1211 पेपर
यह शोध पत्र कर्नेल-वेटेड स्थानिक (k-ρPCA) और कार्यात्मक (f-ρPCA) विधियों को पेश करके कंट्रास्टिव प्रिंसिपल कंपोनेंट एनालिसिस का विस्तार करता है जो स्थानिक और कार्यात्मक डेटा विश्लेषण को एक एकल गणितीय ढांचे के भीतर एकीकृत करते हैं, जिसे जीनोमिक्स में अनुप्रयोगों के माध्यम से प्रदर्शित किया गया है।
DIANA एक मल्टी-टास्क न्यूरल नेटवर्क है जो प्राचीन मेटाजीनोमिक डेटा से यूनिटिग प्रचुरता (unitig abundances) का लाभ उठाकर नमूना मेटाडेटा की सटीक भविष्यवाणी करता है और अनदेखी श्रेणियों में सामान्यीकरण करता है, जो क्षेत्र में गुणवत्ता नियंत्रण और खोज के लिए एक मजबूत, संदर्भ-मुक्त समाधान प्रदान करता है।
मानव-वायरस प्रोटीन-प्रोटीन इंटरेक्शन मानचित्रों को अवशेष-विशिष्ट (residue-resolved) संपर्क डेटा के साथ एकीकृत करके, यह अध्ययन प्रकट करता है कि सकारात्मक और नकारात्मक चयन हस्ताक्षर वायरस-लक्षित मेजबान प्रोटीनों में विशिष्ट स्थानिक पैटर्न प्रदर्शित करते हैं, जिसमें सकारात्मक रूप से चयनित अवशेष वायरल और अंतर्जात (endogenous) भागीदारों के बीच साझा किए गए इंटरफेस पर अधिक प्रमुखता से क्लस्टर होते हैं, जिससे इन "मिमिक-लक्षित" (mimic-targeted) स्थलों को अनुकूलनवादी विकास (adaptive evolution) के केंद्र बिंदुओं के रूप में रेखांकित किया जा सके।
CoPhaser एक बहुमुखी, जैविक रूप से सूचित वेरिएशनल ऑटोएन्कोडर है जो सिंगल-सेल आरएनए सीक्वेंसिंग डेटा से अन्य कोशिकीय परिवर्तनशीलता के स्रोतों से संदर्भ-निर्भर आवधिक प्रक्षेप पथों (periodic trajectories) को अलग करता है, जिससे विभिन्न ऊतकों और रोग अवस्थाओं में कोशिका चक्र, सर्कैडियन रिदम और विकासात्मक घड़ियों जैसे विविध जैविक चक्रों का सटीक पुनर्निर्माण और विश्लेषण संभव हो पाता है।
यह शोध पत्र एक GPU-त्वरित क्वाटरनियन फूरियर ट्रांसफॉर्म फ्रेमवर्क प्रस्तुत करता है जो संरेखण-मुक्त जीनोमिक विश्लेषण को सक्षम करने के लिए डीएनए को एक क्वाटरनियन-मान वाले सिग्नल के रूप में एनकोड करता है, जो मल्टी-चैनल स्पेक्ट्रल फिंगरप्रिंट्स के माध्यम से हेलिकल रिपीट जैसी सार्वभौमिक संरचनात्मक आवधिकता और न्यूक्लियोसोम पोजिशनिंग जैसी प्रजाति-विशिष्ट विशेषताओं को प्रकट करता है, साथ ही कमोडिटी हार्डवेयर पर एक सेकंड से कम की संपूर्ण-जीनोम प्रोसेसिंग गति प्राप्त करता है।
यह शोध पत्र MAG-E को प्रस्तुत करता है, जो मेटाजीनोम-असेंबल किए गए जीनोम (MAG) पाइपलाइनों के एंड-टू-एंड मूल्यांकन के लिए एक सिमुलेशन-आधारित ढांचा है, जो यह प्रकट करता है कि जबकि मानव गट माइक्रोबायोम में metaSPAdes और COMEBin आम तौर पर अन्य विकल्पों से बेहतर प्रदर्शन करते हैं, वर्तमान उपकरण प्रोफेज (prophages) और साझा कंटिग्स (shared contigs) के साथ संघर्ष करते हैं, और CheckM2 जैसे गुणवत्ता नियंत्रण मेट्रिक्स अक्सर जीनोम की गुणवत्ता का गलत अनुमान लगाते हैं।
PoolParty एक पायथन पैकेज है जो 50 से अधिक अंतर्निहित ऑपरेशन्स और व्यापक डिज़ाइन दस्तावेज़ों वाले एक लचीले, ग्राफ-आधारित API के माध्यम से जटिल DNA अनुक्रम पुस्तकालयों (DNA sequence libraries) के डिज़ाइन को सुव्यवस्थित करता है।
यह शोध पत्र इनर ईयर नॉलेज बेस (IEKB) को प्रस्तुत करता है, जो एक ओपन-एक्सेस संसाधन है जो आंतरिक कान के आनुवंशिक अनुसंधान को उन्नत करने के लिए क्यूरेटेड जीन-फेनोटाइप-रोग जुड़ाव, कोक्लियर इंटरैक्शन, बेयसियन कैंडिडेट प्रायोरिटाइजेशन, व्याख्यात्मक समर्थन संबंधों और एक मल्टी-एंटिटी वैज्ञानिक नेटवर्क को स्वचालित क्यूरेशन और संवादात्मक अन्वेषण उपकरणों के माध्यम से एकीकृत करता है।
लेखक GMIP-PLSR प्रस्तुत करते हैं, जो एक Nextflow-आधारित पाइपलाइन है जो PoPS जैसे मौजूदा उपकरणों में मल्टीकोलिनैरिटी (multicollinearity) की समस्याओं को दूर करने के लिए पार्शियल लीस्ट स्क्वायर्स रिग्रेशन (Partial Least Squares Regression) का उपयोग करके GWAS को मल्टी-ओमिक्स डेटा के साथ एकीकृत करती है, जिससे NAFLD जैसे जटिल लक्षणों के लिए जीन प्राथमिकता और जैविक अंतर्दृष्टि में महत्वपूर्ण सुधार होता है।
यह शोध पत्र एक्टिग्राफी स्लीप डिटेक्शन एल्गोरिदम को कैलिब्रेट करने के लिए एक ग्रिड-सर्च फ्रेमवर्क प्रस्तुत करता है जो मैनुअल ट्यूनिंग का एक पुनरुत्पादक विकल्प प्रदान करता है, जो नींद के समय के अनुमान में मामूली सुधार और एन्सेम्बल विधियों के माध्यम से नींद के दौरान जागने (विदिन-स्लीप वेकफुलनेस) के बेहतर प्रबंधन को प्रदर्शित करता है।