biophysics पेपर

Critical Assessment of ML models for ADMET Prediction in TDC leaderboards

यह अध्ययन थैरेप्यूटिक्स डेटा कॉमन्स (TDC) ADMET लीडरबोर्डों का आलोचनात्मक मूल्यांकन करता है और यह प्रकट करता है कि अधिकांश शीर्ष-रैंक वाले मॉडल पुनरुत्पादनीयता (irreproducibility), डेटा लीकेज, या टेस्ट-सेट ओवरफिटिंग से ग्रस्त हैं, जिनमें से केवल तीन विधियाँ ही कठोर सत्यापन में उत्तीर्ण हुई हैं, जिससे छिपे हुए टेस्ट सेट और मानकीकृत सबमिशन वातावरण सहित सख्त बेंचमार्किंग मानकों की तत्काल आवश्यकता पर बल मिलता है।

Koleiev, I., Stratiichuk, R., Shevchuk, N., Melnychenko, M., Nyporko, O., Todoryshyn, D., Husak, V., Starosyla, S., Yesy (…)2026-02-28

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Impact of Image Representation on Deep Learning-Based Single-Cell Classification by Holographic Imaging Flow Cytometry

यह अध्ययन होलोग्राफिक इमेजिंग फ्लो साइटोमेट्री में डीप लर्निंग-आधारित सिंगल-सेल वर्गीकरण के लिए छह इमेज रिप्रेजेंटेशन पाइपलाइनों का पहला व्यवस्थित मूल्यांकन प्रस्तुत करता है, जो कम्प्यूटेशनल दक्षता और सटीकता के बीच एक स्पष्ट ट्रेड-ऑफ को प्रकट करता है और बायोमेडिकल अनुप्रयोगों के लिए पाइपलाइन चयन के मार्गदर्शन हेतु एक पारेटो-ऑप्टिमल फ्रेमवर्क प्रदान करता है।

Pirone, D., Cavina, B., Giugliano, G., Nanetti, F., Reggiani, F., Miccio, L., Kurelac, I., Ferraro, P., Memmolo, P.2026-02-28

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QuantiTrack: A unified software to study protein dynamics in living cells

लेखक QuantiTrack प्रस्तुत करते हैं, जो एक उपयोगकर्ता के अनुकूल MATLAB-आधारित सॉफ्टवेयर है जो जीवित कोशिकाओं में सिंगल-मॉलिक्यूल ट्रैकिंग विश्लेषण के लिए एक एंड-टू-एंड समाधान प्रदान करता है, और यह प्रदर्शित करता है कि कैसे हार्मोन वॉशआउट ग्लुकोकोर्टिकोइड रिसेप्टर की बाइंडिंग डायनेमिक्स और सक्रिय अवस्थाओं को बदल देता है।

Ball, D. A., Wagh, K., Stavreva, D. A., Hoang, L., Schiltz, R. L., Chari, R., Raziuddin, R., Mazza, D., Upadhyaya, A., H (…)2026-02-27

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Time-Resolved Single-Molecule FRET Reveals Length-Dependent Nucleosome Decompaction by Poly(ADP-ribose)

ड्रॉपलेट-आधारित माइक्रोफ्लुइडिक मिक्सिंग को सिंगल-मॉलिक्यूल FRET के साथ संयोजित करके, यह अध्ययन प्रकट करता है कि पॉली(एडेनोसिन डाइ-राइबोस) (PAR), हिस्टोन बाइंडिंग के लिए डीएनए के साथ इलेक्ट्रोस्टैटिक प्रतिस्पर्धा के माध्यम से लंबाई-निर्भर न्यूक्लियोसोम डीकंपैक्शन को प्रेरित करता है, जहाँ केवल दस ADP-राइबोस इकाइयों से अधिक लंबे पॉलिमर ही कुशलतापूर्वक तीव्र क्रोमैटिन ओपनिंग को संचालित करते हैं।

Yang, T., Gopi, S. R., Pinet, L., Simoni, S., Imhof, R., Nettels, D., Altmeyer, M., Best, R. B., Schuler, B.2026-02-27

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Synaptic spine head morphodynamics from graph grammar rules for actin dynamics

यह शोध पत्र डेंड्रिटिक स्पाइन हेड्स के भीतर एक्टिन साइटोस्केलेटन और झिल्ली की गतिशीलता को मॉडल करने के लिए एक डायनेमिकल ग्राफ ग्रामर फ्रेमवर्क प्रस्तुत करता है, जो यह प्रदर्शित करता है कि कैसे विशिष्ट एक्टिन-बाइंडिंग प्रोटीन और उनकी अंतःक्रियाएं बायोफिजिकली कंस्ट्रेंड स्टोकेस्टिक सिमुलेशन के माध्यम से सिनैप्टिक मॉर्फोडायनामिक्स को नियंत्रित करती हैं।

