151 पेपर
यह शोधपत्र MolBasic को प्रस्तुत करता है, जो एक संरचना-प्रथम (structure-first) ढांचा है जो द्विदिशीय SMILES-ग्राफ अनुवाद और एक प्रगतिशील चेन-ऑफ-थॉट (Chain-of-Thought) शिक्षण योजना का उपयोग करके आणविक बड़े भाषा मॉडलों की संरचनात्मक समझ और डाउनस्ट्रीम प्रदर्शन को बढ़ाता है।
यह शोध पत्र OpenDDE को प्रस्तुत करता है, जो एक ओपन-सोर्स, ऑल-एटम बायोमॉलिक्यूलर फाउंडेशन मॉडल है जो उन्नत ड्रग डिस्कवरी क्षमताओं तक पहुंच को लोकतांत्रिक बनाने के लिए को-फोल्डिंग (co-folding) को एक स्केलेबल स्ट्रक्चरल रीजनिंग लेयर के रूप में उपयोग करता है, जो न केवल सटीक कॉम्प्लेक्स स्ट्रक्चर प्रेडिक्शन को सक्षम बनाता है बल्कि डी नोवो डिज़ाइन, एफिनिटी एस्टीमेशन और चिकित्सीय अनुकूलन के लिए एक फाउंडेशनल प्लेटफॉर्म के रूप में भी कार्य करता है।
यह शोध पत्र DynaMode को प्रस्तुत करता है, जो एक भौतिकी-सूचित (physics-informed) जनरेटिव मॉडल है जो स्पेक्ट्रल डिफ्यूजन और फूरियर ट्रांसफॉर्म का उपयोग करके धीमी संरचनात्मक मोड (conformational modes) को तेज़ परमाणु जिटर (atomic jitter) से कुशलतापूर्वक अलग करता है, जिससे mdCATH डेटासेट पर मजबूत प्रदर्शन के साथ विभिन्न तापमानों पर प्रोटीन गतिशीलता की सटीक भविष्यवाणी संभव होती है।
यह शोध पत्र प्रदर्शित करता है कि वर्तमान एंजाइम विशिष्टता भविष्यवाणी मॉडल अक्सर खोज-प्रासंगिक बेंचमार्क पर सरल अनुक्रम-आधारित बेसलाइन से बेहतर प्रदर्शन करने में विफल रहते हैं, लेकिन यह दर्शाता है कि पूर्ण बायोमॉलिक्यूलर कॉम्प्लेक्स से सीखने के लिए बोलट्ज़ (Boltz) जैसे संरचना-जागरूक मॉडलों को अनुकूलित करना एंजाइम प्राथमिकता प्रदर्शन में महत्वपूर्ण सुधार कर सकता है।
मोलसाइट (MolSight) एक नवीन ग्राफ-अवेयर विजन-लैंग्वेज मॉडल है जो रासायनिक-बंध आसन्नता (chemical-bond adjacency) के लिए एक मॉलिक्यूलर टोपोलॉजी मॉड्यूल और विजुअल-सिमेंटिक संरेखण (visual-semantic alignment) के लिए एक मॉलिक्यूलर ग्राउंडिंग मॉड्यूल को एकीकृत करके आणविक छवि समझ को बढ़ाता है, जिससे यह रासायनिक तर्क कार्यों में मौजूदा मॉडलों से काफी बेहतर प्रदर्शन करता है।
यह शोध पत्र SF-Cluster प्रस्तुत करता है, जो एक फ्रस्ट्रेशन-गाइडेड (frustration-guided) MSA सबसैंपलिंग विधि है, जो पूर्वानुमानित स्थानीय ऊर्जा फ्रस्ट्रेशन पैटर्न (local energetic frustration patterns) का लाभ उठाकर MSA संरचना को प्रभावी ढंग से पुन: भारित (reweight) करके, मौजूदा अनुक्रम-आधारित दृष्टिकोणों की तुलना में वैकल्पिक प्रोटीन विन्यासों (alternative protein conformations) की रिकवरी में महत्वपूर्ण सुधार करता है।
यह शोध पत्र TCR-SRIM को प्रस्तुत करता है, जो एक संरचना-नियमित (structure-regularized) व्याख्यात्मक-दर-डिज़ाइन (interpretable-by-design) मॉडल है जो अत्याधुनिक TCR-एपिटोप बाइंडिंग भविष्यवाणी प्राप्त करता है और साथ ही यह प्रकट करता है कि वर्तमान संरचना भविष्यवाणी उपकरण, प्रतिस्पर्धी प्रदर्शन के बावजूद, प्रयोगात्मक रूप से हल की गई संरचनाओं की तुलना में कम सटीक इंटरेक्शन पैटर्न और कम बाइंडिंग-साइट विविधता प्रदान करते हैं।
यह शोध पत्र एक पूर्णतः स्वचालित, नियम-नियमित ढांचे को प्रस्तुत करता है जो IUPAC नामों को संरचनात्मक XML मेटाडेटा में परिवर्तित करके 163,000 उच्च-परिशुद्धता वाले आणविक संरचना-भाषा युग्मों का एक बड़े पैमाने का डेटासेट उत्पन्न करता है ताकि LLMs को निर्देशित किया जा सके, जिससे मानव एनोटेशन की लागत संबंधी बाधाओं को दूर किया जा सके और डाउनस्ट्रीम रासायनिक कार्यों के लिए मजबूत अणु-भाषा संरेखण सक्षम किया जा सके।
यह समीक्षा लेख सटीक ऑन्कोलॉजी के लिए बहुआयामी, एमआरआई-निर्देशित इम्यूनोथेरानोस्टिक प्लेटफॉर्म बनाने के लिए मैंगनीज-आधारित सामग्रियों को जेलमा (GelMA) हाइड्रोजेल के साथ एकीकृत करने का अन्वेषण करता है, जबकि उनकी डिजाइन रणनीतियों, चिकित्सीय तंत्रों, वर्तमान चुनौतियों और भविष्य के नैदानिक अनुवाद को संबोधित करता है।
यह शोध पत्र एक सह-विकास-जागरूक (coevolution-aware) पूर्वज अनुक्रम पुनर्निर्माण ढांचे को प्रस्तुत करता है जो स्वतंत्र साइट विकास की धारणाओं की सीमाओं को दूर करने के लिए फाइलोगैनेटिक अनुमान के साथ डायरेक्ट कपलिंग विश्लेषण को एकीकृत करता है, जिससे अधिक सटीक और कार्यात्मक रूप से प्रशंसनीय पूर्वज प्रोटीन समूह उत्पन्न होते हैं जो एपिस्टैटिक बाधाओं का सम्मान करते हैं।