💻 bioinformatics

The role of space in explaining macroecological patterns of microbial abundance

यह शोध पत्र यह प्रदर्शित करता है कि सामान्यीकृत लोटका-वोल्टेरा मॉडलों में स्थानिक संरचना को सम्मिलित करने से सैद्धांतिक भविष्यवाणियों और अनुभवजन्य अवलोकनों के बीच के विसंगति का समाधान होता है, यह दिखाते हुए कि विशिष्ट जैविक तंत्रों के बजाय एक खंडित परिदृश्य में सूक्ष्मजीव प्रचुरता का समूहन, मैक्रोइकोलॉजिकल पैटर्न में देखे जाने वाले सार्वभौमिक गामा वितरण को उत्पन्न करता है।

Gutierrez-Arroyo, A., Lampo, A., Cuesta, J. A.2026-04-18
💻 bioinformatics

Scaling SMILES-Based Chemical Language Models for Therapeutic Peptide Engineering

यह शोध पत्र PeptideCLM-2 को प्रस्तुत करता है, जो एक रासायनिक भाषा मॉडल है जिसे जटिल पेप्टाइड रसायन विज्ञान का मूल रूप से प्रतिनिधित्व करने और प्रमुख विकास संबंधी परिणामों (endpoints) की भविष्यवाणी करने में मौजूदा विधियों से बेहतर प्रदर्शन करने के लिए 10 करोड़ से अधिक अणुओं पर प्रशिक्षित किया गया है, ताकि चिकित्सीय पेप्टाइड इंजीनियरिंग में कम्प्यूटेशनल अंतर को पाटा जा सके।

Feller, A. L., Secor, M., Swanson, S., Wilke, C. O., Deibler, K.2026-04-17
💻 bioinformatics

Agent-Guided De Novo Design of Nanobody Binders Against a Novel Cancer Target

यह शोध पत्र एक एजेंट-निर्देशित कम्प्यूटेशनल वर्कफ़्लो प्रस्तुत करता है जिसने एक नवीन कैंसर लक्ष्य के विरुद्ध उच्च-आत्मीयता वाले 'डी नोवो' नैनोबॉडी बाइंडर्स को सफलतापूर्वक डिज़ाइन और प्रयोगात्मक रूप से मान्य किया है, जिससे पूर्व संरचनात्मक या एंटीबॉडी डेटा के बिना सब-नैनोमोलर से नैनोमोलर आत्मीयता वाले उम्मीदवारों को उत्पन्न करने में 39.7% सफलता दर प्राप्त की गई है।

Zhao, Y., Yilmaz, M., Lee, E., Teh, C., Guo, L., Sonmez, K., Giancardo, L., Trang, G., Xu, F., Espinosa-Cotton, M., Cheu (…)2026-04-17
💻 bioinformatics

Uncertainty-aware benchmarking reveals ambiguous transcripts in mRNA-lncRNA classification

यह अध्ययन एक अनिश्चितता-जागरूक बेंचमार्किंग फ्रेमवर्क पेश करता है जो नियंत्रित मूल्यांकन, अंतर-उपकरण सहमति विश्लेषण और विस्तारित विशेषता प्रोफाइलिंग को संयोजित करता है ताकि उन अनुक्रम गुणों और पैटर्न की पहचान की जा सके जो mRNA और lncRNA के बीच वर्गीकरण अस्पष्टता को संचालित करते हैं, जिससे अधिक सुदृढ़ क्लासिफायर के विकास को मार्गदर्शन मिल सके।

Garcia-Ruano, D., Georges, M., Mohanty, S. K., Baaziz, R., Makova, K. D., Nikolski, M., Chalopin, D.2026-04-17
💻 bioinformatics

PathwaySeeker: Evidence-Grounded AI Reasoning over Organism-Specific Metabolic Networks

पाथवेसीकर (PathwaySeeker) एक साक्ष्य-आधारित एआई प्रणाली है जो जीव-विशिष्ट चयापचय नेटवर्क के पुनर्निर्माण के लिए प्रोटिओमिक और मेटाबोलोमिक डेटा को एकीकृत करती है, और स्पष्ट प्रयोगात्मक उत्पत्ति के साथ स्थिति-विशिष्ट जैविक परिकल्पनाओं को उत्पन्न करने और सत्यापित करने के लिए एक "ओरेकल-इन-द-लूप" (Oracle-in-the-Loop) अनुमान पद्धति का उपयोग करती है।

