🧬 biology

Measurement-limited learning of conformational heterogeneity in cryo-electron microscopy

यह शोधपत्र एक सूचना-सैद्धांतिक ढांचे को प्रस्तुत करता है जो एन्सेम्बल भार (ensemble weights) और छवियों के बीच पारस्परिक सूचना (mutual information) को अधिकतम करके क्रायो-इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी में प्रतिनिधि विन्यासों (conformations) के चयन को अनुकूलित करता है, जिससे एक मापन-प्रेरित स्थूल-कणिकीकरण (measurement-induced coarse-graining) को परिभाषित किया जाता है जो शोर की उपस्थिति में संरचनात्मक रिज़ॉल्यूशन और सांख्यिकीय पहचान क्षमता के बीच संतुलन बनाता है।

Henry H. Mattingly, Luke Evans, Pilar Cossio2026-06-15
🧬 biology

Assessment of scoring functions for computational models of protein-protein interfaces

यह शोध पत्र एक गैर-अतिरेक (non-redundant) डेटासेट में संरचनात्मक समानता (DockQ) के साथ अपने स्कोर को सह-संबंधित करके सात प्रोटीन-प्रोटीन इंटरफ़ेस स्कोरिंग फंक्शनों का मूल्यांकन करता है, जिससे यह पता चलता है कि प्रदर्शन लक्ष्य की जटिलता के आधार पर भिन्न होता है और इसके परिणामस्वरूप तीन भौतिक विशेषताओं पर आधारित एक नया, अत्यधिक प्रभावी स्कोरिंग फंक्शन विकसित हुआ है।

Jacob Sumner, Grace Meng, Naomi Brandt, Alex T. Grigas, Andrés Córdoba, Mark D. Shattuck, Corey S. O'Hern2026-06-12
🧬 biology

Is It You or Your Environment? A Bayesian Inference Framework for Genomically-Anchored Personalized Physiological Interpretation

यह शोध पत्र एक बेयसियन इन्फरेंस फ्रेमवर्क (Bayesian inference framework) प्रस्तावित करता है जो स्वास्थ्य एआई (health AI) में कोल्ड-स्टार्ट समस्या को हल करने के लिए एक व्यक्ति के स्थिर जीनोमिक प्रोफाइल का व्यक्तिगत प्रायर (personalized prior) के रूप में उपयोग करता है, जिससे अनुदैर्ध्य व्यवहारिक डेटा (longitudinal behavioral data) उपलब्ध होने से पहले ही संवैधानिक शारीरिक बेसलाइन (constitutional physiological baselines) को पर्यावरणीय रूप से प्रेरित विचलन (environmentally driven deviations) से तुरंत अलग करना सक्षम होता है।

Aruna Dey, Suraj Biswas2026-06-12
🧬 biology

GLACIER: A Multimodal Student-Teacher Foundation Model for Molecular Property Prediction

यह शोधपत्र GLACIER को प्रस्तुत करता है, जो एक गणनात्मक रूप से कुशल छात्र-शिक्षक (student-teacher) फाउंडेशन मॉडल है जो उच्च-प्रदर्शन वाले आणविक गुण पूर्वानुमान प्राप्त करने के लिए प्रीट्रेनिंग, फिन्सलर ज्योमेट्री-अवेयर फ्यूजन (Finsler geometry-aware fusion), और कंट्रास्टिव नॉलेज डिस्टिलेशन के तीन-चरणीय ढांचे के माध्यम से आणविक ग्राफ, SMILES स्ट्रिंग्स और भौतिक-रासायनिक विवरणों (physicochemical descriptors) को एकीकृत करता है।

Emily Nguyen, Yongchan Hong, Harsh Toshniwal, Yan Liu, Andreas Luttens2026-06-11
🧬 biology

A kinetic model of shear-induced rupture of short dsDNA

यह शोध पत्र एक बल-निर्भर न्यूक्लिएशन-ज़िपर पथ (nucleation-zipper pathway) पर आधारित एक मास्टर समीकरण ढांचे को प्रस्तुत करता है जो लघु द्वि-रज्जुक डीएनए (double-stranded DNA) के शियर-प्रेरित विखंडन (shear-induced rupture) का सटीक रूप से मॉडल करता है, सफलतापूर्वक प्रयोगात्मक डेटा को पुनरुत्पादित करता है और एक एकीकृत गतिज विवरण प्रदान करता है जो बल-विखंडन प्रयोगों की व्याख्या करने और डीएनए नैनोस्ट्रक्चर को डिजाइन करने के लिए आवश्यक है।

