1211 पेपर
यह शोध पत्र एक नवीन ग्राफ-आधारित ढांचे का प्रस्ताव करता है जो कई प्रकार के कैंसरों में नियामक मॉड्यूल की पहचान करने के लिए प्रतिस्पर्धी भविष्य कहनेवाला प्रदर्शन और संवर्धित जैविक व्याख्यात्मकता प्राप्त करने हेतु ओमिक्स डेटा निरूपणों में संरचित सांख्यिकीय वितरणों को एकीकृत करता है।
यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि ड्रग रिपर्पजिंग (दवा का पुनरुद्देश्य), विशेष रूप से आणविक गतिशीलता सिमुलेशन के माध्यम से चिकुनगुन्या वायरस के nsP2 सक्रिय स्थल को स्थिर करने और अवरुद्ध करने के लिए एचआईवी प्रोटिएज इनहिबिटर इंडिनैविर का उपयोग करना, CHIKV संक्रमण के उपचार के लिए एक आशाजनक और लागत प्रभावी चिकित्सीय रणनीति प्रदान करता है।
BioGraphX एक व्याख्यात्मक, संरचना-मुक्त ढांचे को पेश करता है जो अनुक्रमों से 158 जैव-भौतिक रूप से आधारित विशेषताओं को एनकोड करके प्रोटीन उपकोशिकीय स्थानीयकरण (subcellular localization) की भविष्यवाणी करता है, जिससे न्यूनतम पैरामीटर गणना के साथ अत्याधुनिक प्रदर्शन प्राप्त होता है और प्रोटीन लक्ष्यीकरण को नियंत्रित करने वाले जैव-भौतिक तर्क की गहरी अंतर्दृष्टि प्रदान होती है।
यह शोध पत्र SLOPE को प्रस्तुत करता है, जो एक अनसुपरवाइज्ड (unsupervised) डाइमेंशनलिटी रिडक्शन विधि है जो अल्जाइमर रोग के अमाइलॉइड प्रोग्रेशन को एक निरंतर पैमाने पर मॉडल करती है, जैविक रूप से सुसंगत प्रसार पैटर्न को प्रकट करती है और पारंपरिक वैश्विक अमाइलॉइड मापों की तुलना में प्रारंभिक चरण के परिवर्तनों के प्रति अधिक संवेदनशीलता प्रदान करती है।
यह शोध पत्र एक मोंटे कार्लो एल्गोरिदम प्रस्तुत करता है जो वृद्धिशील फिंगरप्रिंटिंग (incremental fingerprinting) के माध्यम से k-mer कलर सेट्स के ऑन-द-फ्लाई डिडुप्लिकेशन को निष्पादित करता है, जिससे काफी कम पीक मेमोरी उपयोग और प्रमाणित रूप से कम त्रुटि संभावना के साथ संकुचित कलर्ड डी ब्रुइजन ग्राफ इंडेक्स का निर्माण संभव हो पाता है।
यह शोध पत्र एक प्रयोगात्मक प्रमाण (proof-of-principle) सुपरवाइज्ड लर्निंग फ्रेमवर्क को प्रदर्शित करता है जो लेटेंट रिप्रेजेंटेशन के माध्यम से शोर युक्त (noisy) क्रायो-ईएम सिंगल-पार्टिकल इमेजेस को सीधे परमाणु निर्देशांकों (atomic coordinates) में सफलतापूर्वक मैप करता है, जिससे स्पष्ट पोज़ रिकवरी या 2D प्रोजेक्शन गणनाओं की आवश्यकता के बिना उच्च-सटीक संरचनात्मक भविष्यवाणियां प्राप्त होती हैं।
यह शोध पत्र गाइडेड टोकनाइजेशन (Guided Tokenization) को प्रस्तुत करता है, जो विभिन्न वर्गीकरण और प्रोफाइलिंग कार्यों में कॉम्पैक्ट जीनोमिक लैंग्वेज मॉडल्स के प्रदर्शन और जैविक जागरूकता को बढ़ाने के लिए जैविक और सांख्यिकीय रूप से महत्वपूर्ण उप-अनुक्रमों (subsequences) को प्राथमिकता देने वाली एक रणनीति है।
यह शोध पत्र यह प्रदर्शित करता है कि जब ओपन-वेट लार्ज लैंग्वेज मॉडल्स को रिट्रीवल और सिमेंटिक फ़िल्टरिंग वर्कफ़्लो में एकीकृत किया जाता है, तो वे सार्वजनिक जीवन विज्ञान डेटाबेस से अनस्ट्रक्चर्ड मेटाडेटा के क्यूरेशन को स्वचालित करने में लगभग पूर्ण सटीकता प्राप्त कर सकते हैं, जिससे पारंपरिक कीवर्ड खोजों की सीमाओं को दूर किया जा सकता है और स्केलेबल, पुनरुत्पादक डेटा पुन: उपयोग को सक्षम किया जा सकता है।
यह शोधपत्र वेफेरर (Wayfarer) को पेश करता है, जो स्थानिक -ओमिक्स (spatial -omics) के लिए एक मल्टीस्केल आर (R) फ्रेमवर्क है, जो स्थानिक एकत्रीकरण के मनमाने विकल्पों को नैदानिक संकेतों में बदल देता है, जो नेस्टेड स्केल्स (nested scales) के माध्यम से स्थानिक जुड़ाव मेट्रिक्स के विकास को ट्रैक करके, ट्यूमर प्रोग्रेशन में उन पुनरुत्पादक स्केल-डिपेंडेंट बदलावों को प्रकट करता है जिन्हें सिंगल-रेज़ोल्यूशन विश्लेषणों द्वारा छोड़ दिया जाता है।
SCiMS एक नवीन, स्केलेबल बायोइन्फॉर्मेटिक टूल है जो मेटाजीनोमिक सीक्वेंसिंग डेटा से—कम बायोमास वाले नमूनों में भी और विविध प्रजातियों में भी—सटीकता से होस्ट के लिंग की भविष्यवाणी करता है—एक बेयसियन क्लासिफायर (Bayesian classifier) के भीतर सेक्स-क्रोमोसोम रीड डेंसिटी रेश्यो का लाभ उठाकर लापता मेटाडेटा को रिकवर करने और अनुसंधान अखंडता सुनिश्चित करने के लिए।