316 पेपर
यह अध्ययन *Leptospirillum ferriphilum* के ArsB पंप की उच्च-रिज़ॉल्यूशन क्रायो-ईएम (cryo-EM) संरचनाओं को प्रस्तुत करते हुए आर्सेनाइट बहिष्पेषण (efflux) के संरचनात्मक आधार को स्पष्ट करता है, जो एक अंतर्मुखी विन्यास (inward-facing conformation) को प्रकट करता है जहाँ धातुॉयड बंधन हाइड्रोजन बॉन्डिंग के माध्यम से होता है और संरक्षित एस्पार्टेट अवशेषों के माध्यम से प्रोटॉन परिवहन के साथ जुड़ा होता है।
यह अध्ययन PML-1 प्रोटीन के भीतर PXL नामक एक अद्वितीय न्यूक्लिक एसिड-बाइंडिंग मॉड्यूल की पहचान और संरचनात्मक लक्षण वर्णन करता है, जो G-समृद्ध सिंगल-स्ट्रैंडेड RNA और DNA मोटिफ्स के प्रति इसके चयनात्मक बंधन और जीन अभिव्यक्ति एवं परमाणु संगठन को विनियमित करने के लिए ट्रांसक्रिप्टोम को संशोधित करने में इसकी भूमिका को प्रदर्शित करता है।
यह शोध पत्र OptiPrime को प्रस्तुत करता है, जो एक यांत्रिक मशीन लर्निंग मॉडल है जो विभिन्न संपादन रणनीतियों और कोशिका प्रकारों में प्राइम एडिटिंग परिणामों का अत्याधुनिक, व्याख्या योग्य और सामान्यीकरण योग्य पूर्वानुमान प्राप्त करता है, जिससे चूहों में एक तंत्रिका संबंधी विकार के इन विवो सुधार जैसे कुशल चिकित्सीय संपादन का डिज़ाइन सक्षम होता है।
यह अध्ययन दोहरावदार अनुक्रमों (repetitive sequences) द्वारा उत्पन्न असेंबली चुनौतियों को दूर करने के लिए लॉन्ग-रीड जीनोम सीक्वेंसिंग और अल्फाफोल्ड3 स्ट्रक्चरल मॉडलिंग का उपयोग करता है, जो भविष्य में बैक्टीरिया के उपनिवेशण (colonization) और संक्रमण को रोकने की रणनीतियों को सूचित करने के लिए सात ग्राम-नेगेटिव बैक्टीरियल प्रजातियों में 35 विशिष्ट आरटीएक्स (RTX) एडहेसिन्स की सफलतापूर्वक पहचान और लक्षण वर्णन करता है।
GATO-seq परख विकसित करके और क्रायो-ईएम (cryo-EM) का उपयोग करके, यह अध्ययन प्रकट करता है कि एक विशिष्ट न्यूक्लिक एसिड अनुक्रम आरएनए पॉलीमरेज़ II (RNA polymerase II) में एक अद्वितीय, TFIIIS-प्रतिरोधी "सुपर पॉज" (super pause) को प्रेरित करता है, जो एक थ्रोनिन-लाइन वाले पॉकेट (threonine-lined pocket) के माध्यम से एक प्रतिवर्ती, एकल-न्यूक्लियोटाइड बैकट्रैक्ड "साइडट्रैक्ड" (sidetracked) अवस्था को स्थिर करता है, जिससे यह प्रदर्शित होता है कि कैसे अनुक्रम सीधे ट्रांसक्रिप्शनल पॉज़िंग नियंत्रण को एनकोड करता है।
यह अध्ययन अत्यधिक संवेदनशील और तीव्र कीमिलुमिनेसेंट (chemiluminescent) प्रोब्स पेश करता है जो चयनात्मक रूप से ClbP एंजाइम को लक्षित करते हैं, जिससे कैंसर अनुसंधान और नैदानिक स्क्रीनिंग के अनुप्रयोगों के लिए जटिल मल नमूनों में कोलीबैक्टिन-उत्पादक *E. coli* का प्रत्यक्ष पता लगाना सक्षम होता है।
लेखक एंजाइम-टूलकिट (Enzyme-tk) प्रस्तुत करते हैं, जो विशिष्ट प्रतिक्रियाओं के लिए पहले से अज्ञात एंजाइमों की खोज करने हेतु 23 ओपन-सोर्स टूल्स और दो नवीन विधियों (Func-e और Oligopoolio) को एकीकृत करने वाला एक एकीकृत पाइपलाइन है, जिसने DEHP और TPP जैसे मानव-निर्मित प्रदूषकों को नष्ट करने में सक्षम थर्मोस्टेबल उम्मीदवारों की सफलतापूर्वक पहचान की है।
यह अध्ययन प्रकट करता है कि माइटोसिस के दौरान कंडेंसिन II (condensin II) का सक्रियण एक द्विभाजित तंत्र के माध्यम से संचालित होता है जहाँ प्रोटीन M18BP1, NCAPD3 पूंछ द्वारा होने वाले ऑटोइनहिबिशन (autoinhibition) को कम करता है और एक धनावेशित लूप के माध्यम से सीधे DNA एंकरिंग को बढ़ाता है, जिससे स्थिर गुणसूत्र संगठन संभव हो पाता है।
यह अध्ययन जौबर्ट सिंड्रोम प्रोटीन INPP5E के आणविक तंत्रों को स्पष्ट करता है, जिसमें ग्रोथ फैक्टर सिग्नलिंग रेगुलेटर्स के साथ इसके टायरोसिन फॉस्फोरिलेशन-निर्भर इंटरेक्टोम की पहचान की गई है और प्राइमरी सिलिया में PDGF और TGFβ मार्गों के इसके विभेदात्मक मॉड्यूलेशन को प्रदर्शित किया गया है।
यह शोध पत्र एक कम्प्यूटेशनल रूप से डिज़ाइन की गई प्रोटीन बाइंडर रणनीति प्रस्तुत करता है जो DHX9 हेलिकेज कोर और इसके dsRBD2 डोमेन के बीच ऑटोरेगुलेटरी इंटरफेस को लक्षित करती है ताकि कैंसर चिकित्सा के लिए विशेष रूप से DHX9 गतिविधि को बाधित किया जा सके, जो पारंपरिक लाइब्रेरी-आधारित स्क्रीनिंग विधियों का एक कुशल विकल्प प्रदान करता है।