Hur, M., Bartol, T., Rangamani, P., Sejnowski, T., Mjolsness, E.2026-02-26

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Self-consistent automatic retrieval of single cell rotation enables highly reliable holo-tomographic flow cytometry

यह शोध पत्र एक नवीन, पूर्णतः स्वचालित और स्व-सुसंगत पुनरावृत्ति अनुकूलन विधि प्रस्तुत करता है जो एकल प्रवाहित कोशिकाओं के अज्ञात घूर्णन कोणों को सटीक रूप से पुनर्प्राप्त करती है, जिससे लेबल-मुक्त 3D अपवर्तनांक टोमोग्राफी के लिए होलो-टोमोग्राफिक फ्लो साइटोमेट्री की विश्वसनीयता और मापनीयता में महत्वपूर्ण वृद्धि होती है।

Pirone, D., Miccio, L., Bianco, V., Ferraro, P., Memmolo, P.2026-02-26

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A Dynamic NMR Lineshape Simulation Framework for Lipid Diffusion and Membrane Thinning in Bicelles and Nanodiscs

यह शोध पत्र लिपिड बाइसेल्स (bicelles) और नैनोडिस्क में गतिशील एनएमआर (NMR) लाइनशेप्स के अनुकरण के लिए एक व्यापक सैद्धांतिक ढांचा प्रस्तुत करता है जो स्पष्ट रूप से युग्मित लिपिड प्रसार, अभिविन्यास वितरण और झिल्ली के पतला होने (membrane thinning) को ध्यान में रखता है, जिससे जैव-आणविक जुड़ाव द्वारा प्रेरित अनिसोट्रोपिक अंतःक्रियाओं और झिल्ली के संरचनात्मक परिवर्तनों की मात्रात्मक व्याख्या संभव हो पाती है।

Wi, S., Ramamoorthy, A.2026-02-26

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A cryo-EM processing pipeline for microtubules using CryoSPARC

यह शोधपत्र MiCSPARC को प्रस्तुत करता है, जो CryoSPARC पर आधारित एक उपयोगकर्ता के अनुकूल क्रायो-ईएम (cryo-EM) प्रोसेसिंग पाइपलाइन है, जो सजावटी (decorated) और बिना सजावटी (undecorated) दोनों प्रकार के माइक्रोट्यूब्यूल्स (microtubules) की उच्च-रिज़ॉल्यूशन वाली, सीम-सुधारित (seam-corrected) संरचनाएं नियमित रूप से उत्पन्न करने के लिए स्वचालित कण चयन (automated particle picking) और तीव्र 3D रिफाइनमेंट का उपयोग करती है।

Zhang, D., Munoz-Hernandez, H., Filipcik, P., Sejwal, K., Xu, Y., Choi, S. R., Steinmetz, M., Wieczorek, M.2026-02-25

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AI-BioMech: Deep Learning Prediction of Mechanical Behavior in Aperiodic Biological Cellular Materials

यह शोध पत्र AI-BioMech को प्रस्तुत करता है, जो एक डीप लर्निंग फ्रेमवर्क है और DeepLabv3 जैसे आर्किटेक्चर के साथ ट्रांसफर लर्निंग का उपयोग करके 2D छवियों से एपीरियॉडिक जैविक कोशिकीय सामग्रियों (aperiodic biological cellular materials) के यांत्रिक व्यवहार की सीधे 99% सटीकता के साथ भविष्यवाणी करता है, जिससे मैनुअल ज्योमेट्री परिभाषा और पारंपरिक परिमित तत्व सिमुलेशन (finite element simulations) की आवश्यकता समाप्त हो जाती है।

Sadia, H., Dias, M. A., Alam, P.2026-02-25

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Collective fate decisions and cell rearrangements underlie gastruloid symmetry breaking

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि गैस्ट्रुलॉइड समरूपता भंग (symmetry breaking) और अक्ष निर्माण एक यांत्रिक-रासायनिक तंत्र द्वारा संचालित होते हैं जहाँ, ब्रैकीयूरी (Brachyury) अभिव्यक्ति द्वारा मध्यस्थ सामूहिक कोशिका नियति निर्णय, विभेदन समय को नियंत्रित करते हैं और विभेदक ऊतक सतह तनाव के माध्यम से रेडियल कोशिका छंटनी को प्रेरित करते हैं।

Oriola, D., Torregrosa-Cortes, G., Samatas, S., Arato, K., Fernandez-Munuera, D., Hahn, E. M., Anlas, K., Garcia-Ojalvo (…)2026-02-24

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