⚛️ biophysics

A DNA deliverer-receiver mechanism for DNA recruitment in phase-separated transcriptional condensates

बड़े पैमाने पर आणविक गतिशीलता (molecular dynamics) सिमुलेशन का उपयोग करते हुए, यह अध्ययन प्रकट करता है कि Nanog, Oct4, और Sox2 चरण-पृथक्कृत (phase-separated) ट्रांसक्रिप्शनल कंडेनसेट्स बनाते हैं जिनमें गैर-योगात्मक, उभरते हुए गुण होते हैं जहाँ DNA एक स्थानिक आयोजक के रूप में कार्य करता है जो Oct4 की भर्ती को बढ़ाता है, जिससे एक सहक्रियात्मक "वितरक-प्राप्तकर्ता" (deliverer-receiver) तंत्र स्थापित होता है जो कैनोनिकल बाइंडिंग से परे जीन अभिव्यक्ति विनियमन का एक नया स्तर जोड़ता है।

Blazquez, S., Yamauchi, M., Terakawa, T.2026-03-11
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Early nascent polypeptide dynamics are coupled to the flexibility of the ribosomal tunnel constriction

यह अध्ययन प्रकट करता है कि राइबोसोमल टनल कंस्ट्रिक्शन (constriction), जो प्रोटीन uL4 और uL22 द्वारा निर्मित होता है, एक गतिशील लचीले गेट के रूप में कार्य करता है जो नवजात पॉलीपेप्टाइड की उपस्थिति के जवाब में अपनी चौड़ाई को अनुकूलित करता है, जिससे यह क्षणिक अवरोध (occlusion) से हेलिकल संरचनाओं को समायोजित करने की स्थिति में बदल जाता है, जिससे ट्रांसलोकेशन, एंटीबायोटिक क्रिया और ट्रांसलेशन विनियमन प्रभावित होते हैं।

McGrath, H., Cernekova, M., Kolar, M.2026-03-11
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Structure and conformational dynamics of the Pseudomonas CbrA transceptor

यह अध्ययन स्यूडोमोनास ट्रांससेप्टर (Pseudomonas transceptor) CbrA की क्रायो-ईएम (cryo-EM) संरचना का निर्धारण करके इसकी आणविक वास्तुकला और संरचनात्मक गतिशीलता को स्पष्ट करता है, जो यह प्रकट करता है कि कैसे छोटा पेप्टाइड CbrX SLC5 ट्रांसपोर्टर डोमेन को स्थिर करता है और हिस्टिडाइन सेंसिंग एवं परिवहन को डाउनस्ट्रीम सिग्नलिंग से जोड़ने वाले प्रोटॉन-संचालित तंत्र को परिभाषित करता है।

Orlando, M. A., Shah, T., Faber, M. W., Bose, S., Orlando, B. J.2026-03-11
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Traction Force Microscopy with DNA FluoroCubes

यह शोध पत्र FluoroCubes को प्रस्तुत करता है, जो PDMS सबस्ट्रेट्स पर ग्राफ्ट की गई फ्लोरोसेंटली लेबल वाली DNA नैनोस्ट्रक्चर की एक नवीन प्रणाली है, जो पारंपरिक फ्लोरोसेंट बीड्स की तुलना में ट्रैक्शन फोर्स माइक्रोस्कोपी के स्थानिक रिज़ॉल्यूशन और संवेदनशीलता को महत्वपूर्ण रूप से बढ़ाने के लिए स्थिर, उच्च-घनत्व वाले फिडुशियल मार्कर के रूप में कार्य करती है।

Mortazavi, A., Jiang, J., Laric, P., Helmerich, D., Seifert, R., Gavrilovic, S., Sauer, M., Sabass, B.2026-03-10
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Coordinated gene expression variability encodes the regulatory state of cells

मशीन लर्निंग, सैद्धांतिक मॉडलिंग और सिंगल-सेल आरएनए अनुक्रमण (RNA sequencing) डेटा को संयोजित करके, यह अध्ययन प्रकट करता है कि जीन अभिव्यक्ति में समन्वित कोशिका-व्यापी परिवर्तनशीलता कोशिकीय पहचान और नियामक संगठन के एक विशिष्ट हस्ताक्षर के रूप में कार्य करती है, जो विशेष रूप से स्टेम और प्रोजेनिटर कोशिकाओं को विषम आबादी से अलग करती है।

