388 पेपर
यह शोध पत्र अल्फा किसिंग लूप (alphaKL) को प्रस्तुत करता है, जो एक प्रोग्राम करने योग्य आरएनए (RNA) कनेक्टर है जो पारंपरिक एंड-टू-एंड जॉइनिंग विधियों की ज्यामितीय सीमाओं को दूर करने के लिए किसिंग लूप्स को ट्रिप्लेक्स इंटरैक्शन के साथ जोड़कर जटिल त्रि-आयामी आरएनए नैनोस्ट्रक्चर के एज-टू-एज असेंबली को सक्षम बनाता है।
यह अध्ययन ICed-ENM प्रस्तुत करता है, जो एक गणनात्मक रूप से कुशल कोर्स-ग्रेन्ड (coarse-grained) मॉडलिंग ढांचा है जो इलास्टिक नेटवर्क मॉडलों को परिष्कृत करता है ताकि यह मात्रात्मक रूप से निर्धारित किया जा सके कि रोग-संबंधी मिसेंस उत्परिवर्तन (missense mutations) प्रोटीन के विन्यास संबंधी ऊर्जा परिदृश्यों (conformational energy landscapes) को कैसे नया रूप देते हैं और कंपन एंट्रॉपी (vibrational entropy) परिवर्तनों के माध्यम से उत्परिवर्तन-संवेदनशील क्षेत्रों की पहचान करते हैं।
यह अध्ययन *Deinococcus radiodurans* Nramp ट्रांसपोर्टर में धातु आयात विशिष्टता के संरचनात्मक और विकासवादी निर्धारकों को स्पष्ट करता है, जो यह प्रकट करता है कि जहाँ Mn²⁺ आयात एक वैश्विक एपिस्टेसिस मॉडल का अनुसरण करता है, वहीं Mg²⁺ विशिष्टता कोर स्थितियों और मॉड्युलेटर उत्परिवर्तनों के संयोजन द्वारा नियंत्रित होती है जो संरचनात्मक संतुलन को बदलते हैं, जिससे दीर्घ-रेंज एपिस्टेसिस का विशिष्टता मॉड्यूलेशन से संबंध स्थापित होता है।
यह शोध पत्र इंडिपेंडेंट फ्लोरोसेंस कंपोनेंट एनालिसिस (IFCA) प्रस्तुत करता है, जो एक नवीन ढांचा है जो स्वतंत्र रूप से विसरित एकल अणुओं से जटिल, विषम संकेतों को मजबूती से अनमिक्स करने और मात्रात्मक रूप से लक्षणबद्ध करने के लिए तीसरे क्रम के क्यूमुलेंट टेंसर अपघटन का उपयोग करता है, यहाँ तक कि कम फोटॉन दर और तीव्र सब-मिलीसेकंड गतिकी के तहत भी।
यह शोध पत्र न्यूट्रॉन प्रोटीन क्रिस्टलोग्राफी के लिए इवेंट फॉर्मेशन में सुधार करने और पर्यावरणीय प्रकीर्णन प्रभावों का आकलन करने हेतु रे-स्प्लिटिंग तकनीकों और एक नई सैंपलिंग विधि को लागू करके, यूरोपियन स्पैलेशन सोर्स पर आगामी NMX उपकरण को अनुकूलित करने के लिए McStas का उपयोग करते हुए मोंटे कार्लो सिमुलेशन प्रस्तुत करता है।
सीमित भ्रूणीय कोशिकाओं पर प्रयोगों को एक निरंतर मॉडल (continuum model) के साथ संयोजित करके, यह अध्ययन प्रकट करता है कि एकत्रीकरण-प्रेरित पैटर्न निर्माण (aggregation-driven patterning) एक विकासात्मक समय-आकार व्यापार-बंद (developmental time-size tradeoff) के अधीन है, जहाँ बड़े तंत्रों में स्केल्ड पैटर्न बनाने के लिए आवश्यक विलंबित कोर्सनिंग गतिकी (delayed coarsening dynamics) के कारण मजबूत स्केलिंग बनाए रखने की क्षमता सीमित हो जाती है।
34 एंजाइम परिवारों पर म्यूटेशन-स्टेबिलिटी-एक्टिविटी (MSA) मॉडल को लागू करके, यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि अवशेष-निर्भर संरचनात्मक विचलन प्रोफाइल उत्परिवर्तन (mutation), स्थिरता (stability) और गतिविधि (activity) संबंधी बाधाओं के एक परिवर्तनशील संतुलन से उत्पन्न होते हैं, जो यह प्रकट करते हैं कि ये प्रोफाइल एंजाइम विकास को नियंत्रित करने वाले चयनात्मक शासन (selective regimes) के बारे में विशिष्ट जानकारी संहिताबद्ध करते हैं।
एक साझा रीफेज़िंग कंपास (rephasing compass) के माध्यम से हाइपरथर्मल सारकोमेरिक दोलनों का पुनर्र्विश्लेषण करके, यह अध्ययन प्रकट करता है कि पड़ोसी सारकोमेयर्स के बीच स्थानीय समय अंतराल यादृच्छिक नहीं हैं बल्कि एक संरचित, एज-बायस्ड (edge-biased) पैटर्न का पालन करते हैं जो सेल-विशिष्ट सर्कुलर कोऑर्डिनेट्स को संरेखित करने के बाद ही स्पष्ट रूप से दिखाई देता है।
क्रायो-इलेक्ट्रॉन टोमोग्राफी का उपयोग करते हुए, यह अध्ययन प्रकट करता है कि आरएनए पॉलीमरेज़ और डीएनए-बाइंडिंग प्रोटीन अधिमानतः प्लेक्टोनीम शीर्षों (plectoneme apices) पर स्थानीयकृत होते हैं ताकि ट्विन-सुपरकॉइलिंग डोमेन को अलग करने वाले टॉर्सनल ब्लॉकों के रूप में कार्य कर सकें, जहाँ टोपोआइसोमेरेज़ I द्वारा संचालित लोड-एंड-रिलीज़ तंत्र ट्रांसक्रिप्शनल बर्स्टिंग के लिए एक संरचनात्मक आधार प्रदान करता है।
यह शोधपत्र एक भौतिकी-आधारित मूल्यांकन प्रस्तुत करता है जो यह प्रकट करता है कि अत्याधुनिक प्रोटीन संरचना पूर्वानुमान मॉडल, बुनियादी ऊर्जा सिद्धांतों को समाहित करने के बावजूद, परमाणु अंतःक्रियाओं और विन्यास संबंधी प्राथमिकताओं में व्यापक पूर्वाग्रह प्रदर्शित करते हैं जो उनकी सटीकता और सामान्यीकरण क्षमता को सीमित करते हैं, जिससे विश्वसनीय जैव-आणविक कार्य पूर्वानुमान में सक्षम अगली पीढ़ी के मॉडलों के विकास को निर्देशित करने के लिए ऐसे ढांचों की आवश्यकता पर बल मिलता है।