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bioinformatics

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💻 जैव सूचना विज्ञान

scTGCL: A Transformer-Based Graph Contrastive Learning Approach for Efficiently Clustering Single-Cell RNA-seq Data

यह शोध पत्र scTGCL का प्रस्ताव करता है, जो एक नवीन ट्रांसफॉर्मर-आधारित ग्राफ कंट्रास्टिव लर्निंग फ्रेमवर्क है जो उच्च-आयामी सिंगल-सेल आरएनए-सीक (scRNA-seq) डेटा के क्लस्टरिंग में मौजूदा अत्याधुनिक विधियों की तुलना में बेहतर सटीकता, व्याख्यात्मकता और कम्प्यूटेशनल दक्षता प्राप्त करने के लिए मल्टी-हेड सेल्फ-अटेंशन को सुदृढ़ ऑग्मेंटेशन रणनीतियों के साथ एकीकृत करता है।

Khan, M. S. A., Kabir, M. H., Faisal, M. M.2026-03-31
💻 जैव सूचना विज्ञान

Scalable computation of ultrabubbles in pangenomes by orienting bidirected graphs

यह शोधपत्र एक रैखिक-समय (linear-time) एल्गोरिदम प्रस्तुत करता है जो अल्ट्राबबल्स को कुशलतापूर्वक पहचानने के लिए द्विदिश (bidirected) पेंजीनोम ग्राफ को ओरिएंट करता है, जिससे मौजूदा उपकरणों की तुलना में 25 गुना तक की गति प्राप्त होती है और बड़े पैमाने के मानव पेंजीनोम के स्केलेबल विश्लेषण को सक्षम बनाया जा सकता है।

Harviainen, J., Sena, F., Moumard, C., Politov, A., Schmidt, S., Tomescu, A. I.2026-03-31
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GraphBG: Fast Bayesian Domain Detection via Spectral Graph Convolutions for Multi-slice and Multi-modal Spatial Transcriptomics

GraphBG एक एकीकृत, स्केलेबल बेयसियन फ्रेमवर्क है जो स्पेक्ट्रल ग्राफ कन्वोल्यूशन का लाभ उठाकर बड़े पैमाने पर, मल्टी-स्लाइस और मल्टी-मोडल स्पेशियल ट्रांसक्रिप्टोमिक्स डेटा में स्थानिक डोमेन (spatial domains) का सटीक रूप से पता लगाता है, जो गति, सुसंगतता और जैविक व्याख्यात्मकता में मौजूदा विधियों से काफी बेहतर प्रदर्शन करता है।

Do, V. H., Tran, T. P. L., Canzar, S.2026-03-31
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KuafuPrimer: Machine learning empowers the design of 16S amplicon sequencing primers toward minimal bias for bacterial communities

KuafuPrimer एक मशीन लर्निंग-आधारित टूल है जो फ्यू-शॉट लर्निंग का उपयोग करके अनुकूलित 16S rRNA प्राइमरों को डिज़ाइन करता है, जो पारंपरिक यूनिवर्सल प्राइमरों की तुलना में विविध वातावरणों, अनुदैर्ध्य अध्ययनों और नैदानिक निदानों में प्रवर्धन पूर्वाग्रह (amplification bias) को महत्वपूर्ण रूप से कम करता है और टैक्सोनोमिक सटीकता में सुधार करता है।

Zhang, H., Jiang, X., Yu, X., Wang, H., Lu, P., Hou, J., Guo, Q., Xiao, T., Wu, S., Yin, H., Geng, P. X., Guo, J., Jouss (…)2026-03-31
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MetaGEAR Explorer: Rapid interactive searches and cross-cohort analyses of microbiome gene associations in disease

META GEAR Explorer एक निःशुल्क उपलब्ध वेब प्लेटफॉर्म है जो 9,053 मेटाजेनोमिक नमूनों में 33 मिलियन से अधिक सूक्ष्मजीव जीन परिवारों के तीव्र, संवादात्मक और प्रोग्रामेटिक क्रॉस-कोहोर्ट विश्लेषण को सक्षम बनाता है ताकि इन्फ्लेमेटरी बाउल डिजीज और कोलोरेक्टल कैंसर में रोग-संबंधित सूक्ष्मजीव जीन की पहचान करने में सहायता मिल सके।