Olmeda, F., Dang, Y., Rost, F., Schimmenti, V. M., Di Terlizzi, I., Rulands, S.2026-03-10
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Balanced contractility and adhesion drive polarization in a minimal elastic actomyosin network

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि एक न्यूनतम लोचदार एक्टोमायोसिन नेटवर्क, जो केवल संकुचनकारी बलों और बल-संवेदनशील आसंजन टर्नओवर के बीच परस्पर क्रिया द्वारा संचालित होता है, बाहरी संकेतों या जटिल रासायनिक संकेतन की आवश्यकता के बिना स्वतः ही समरूपता को तोड़ सकता है और निर्देशित ध्रुवीकृत गति उत्पन्न कर सकता है।

Messi, Z., Raynaud, F., Goehring, N. W., Verkhovsky, A. B.2026-03-10
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Role of desolvation on biomolecular liquid-liquid phase separation

यह अध्ययन एक कोर्स-ग्रेन्ड मॉडल विकसित करता है जो अवशेष-स्तरीय (residue-level) विलायक-निकासी ऊर्जा (desolvation energetics) को स्पष्ट रूप से समाहित करता है ताकि यह प्रकट किया जा सके कि ये बल बायोमॉलिकुलर लिक्विड-लिक्विड फेज सेपरेशन के ऊष्मागतिक परिदृश्य और गतिज गतिकी को कैसे नया रूप देते हैं, जिससे कंडेनसेट गुणों और संरचनात्मक संकुचन (conformational compaction) के बेहतर पूर्वानुमान प्राप्त होते हैं।

Zhang, K., Peng, Z., Li, W., Wang, W.2026-03-10
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Stearic acid enhances membrane fluidization and peptidoglycan stiffness to promote the stability of Gram-positive bacteria

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि स्टीयरिक एसिड लिपिड झिल्ली को तरल बनाने और पेप्टिडोग्लाइकन की कठोरता को बढ़ाने के साथ-साथ, *स्टैफिलोकोकस एपिडर्मिडिस* की स्थिरता और वृद्धि को बढ़ावा देता है, जिससे समग्र कोशिका आवरण अखंडता में वृद्धि होती है।

Parthasarathi, S., Joshi, S. J., Basu, J. K., Vaiwala, R., Ayappa, K. G., Wasker, M., Kumaran, S., Dasgupta, A.2026-03-10
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torch-projectors: A High-Performance Differentiable Projection Library for PyTorch

यह शोध पत्र torch-projectors को प्रस्तुत करता है, जो PyTorch में फूरियर-स्पेस प्रोजेक्शन के लिए एक उच्च-प्रदर्शन, डिफरेंशिएबल लाइब्रेरी है जो CPU, Apple Silicon और CUDA डिवाइसेस पर मौजूदा समाधानों से 1-2 ऑर्डर अधिक प्रदर्शन करके इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी वर्कफ़्लो को महत्वपूर्ण रूप से तेज़ करता है।

Tegunov, D.2026-03-10
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Intracellular TDP-43 amyloid nucleates from arrested nascent condensates

यह अध्ययन प्रकट करता है कि इंट्रासेल्युलर (अंतःकोशिकीय) TDP-43 अमाइलॉइड निर्माण विशेष रूप से इसके C-टर्मिनल डोमेन के गतिशील रूप से अवरुद्ध नवजात कंडेंसेट्स (nascent condensates) से शुरू होता है, एक ऐसी प्रक्रिया जो अद्वितीय रूप से पूर्व-मौजूद अमाइलॉइड टेम्प्लेट्स द्वारा सक्षम की जाती है और तब दब जाती है जब कंडेंसेशन इस अवरुद्ध अवस्था से आगे बढ़ जाता है।

Wu, J., Venkatesan, S., Jensen, J., Miller, T., Lange, J. J., McKinney, S. A., Halldorsson, E., Yu, Z., Babu, V. M., San (…)2026-03-09