Oliveira Monteiro, L. M., Chowdhury, N. B., Oostrom, M., McDermott, J. E., Stratton, K. G., Choudhury, S., Bardhan, J. P (…)2026-04-17
💻 bioinformatics

Active Learning for Budget-Constrained TCR--pMHC Wet-Lab Validation

यह शोधपत्र UDAL को प्रस्तुत करता है, जो एक बजट-सीमित सक्रिय शिक्षण (active learning) रणनीति है जो अनिश्चितता अनुमान (uncertainty estimation) और विविधता चयन (diversity selection) को संयोजित करती है ताकि बहुत बड़े यादृच्छिक डेटासेट पर प्रशिक्षित मॉडलों के समान भविष्य कहनेवाला प्रदर्शन प्राप्त करते हुए वेट-लैब (wet-lab) TCR–pMHC सत्यापन की लागत और समय को काफी कम किया जा सके।

Mazur, K., Piotrowska, M., Kowalski, J.2026-04-17
💻 bioinformatics

FairTCR: Equity-Aware TCR--pMHC Binding Prediction\\Across HLA Alleles and Cohort Strata

यह शोधपत्र FairTCR को प्रस्तुत करता है, जो एक ग्रुप डिस्ट्रिब्यूशनल रोबस्ट ऑप्टिमाइज़ेशन फ्रेमवर्क है जो समग्र सटीकता को प्रतिस्पर्धी बनाए रखते हुए TCR-pMHC बाइंडिंग प्रेडिक्शन में HLA एलील्स और पूर्वज कोहॉर्ट्स के बीच प्रदर्शन असमानताओं को महत्वपूर्ण रूप से कम करता है।

Nowak, P., Kowalski, J., Lewandowski, T.2026-04-17
💻 bioinformatics

Using machine learning to overcome mosquito collections missing data for malaria modeling

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि लुप्त कीटविज्ञान संबंधी डेटा (entomological data) को प्रतिस्थापित करने के लिए मशीन लर्निंग तकनीकों को लागू करने से बोलिवर राज्य, वेनेजुएला में प्लाज्मोडियम विवैक्स (Plasmodium vivax) मलेरिया घटना के भविष्य कहने वाले मॉडलों की सटीकता में महत्वपूर्ण वृद्धि होती है, जबकि यह प्लाज्मोडियम फाल्सीपेरम (Plasmodium falciparum) के लिए भविष्यवाणियों में सुधार करने में विफल रहता है।

Rubio-Palis, Y., Feng, L., Liang, K. S., Song, C., Wang, S., Duchnicki, T., Zhang, X., Bravo de Guenni, L.2026-04-17
💻 bioinformatics

ORION: An agentic reasoning construct for the analysis of complex human immune profiling

यह शोध पत्र ORION को प्रस्तुत करता है, जो एक एजेंटिक AI फ्रेमवर्क है जो सांख्यिकीय मॉडलिंग और साहित्य समीक्षा को एकीकृत करके जटिल इम्यून प्रोफाइलिंग डेटा के एंड-टू-एंड विश्लेषण को स्वचालित करता है, और ज्ञात एवं नवीन दोनों प्रकार की ऑटोइम्यून स्थितियों के लिए पुनरुत्पादक, जैविक रूप से सुसंगत परिकल्पनाएं उत्पन्न करते हुए महीनों के मैनुअल इंटरप्रिटेशन को सफलतापूर्वक घंटों में संकुचित कर देता है।

Dayao, M. T., Kim, K., Khor, B., Jaech, A., van Opheusden, B., Bodansky, A., DeRisi, J.2026-04-16
💻 bioinformatics

Generative design of intrinsically disordered proteins based on conditioned protein language models: Data is the limit

यह शोध पत्र विशिष्ट अनुरूपण समुच्चयों (conformational ensembles) वाले अंतर्निहित रूप से अव्यवस्थित प्रोटीनों को डिजाइन करने के लिए कंडिशनड प्रोटीन लैंग्वेज मॉडल्स का उपयोग करते हुए एक जनरेटिव फ्रेमवर्क प्रस्तुत करता है, जो यह प्रदर्शित करता है कि उनके गुणों पर सटीक नियंत्रण केवल बड़े पैमाने के प्रशिक्षण डेटा के माध्यम से ही प्राप्त किया जा सकता है।

Carriere, L., Huyghe, A., Pajkos, M., Bernado, P., Cortes, J.2026-04-16