Rios, E., Jin, S., Zhang, C., Neuhaus, F., He, X., Weissenberger, S., Schirmer, M.2026-03-31
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On the rise of AI technologies in virtual screening

यह शोध पत्र प्रदर्शित करता है कि AI फाउंडेशनल मॉडल Boltz-2 वर्चुअल स्क्रीनिंग में मौजूदा रीस्कोरिंग रणनीतियों से काफी बेहतर प्रदर्शन करता है, जो चुनौतीपूर्ण डेटासेट्स पर सफलता की दर को दोगुना करने और कमोडिटी हार्डवेयर पर लाखों यौगिकों की सटीक एवं कुशल रैंकिंग सक्षम करने में सफल रहा है।

Cecchini, M., Sinenka, H.2026-03-30
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A shape-constrained regression and wild bootstrap framework for reproducible drug synergy testing

यह शोध पत्र SIR को प्रस्तुत करता है, जो एक नॉनपैरामेट्रिक फ्रेमवर्क है जो सांख्यिकीय रूप से कठोर और पुनरुत्पादक ड्रग सिनर्जी टेस्टिंग प्रदान करने के लिए 2D आइसोटोनिक रिग्रेशन को वाइल्ड बूटस्ट्रैप प्रक्रिया के साथ जोड़ता है, जो सहमति (concordance), मजबूती (robustness) और लुप्त डेटा की भविष्यवाणी करने में मौजूदा विधियों से बेहतर प्रदर्शन करता है।

Asiaee, A., Long, J. P., Pal, S., Pua, H. H., Coombes, K. R.2026-03-30
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CosMxScope: Scalable Reconstruction and Digital Pathology Integration of Imaging-Based Spatial Transcriptomics Data

यह शोध पत्र CosMxScope को प्रस्तुत करता है, जो एक ओपन-सोर्स पायथन फ्रेमवर्क है जो इमेज टाइल्स को जोड़ने, स्थानिक निर्देशांकों (spatial coordinates) को QuPath अनुकूलता के लिए GeoJSON में बदलने और सेल मॉर्फोलॉजी के साथ जीन एक्सप्रेशन के इंटरैक्टिव विज़ुअलाइज़ेशन को सक्षम करके CosMx Spatial Molecular Imager डेटा और डिजिटल पैथोलॉजी टूल्स के बीच के अंतर को पाटता है।

Chen, J., Isett, B., Gu, Q., Bao, R.2026-03-30
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Track Hub Quickload Translator: Convert Track Hub or Quickload data for viewing in the UCSC Genome Browser or the Integrated Genome Browser

ट्रैक हब क्विकलोड ट्रांसलेटर एक निःशुल्क उपलब्ध पायथन-आधारित वेब एप्लिकेशन है जो UCSC जीनोम ब्राउज़र ट्रैक हब्स और इंटीग्रेटेड जीनोम ब्राउज़र क्विकलोड प्रारूपों के बीच डेटा को परिवर्तित करता है, जिससे शोधकर्ता किसी भी ब्राउज़र में दस-हजारों प्रकाशित जीनोम असेंबली को विज़ुअलाइज़ करने में सक्षम होते हैं।

Freese, N. H., Raveendran, K., Sirigineedi, J. S., Chinta, U. L., Badzuh, P., Marne, O., Shetty, C., Naylor, I., Jagarap (…)2026-03-30
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VaLPAS: Leveraging variation in experimental multi-omics data to elucidate protein function

यह शोध पत्र VaLPAS को प्रस्तुत करता है, जो एक पायथन-आधारित फ्रेमवर्क है जो ज्ञात कार्य वाले अणुओं के साथ जुड़ाव की पहचान करके अज्ञात प्रोटीनों के कार्यों की भविष्यवाणी करने के लिए मल्टी-ओमिक्स डेटा में भिन्नता का लाभ उठाता है, जिससे प्रोटीन स्थान में "फंक्शनल डार्क मैटर" की समस्या का समाधान होता है।

Mahlich, Y., Ross, D. H., Monteiro, L., McDermott, J. E.2026-03-30