388 पेपर
लेखक एक पायथन कार्यान्वयन के साथ एक गौय-चैपमैन-आधारित निरंतर इलेक्ट्रोस्टैटिक्स मॉडल प्रस्तुत करते हैं, जो यह भविष्यवाणी करता है कि नमक की सांद्रता और झिल्ली संरचना लिपिड नैनोकणों में आयनित होने वाले लिपिड्स के प्रभावी pKa को कैसे बदलती है, जिससे RNA वितरण फॉर्मूलेशन के अनुकूलन में सहायता मिलती है।
यह अध्ययन प्रकट करता है कि ESM-2 जैसे प्रोटीन लैंग्वेज मॉडल विकासवादी व्याकरण संकुचकों (evolutionary grammar compressors) के रूप में कार्य करते हैं जो सूक्ष्म 3D ज्यामिति के बजाय स्थूल अनुक्रम सांख्यिकी (macroscopic sequence statistics) को कैप्चर करते हैं, जिससे स्पष्ट भौतिक फोल्डिंग सिद्धांतों के बजाय सांख्यिकीय सहसंबंधों पर उनकी निर्भरता के कारण विशिष्ट ऊष्मागतिक चरणों (thermodynamic phases) और टोपोलॉजिकल विसंगतियों का एक मौलिक सम्मिश्रण होता है।
यह अध्ययन आणविक गतिशीलता सिमुलेशन (molecular dynamics simulations) का उपयोग करके यह प्रदर्शित करता है कि विस्केंद्रित (disordered) ELF3-PrD डोमेन के भीतर polyQ ट्रैक की लंबाई और अनुक्रम संदर्भ (sequence context), तापमान-संवेदनशील हेलिक्स निर्माण और सुगंधित अवशेषों (aromatic residues) के अनावरण को नियंत्रित करते हैं, जिससे इवनिंग कॉम्प्लेक्स (Evening Complex) का ऊष्मा-प्रेरित संघनन (heat-induced condensation) विनियमित होता है जो पौधों की वृद्धि को नियंत्रित करता है।
यह अध्ययन कैंसर चयापचय (metabolism) को एक फ्रस्ट्रेटेड मेनी-बॉडी सिस्टम (frustrated many-body system) के रूप में पुनर्गठित करने के लिए क्वांटम एनीलिंग द्वारा अनुकूलित एक मेटाबॉलिक स्पिन-ग्लास मॉडल प्रस्तुत करता है, जो यह प्रकट करता है कि घातक फेनोटाइप (malignant phenotypes) विशिष्ट ऊष्मप्रवैगिकी ग्राउंड स्टेट्स (thermodynamic ground states) का प्रतिनिधित्व करते हैं जहाँ वारबर्ग प्रभाव (Warburg effect) एक चरण संक्रमण (phase transition) के रूप में उभरता है और एक नवीन ऊर्जा-आधारित ऑर्डर पैरामीटर के माध्यम से रोगनिदान संबंधी रूप से विशिष्ट रोगी उपप्रकारों की पहचान को सक्षम बनाता है।
यह अध्ययन आणविक गतिकी सिमुलेशन (molecular dynamics simulations) का उपयोग करके यह प्रदर्शित करता है कि hERG चैनलों में विशिष्ट LQT2-जुड़े मिसेंस उत्परिवर्तन (missense mutations), चयनात्मकता फिल्टर (selectivity filter) की संरचनात्मक अखंडता को एलोस्टेरिक रूप से बाधित करके ट्रैफ़िकिंग को बाधित करते हैं, जबकि एक दूसरे-स्थान वाले वेरिएंट (second-site variant) की पहचान करता है जो इन दोषों को ठीक कर सकता है।
यह अध्ययन जीवित हेपेटिक ऑर्गेनोइड्स में एकल लिपिड ड्रॉपलेट डायनेमिक्स को अनुदैर्ध्य रूप से मात्रात्मक बनाने के लिए एक लेबल-मुक्त, डेप्थ-एडेप्टिव 4D होलोटोमोग्राफी फ्रेमवर्क पेश करता है, जो यह प्रकट करता है कि ओलिक एसिड और लिनोलिक एसिड क्रमशः ड्रॉपलेट के विस्तार बनाम प्रसार के माध्यम से अलग-अलग तंत्रों द्वारा लिपिड संचय को संचालित करते हैं, जबकि पामिटिक एसिड तेजी से ऑर्गेनॉइड की अखंडता से समझौता करता है।
यह अध्ययन तेज़ स्थानीय-टोपोलॉजी हाइपरथर्मल सारकोमेरिक दोलनों के लिए एक न्यूनतम चार-क्यूबिट सरोगेट मॉडल का वास्तविक क्वांटम हार्डवेयर (IBM पिट्सबर्ग) पर दोहराने योग्य निष्पादन प्रदर्शित करता है, जो प्रमुख जैविक रूप से व्याख्या योग्य अवलोकनों के लिए प्रयोगात्मक परिणामों और सटीक सिमुलेशन के बीच मजबूत सहमति प्राप्त करता है।
यह शोध पत्र पोलराइजेशन ग्रेटिंग्स का उपयोग करते हुए एक वेवलेंथ-स्कैनिंग रेप्लिका-रिमूवल विधि प्रस्तुत करता है जो कॉमन-पाथ डिजिटल होलोग्राफिक माइक्रोस्कोपी में प्रभावी क्षेत्र (फील्ड ऑफ व्यू) को दोगुना कर देता है, जिससे टाइम-डोमेन और सिंगल-शॉट दोनों मोड में घने जैविक नमूनों की उच्च-गुणवत्ता वाली, स्पेकल-मुक्त इमेजिंग सक्षम होती है।
यह अध्ययन यह प्रकट करने के लिए क्रायो-इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी का उपयोग करता है कि डीएनए रोडब्लॉक्स और अभिसारी आरएनए पॉलीमरेज़ टकराव दोनों ही *ई. कोली* आरएनए पॉलीमरेज़ में एक सामान्य बैकट्रैकिंग स्विवल तंत्र को प्रेरित करते हैं, जबकि साथ ही उन विशिष्ट गतिशील विशेषताओं और नियामक कारकों की भी पहचान करता है जो यह नियंत्रित करते हैं कि इन ट्रांसक्रिप्शनल संघर्षों को कैसे सुलझाया जाता है।
यह शोध पत्र एक दो-चरणीय भौतिकी-आधारित कम्प्यूटेशनल ढांचे को प्रस्तुत करता है जो विविध AI-जनित प्रोटीन संरचना एन्सेम्बल को एक सुसंगत, परमाणु-विस्तृत साम्यावस्था में सामंजस्यपूर्ण बनाने के लिए वेटेड एन्सेम्बल सिमुलेशन को RiteWeight रीवेटिंग एल्गोरिदम के साथ जोड़ता है।