bioinformatics पेपर

BioGraphX-RNA: A Universal Physicochemical Graph Encoding for Interpretable RNA Subcellular Localization Prediction

BioGraphX-RNA एक सार्वभौमिक, व्याख्यात्मक भौतिक-रासायनिक ग्राफ-एन्कोडिंग फ्रेमवर्क पेश करता है जो विविध वर्गों और प्रजातियों में आरएनए (RNA) के उपकोशिकीय स्थानीयकरण (subcellular localization) के अत्याधुनिक, सामान्यीकरण योग्य और यांत्रिक रूप से अंतर्दृष्टिपूर्ण भविष्यवाणियों को प्राप्त करने के लिए जैविक-भौतिक सिद्धांतों को फ्रोजन RiNALMo एम्बेडिंग्स के साथ एकीकृत करता है।

Saeed, A., Abbas, W.2026-02-24

💻 bioinformatics

Bayesian Perspective for Orientation Determination in Cryo-EM with Application to Structural Heterogeneity Analysis

यह शोध पत्र क्रायो-ईएम (cryo-EM) और क्रायो-ईटी (cryo-ET) में ओरिएंटेशन अनुमान के लिए एक बेयसियन फ्रेमवर्क (Bayesian framework) प्रस्तावित करता है, जो न्यूनतम माध्य वर्ग त्रुटि (MMSE) एस्टिमेटर के उपयोग के माध्यम से, कम सिग्नल-टू-नॉइज़ स्थितियों में पारंपरिक क्रॉस-कोरिलेशन विधियों से काफी बेहतर प्रदर्शन करता है, जिससे 3D पुनर्निर्माण सटीकता बढ़ती है और उच्च-निष्ठा वाले संरचनात्मक विषमता विश्लेषण को सक्षम बनाया जा सकता है।

Xu, S., Balanov, A., Singer, A., Bendory, T.2026-02-23

💻 bioinformatics

Error Correction Algorithms for Efficient Gene ExpressionQuantification in Single Cell Transcriptomics

यह शोध पत्र O_SCPLOWARCANEC_SCPLOW को प्रस्तुत करता है, जो एक तेज़ और सटीक कमांड-लाइन टूल है, जो सिंगल-सेल आरएनए सीक्वेंसिंग डेटा प्रोसेसिंग के लिए फोरवे (Fourway) विधि का लाभ उठाता है ताकि बारकोड और यूएमआई (UMI) त्रुटियों को कुशलतापूर्वक सुधारने, रीड्स को जीन्स में हल करने और एक नवीन k-mer इंडेक्सिंग रणनीति के माध्यम से मेमोरी उपयोग को अनुकूलित करते हुए जीन अभिव्यक्ति को परिमाणित करने के लिए उपयोग किया जा सके।

Zentgraf, J., Schmitz, J. E., Keller, A., Rahmann, S.2026-02-23

💻 bioinformatics

A General Framework for Injecting BiophysicalPriors into Protein Embeddings

यह शोध पत्र ProtBFF को प्रस्तुत करता है, जो एक एनकोडर-अज्ञेय (encoder-agnostic) ढांचा है जो क्रॉस-एम्बेडिंग अटेंशन के माध्यम से डीप लर्निंग रिप्रजेंटेशन्स में व्याख्या योग्य बायोफिजिकल प्रायर्स (biophysical priors) को एकीकृत करके प्रोटीन $\Delta\Delta$ G भविष्यवाणी को बढ़ाता है, जिससे सामान्य-उद्देश्य वाले मॉडल विशिष्ट अत्याधुनिक (state-of-the-art) दृष्टिकोणों से बेहतर प्रदर्शन करने में सक्षम होते हैं।

Feldman, J., Maechler, A., Wang, D., Shakhnovich, E.2026-02-23

💻 bioinformatics

Comprehensive top-down mass spectral repository enables pan-dataset analysis and top-down spectral prediction

यह शोध पत्र TopRepo को प्रस्तुत करता है, जो विविध प्रजातियों और उपकरणों से प्राप्त 1.8 करोड़ से अधिक टॉप-डाउन मास स्पेक्ट्रा का पहला व्यापक रिपॉजिटरी है, जो बड़े पैमाने पर प्रोटीओफॉर्म विश्लेषण को सक्षम बनाता है और प्रोटीओफॉर्म पहचान तथा डीप लर्निंग-आधारित स्पेक्ट्रल भविष्यवाणी दोनों को महत्वपूर्ण रूप से बढ़ाता है।