Ayman Hussein, Ralf Bundschuh2026-06-10
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AMix-1: A Pathway to Test-Time Scalable Protein Foundation Model

यह शोध पत्र AMix-1 को प्रस्तुत करता है, जो बेयसियन फ्लो नेटवर्क्स (Bayesian Flow Networks) पर आधारित एक 1.7-बिलियन पैरामीटर वाला प्रोटीन फाउंडेशन मॉडल है, जो मजबूत प्रोटीन डिजाइन प्राप्त करने के लिए व्यवस्थित प्रशिक्षण स्केलिंग लॉ (systematic training scaling laws), MSA-आधारित इन-कॉन्टेक्स्ट लर्निंग (in-context learning) और विकासवादी टेस्ट-टाइम स्केलिंग (evolutionary test-time scaling) का लाभ उठाता है, जिसे एक AmeR वेरिएंट उत्पन्न करके प्रदर्शित किया गया है जिसमें इसके वाइल्ड टाइप की तुलना में 50 गुना तक गतिविधि सुधार हुआ है।

Changze Lv, Jiang Zhou, Siyu Long, Lihao Wang, Jiangtao Feng, Dongyu Xue, Yu Pei, Hao Wang, Zherui Zhang, Yuchen Cai, Zh (…)2026-06-09
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The Montparnasse Algorithm for RNA Design

यह शोध पत्र मोंटपार्नास (Montparnasse) का परिचय देता है, जो एक मोंटे कार्लो सर्च फ्रेमवर्क है जो Eterna100 बेंचमार्क को तेज़ी से हल करके और मैसेंजर आरएनए अनुकूलन के लिए बेहतर अनुक्रमों की पहचान करके DesiRNA और LinearDesign जैसे मौजूदा अत्याधुनिक तरीकों से बेहतर प्रदर्शन करता है।

Tristan Cazenave2026-06-09
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SurfDesign: Effective Protein Design on Molecular Surfaces

SurfDesign एक नवीन प्रोटीन डिज़ाइन फ्रेमवर्क है जो निरंतर आणविक सतह निरूपणों (continuous molecular surface representations) को प्रीट्रेन्ड लैंग्वेज मॉडल्स के साथ एकीकृत करता है ताकि सतह की ज्यामिति और भौतिक-रासायनिक पूरकता को स्पष्ट रूप से मॉडल करके कार्यात्मक प्रोटीन और एंजाइम डिज़ाइन में मौजूदा पद्धतियों से बेहतर प्रदर्शन किया जा सके।

Fang Wu, Shuting Jin, Xiangru Tang, Mark Gerstein, Xiangxiang Zeng, Yejin Choi, Jure Leskovec, Jinbo Xu2026-06-09
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ShallowBench: Benchmarking Generative Drug Design Models on Shallow-Pocket Targets

यह शोधपत्र ShallowBench प्रस्तुत करता है, जो 5,780 उथले-पॉकेट (shallow-pocket) लक्ष्यों का एक क्यूरेटेड बेंचमार्क है, ताकि KRAS और MYC जैसे ऐतिहासिक रूप से "अनड्रगेबल" (undruggable) कम-कौन्केविटी (low-concavity) इंटरफेस के लिए लिगेंड्स डिजाइन करने में वर्तमान जनरेटिव एआई मॉडल्स की सीमाओं का मूल्यांकन और प्रदर्शन किया जा सके।

Saket Reddy, Shiwei Liu2026-06-08
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The curious case of A31P, a topology-switching mutant of the Repressor of Primer protein : A molecular dynamics study of its folding and misfolding

यह अध्ययन लंबे आणविक गतिकी (मॉलिक्यूलर डायनेमिक्स) सिमुलेशन का उपयोग करके यह प्रदर्शित करता है कि A31P उत्परिवर्तन (म्यूटेशन) टर्न क्षेत्र के अनफोल्डिंग का कारण बनकर मूल Rop प्रोटीन संरचना को अस्थिर कर देता है, जिससे इसके 'बाइसेक्टिंग U' फोल्ड में प्रयोगात्मक टोपोलॉजी स्विच की व्याख्या होती है, जबकि मानक ऊर्जा न्यूनीकरण विधियों से प्राप्त भविष्यवाणियां यह सुझाव देती हैं कि यह उत्परिवर्तन सौम्य होना चाहिए।

Olympia-Dialekti Vouzina, Alexandros Tafanidis, Nicholas M. Glykos2026-06-05