bioinformatics पेपर

Looplook: An integrative suite for target assignment and functional annotation of chromatin interactions empowered by expression-aware refinement and connected components clustering

Looplook एक ओपन-सोर्स R पैकेज है जो डिस्टल रेगुलेटरी एलिमेंट्स को उनके लक्षित जीन्स के साथ सटीक रूप से असाइन करने और फंक्शनल जीनोमिक्स में फॉल्स पॉजिटिव्स को कम करने के लिए कनेक्टेड कंपोनेंट्स क्लस्टरिंग और एक्सप्रेशन-अवेयर रिफाइनमेंट के माध्यम से क्रोमैटिन कॉन्फ़ॉर्मेशन डेटा को ट्रांसक्रिप्टोमिक जानकारी के साथ एकीकृत करता है।

Zhang, Y., Huang, X., Chen, Y., Xu, L.2026-04-06

💻 bioinformatics

Sequence-Driven Drug-Target Affinity Prediction Via Graph Attention Networks and Bidirectional Cross-Attention Fusion

XAttn-DTA एक अनुक्रम-संचालित (sequence-driven) ढांचा है जो ड्रग एनकोडिंग के लिए ग्राफ अटेंशन नेटवर्क और प्रोटीन प्रतिनिधित्व के लिए ESM2-व्युत्पन्न अवशेष ग्राफ का लाभ उठाता है, जिन्हें द्विदिश क्रॉस-अटेंशन (bidirectional cross-attention) के माध्यम से संलयित किया जाता है, ताकि प्रयोगात्मक संरचनात्मक डेटा पर निर्भर किए बिना स्टेट-ऑफ-द-आर्ट ड्रग-टारगेट एफिनिटी भविष्यवाणी और कोल्ड-स्टार्ट परिदृश्यों में उत्कृष्ट सामान्यीकरण प्राप्त किया जा सके।

Kudari, Z., Kaira, V. S., P, S. S., Bhat, R., Gnana Sekaran, J.2026-04-06

💻 bioinformatics

Unravelling genome-wide mosaic microsatellite mutations at single-cell resolution

लेखकों ने एकल-कोशिका रिज़ॉल्यूशन पर मोज़ेक माइक्रोसैटेलाइट उत्परिवर्तनों का पता लगाने के लिए BayesMonSTR एल्गोरिदम विकसित किया, जिससे यह पता चला कि उम्र बढ़ने वाले मानव न्यूरॉन्स में अन्य ऊतकों की तुलना में नियामक क्षेत्रों में समृद्ध लंबे STR विलोपन (deletions) का उच्च भार जमा होता है।

Wang, C., Fan, W., Wang, W., Xia, Y., Lu, J., Ma, X., Yu, J., Zheng, Y., Luo, Y., Li, W., Yang, Q., Lin, M., Liu, H., La (…)2026-04-05

💻 bioinformatics

Widespread data leakage inflates accuracy and corrupts biomarker discovery in cancer drug response prediction

यह शोध पत्र यह प्रदर्शित करता है कि क्रॉस-वैलिडेशन से पहले सुपरवाइज्ड फीचर स्क्रीनिंग (supervised feature screening) लागू करने का व्यापक अभ्यास कैंसर ड्रग रिस्पॉन्स प्रेडिक्शन में गंभीर डेटा लीकेज का कारण बनता है, जो रिपोर्ट की गई सटीकता को व्यवस्थित रूप से बढ़ा देता है और जैविक संकेतों की नकल करने वाले सांख्यिकीय आर्टिफैक्ट्स (statistical artifacts) पेश करके बायोमार्कर डिस्कवरी को दूषित कर देता है।

Asiaee, A., Strauch, J., Azinfar, L., Pal, S., Pua, H. H., Long, J. P., Coombes, K. R.2026-04-05

💻 bioinformatics

Comprehensive characterization of V(D)J recombination from long-read transcriptomic data with VDJcraft

लेखक VDJcraft प्रस्तुत करते हैं, जो विशेष रूप से लॉन्ग-रीड ट्रांसक्रिप्टोमिक डेटा का उपयोग करके सटीक V(D)J पुनर्संयोजन (recombination) विश्लेषण के लिए डिज़ाइन किया गया एक नवीन पाइपलाइन है, जो जीन डिटेक्शन और पुनर्संयोजन सटीकता में मौजूदा विधियों से बेहतर प्रदर्शन करता है और साथ ही नवीन जीन उप-वर्गों और रोग-संबंधित प्रतिरक्षा हस्ताक्षरों (immune signatures) की खोज को सक्षम बनाता है।