Li, K., Liu, K., Fulcher, J. M., Tang, H., Liu, X.2026-02-23

💻 bioinformatics

CellAwareGNN: Single-Cell Enhanced Knowledge Graph Foundation Model for Drug Indication Prediction

CellAwareGNN एक नवीन ग्राफ फाउंडेशन मॉडल है जो एकल-कोशिका जीनोमिक्स (single-cell genomics) को एक विस्तारित बायोमेडिकल नॉलेज ग्राफ (scPrimeKG) में एकीकृत करता है ताकि सेल-टाइप-विशिष्ट रोग तंत्रों को कैप्चर करके और जैविक व्याख्यात्मकता को बढ़ाकर, विशेष रूप से ऑटोइम्यून रोगों के लिए, ड्रग इंडिकेशन प्रेडिक्शन (दवा संकेत भविष्यवाणी) में मौजूदा बेसलाइनों से काफी बेहतर प्रदर्शन किया जा सके।

Zhang, X., Jeong, E., Yan, C., Feng, Y., Lyu, L., Guo, X., Chen, Y.2026-02-23

💻 bioinformatics

MetaTracer: A nucleotide alignment-based framework for high-resolution taxonomic and transcript assignment in metatranscriptomic data

MetaTracer एक ओपन-सोर्स, न्यूक्लियोटाइड संरेखण-आधारित ढांचा है जो एकल पास में मेटाट्रांसक्रिप्टोमिक रीड्स को टैक्सोनोमिक समूहों और व्यक्त जीन दोनों के साथ सटीक रूप से असाइन करता है, जो डेंटल प्लाक अध्ययनों में प्रदर्शित सूक्ष्मजीव समुदायों के उच्च-रिज़ॉल्यूशन प्रजाति-स्तरीय विश्लेषण को सक्षम बनाता है।

Furstenau, T., Shaffer, I., Hsu, K.-L. C., Pearson, T., Ernst, R. K., Fofanov, V.2026-02-23

💻 bioinformatics

Interpretable transcriptome-to-phenotype modeling of cell-painting nuclear morphology features from RNA-seq under low-dose radiation exposure

यह अध्ययन एक पारदर्शी, समय-स्तरीकृत व्युत्क्रम मॉडलिंग ढांचे को प्रस्तुत करता है जो कम खुराक वाले विकिरण द्वारा प्रेरित अनुदैर्ध्य परमाणु आकारिकी परिवर्तनों को RNA-seq ट्रांसक्रिप्टोमिक प्रतिक्रियाओं से जोड़ता है, जिसमें खुराक के रुझानों और अस्थायी भ्रामक कारकों को नियंत्रित करते हुए स्थिर, व्याख्या योग्य जीन-चरण संबंधों की पहचान करने के लिए एक कठोर दो-चरणीय प्रतिगमन दृष्टिकोण का उपयोग किया गया है।

Jantre, S., Chopra, K., Zhao, G., Cucinell, C., Weinberg, R., Forrester, S., Brettin, T., Urban, N. M., Qian, X., Yoon (…)2026-02-23

💻 bioinformatics

Cellects, a software to quantify cell expansion and motion

सेलेक्ट्स (Cellects) एक उपयोगकर्ता के अनुकूल, ओपन-सोर्स सॉफ्टवेयर टूल है जो एक इंटरैक्टिव ग्राफिकल इंटरफेस और एक अनुकूलन योग्य पायथन एपीआई (Python API) के माध्यम से 2D टाइम-लैप्स इमेज डेटा से जैविक विकास, गति और आकारिकी के स्वचालित परिमाणीकरण को सक्षम बनाता है।

Boussard, A., Petit, M., Arrufat, P., Dussutour, A., Perez-Escudero, A.2026-02-22

💻 bioinformatics

Bacterial protein function prediction via multimodal deep learning

यह शोध पत्र DeepEST को प्रस्तुत करता है, जो एक मल्टीमॉडल डीप लर्निंग फ्रेमवर्क है जो जीन एक्सप्रेशन, जीनोमिक लोकेशन और प्रोटीन स्ट्रक्चर को एकीकृत करके बैक्टीरियल प्रोटीन्स के लिए जीन ऑन्कोलॉजी टर्म्स की सटीक भविष्यवाणी करता है, जो मौजूदा विधियों से बेहतर प्रदर्शन करता है और मानव रोगजनकों (pathogens) में अनक्लासिफाइड हाइपोथेटिकल प्रोटीन्स के कार्यात्मक लक्षण वर्णन को सक्षम बनाता है।

Muzio, G., Adamer, M., Fernandez, L., Miklautz, L., Borgwardt, K., Avican, K.2026-02-22

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