évolutif en ADN, reposant sur un circuit de blocage compétitif et une stratégie d'ajustement dynamique de la concentration, qui permet de réaliser des additions jusqu'à 17 bits et de surmonter les limitations des systèmes binaires actuels.
Cet article propose une méthode d'estimation des paramètres cinétiques des systèmes de quasi-réactions basée sur une approximation locale non linéaire du taux de hasard, qui offre une solution explicite robuste aux raideurs et améliore la précision des estimations, notamment pour des données espacées dans le temps, comme démontré sur des données biologiques de macaques rhésus.
Cet article présente HIDDENdb, une base de données interactive et gratuite qui intègre des cribles génétiques à grande échelle et des ressources multi-omiques pour cartographier les co-dépendances génétiques et protéiques, révélant ainsi des modules fonctionnels et des interactions structurales potentielles.
Cet article illustre l'application du package EpidCRN, fondé sur la théorie des réseaux de réactions chimiques, à l'analyse des modèles de propagation de rumeurs sur les réseaux sociaux, démontrant comment la structure des siphons permet de caractériser les transitions de stabilité sous forme de « relais » gouvernés par des inégalités d'invasion.
Cet article propose une approche thermodynamique statistique des circuits génétiques inductibles, privilégiant les concentrations d'effecteurs endogènes et les modèles détaillés de liaison par rapport aux fonctions de Hill et aux paramètres de circuit artificiels, afin de mieux comprendre la régulation de la stabilité de ces motifs dans les cellules vivantes.
Cet article présente une méthode de réduction pour les réseaux booléens basée sur les sommets dominants, permettant d'obtenir un système dynamique plus simple et asymptotiquement équivalent qui préserve la structure des attracteurs tout en fournissant des bornes sur leurs propriétés et en illustrant cette approche sur des réseaux en forme de trèfle.
Cette étude propose un cadre diagnostique pour quantifier l'instabilité des classements dans l'évaluation des réseaux de régulation génique, révélant que les inversions de rangs entre méthodes sont principalement dues à des variations de leur pouvoir discriminant plutôt qu'à des effets de taux de base, et soulignant ainsi la nécessité de pratiques de rapport plus robustes.
Cet article présente un modèle d'Ising unidimensionnel à deux paramètres qui explique la coopérativité dans l'activation des filaments fins du muscle strié en fonction du calcium et de la force des moteurs myosine, validant ses prédictions sur des données expérimentales, y compris sous l'effet du médicament Omecamtiv Mecarbil qui induit un mécanisme d'anti-coopérativité.