Hu, K., Rosenberg, A. F., Song, Y., Fan, C.-H., Peng, Z., Gao, M., Chong, Z.2026-04-05

💻 bioinformatics

The gift of novelty: repeat-robust k-mer-based estimators of mutation rates

यह शोध पत्र उत्परिवर्तन दरों (mutation rates) के लिए तीन नए रिपीट-रोबस्ट k-mer-आधारित अनुमानकों (estimators) को प्रस्तुत करता है जो अत्यधिक दोहरावदार अनुक्रमों पर मौजूदा स्केच-आधारित विधियों की सीमाओं को दूर करते हैं, और अल्फा सैटेलाइट डेटा पर उत्कृष्ट प्रदर्शन प्रदर्शित करते हैं।

Wu, H., Medvedev, P.2026-04-05

💻 bioinformatics

Interpretable Deep Learning-Based Multi-Omics Integrationfor Prognosis in Hepatocellular Carcinoma

यह अध्ययन एक व्याख्यात्मक, अटेंशन-आधारित डीप लर्निंग फ्रेमवर्क प्रस्तुत करता है जो हेपेटोसेल्यूलर कार्सिनोमा रोगियों के लिए मौजूदा मॉडलों की तुलना में रोगनिदान सटीकता में महत्वपूर्ण सुधार करने के लिए mRNA, miRNA और DNA मिथाइलेशन डेटा को एकीकृत करता है, साथ ही जैविक रूप से प्रासंगिक बायोमार्कर की पहचान करता है और बाहरी सत्यापन समूहों पर मजबूत प्रदर्शन प्रदर्शित करता है।

Znabu, B. F., Atif, Z.2026-04-05

💻 bioinformatics

PanTEon: a cross-kingdom framework to guide the design of transposable element classifiers

यह शोध पत्र PanTEon को प्रस्तुत करता है, जो एक क्रॉस-किंगडम डीप लर्निंग फ्रेमवर्क है जिसमें एक सुसंगत डेटाबेस और एक मॉड्यूलर बेंचमार्किंग प्लेटफॉर्म शामिल है जो विविध यूकेरियोटिक वंशों में ट्रांसपोसेबल एलिमेंट क्लासिफायर के प्रतिलिपि योग्य, मानकीकृत प्रशिक्षण और मूल्यांकन को सक्षम बनाता है।

Orozco-Arias, S., Ferrer-Pomer, I., Rodrigues de Goes, F., Gaviria-Orrego, S., Gomiz-Fernandez, J., Llatser-Torres, J. (…)2026-04-04

💻 bioinformatics

Correlate: A Web Application for Analyzing Gene Sets and Exploring Gene Dependencies Using CRISPR Screen Data

Correlate एक स्वतंत्र रूप से सुलभ, ब्राउज़र-आधारित वेब एप्लिकेशन है जो कैंसर डिपेंडेंसी मैप के CRISPR स्क्रीन डेटा का विश्लेषण करके 1,000 से अधिक कैंसर सेल लाइनों में जीन डिपेंडेंसी और कार्यात्मक कड़ियों की डेटा-संचालित खोज को सक्षम बनाता है, जो ज्ञान-आधारित नेटवर्क टूल के पूरक विकल्प के रूप में कार्य करता है।

Deolankar, S., Wermeling, F.2026-04-04

💻 bioinformatics

Improved quantitation in data-independent acquisition proteomics via retention time boundary imputation

यह शोधपत्र Nettle को प्रस्तुत करता है, जो एक ओपन-सोर्स टूल है जो क्रोमैटोग्राफिक सिग्नल्स को एकीकृत करने के लिए पेप्टाइड रिटेंशन टाइम बाउंड्रीज़ को इम्प्यूट करके डेटा-इंडिपेंडेंट एक्विजिशन प्रोटिओमिक्स में क्वांटिटेशन में सुधार करता है, जिससे पारंपरिक तरीकों की तुलना में मिसिंग डेटा की सीमाओं को कम किया जा सकता है और सटीकता बढ़ाई जा सकती है।

Harris, L. J., Riffle, M., Shulman, N., Fondrie, W. E., Wu, C. C., Johnson Erickson, D. P., Morimoto, A., Shaver, B., St (…)2026-04-03

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