151 पेपर
यह शोध पत्र ProtoCol को प्रस्तुत करता है, जो एक प्रोटीन होमोलॉजी खोज मॉडल है जो अनुक्रम समानता के "ट्वाइलाइट ज़ोन" (twilight zone) के भीतर रिमोट होमोलॉग्स की पहचान करने में मौजूदा अलाइनमेंट-आधारित और पूल्ड रिप्रेजेंटेशन विधियों से बेहतर प्रदर्शन करने के लिए अवशेष-स्तर (residue-level) के एम्बेडिंग्स पर ColBERT-शैली के लेट इंटरैक्शन का लाभ उठाता है।
यह शोध पत्र ProtDiS को प्रस्तुत करता है, जो एक ज्ञान-निर्देशित ढांचा (knowledge-guided framework) है जो सूचना अवरोध सिद्धांत (information bottleneck principle) का उपयोग करके उलझे हुए प्रोटीन एम्बेडिंग को जैविक रूप से आधारित, स्वतंत्र आयामों में विघटित करता है, जिससे विविध डाउनस्ट्रीम कार्यों में प्रोटीन संरचना-कार्य मॉडलिंग की व्याख्यात्मकता और प्रदर्शन में वृद्धि होती है।
यह शोध पत्र TIGER को प्रस्तुत करता है, जो एक टेक्स्ट-इन्फॉर्म्ड फ्रेमवर्क है जो सामान्यीकृत एंजाइम निरूपण (representations) बनाने के लिए प्रोटीन-टू-टेक्स्ट जनरेशन मॉडल्स और एक डायनेमिक गेटिंग नेटवर्क का लाभ उठाता है, जो विविध वितरणों और कार्यों में द्विदिशीय एंजाइम-प्रतिक्रिया पुनर्प्राप्ति (bidirectional enzyme-reaction retrieval) में मौजूदा विधियों से काफी बेहतर प्रदर्शन करता है।
यह शोध पत्र MetaboKG का परिचय देता है, जो एक विश्लेषण-केंद्रित नॉलेज ग्राफ फ्रेमवर्क है जो सार्वजनिक रिपॉजिटरी और GNPS मॉलिक्यूलर नेटवर्क से खंडित अनटारगेटेड मेटाबोलोमिक्स डेटा को एक एकीकृत, पता लगाने योग्य और अर्थपूर्ण समृद्ध संरचना में एकीकृत करता है ताकि जैव-रासायनिक ज्ञान के प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य SPARQL अन्वेषण और पुन: उपयोग को सक्षम किया जा सके।
यह शोधपत्र प्रदर्शित करता है कि बोलत्ज़2 (Boltz2) को-फोल्डिंग मॉडल, जो प्रीट्रेनिंग के लिए प्रोटीन-लिगैंड इंटरैक्शन का लाभ उठाता है, श्रेष्ठ और पूरक लघु-अणु (small-molecule) निरूपण उत्पन्न करता है जो ADMET भविष्यवाणी, जनरेटिव मॉडलिंग और संरचना-निर्देशित अनुकूलन सहित विविध कार्यों में मौजूदा स्टैंडअलोन मॉडलों से बेहतर प्रदर्शन करते हैं।
यह शोध पत्र भीड़भाड़ वाले कोशिकीय वातावरण के मॉडलिंग में हालिया कम्प्यूटेशनल प्रगति की समीक्षा करता है, जो पारंपरिक विरल स्थितियों की तुलना में इन विवो (in vivo) जैविक घटनाओं को बेहतर ढंग से समझने के लिए माइक्रोसेकंड-स्केल सिमुलेशन को सक्षम करने वाली नई विधियों पर प्रकाश डालता है।
यह शोधपत्र TriProRep का प्रस्ताव करता है, जो एक संरचना-जागरूक प्रीट्रेनिंग विधि है जो प्रोटीन संरचना भविष्यवाणी में सुधार करने के लिए VQ-VAE टोकनाइज़र के माध्यम से अमीनो-एसिड पहचान, बैकबोन ज्यामिति और स्थानीय पूर्ण-परमाणु ज्यामिति को संयुक्त रूप से मॉडल करती है, और मौजूदा अनुक्रम-मात्र (sequence-only) और संरचना-जागरूक मॉडलों पर इसके बेहतर प्रदर्शन को प्रमाणित करने के लिए RepSP बेंचमार्क प्रस्तुत करता है।
यह शोध पत्र एक नवीन जीवन पहचान ढांचे का प्रस्ताव करता है जो पारिस्थितिक तंत्र में लघु अणुओं के सांख्यिकीय तात्विक संरचना और स्केलिंग नियमों का विश्लेषण करके जैविक और अजैविक रासायनिक हस्ताक्षरों के बीच अंतर करता है, जो ग्रहीय विज्ञान मास स्पेक्ट्रोमेट्री डेटा में बायोसिग्नेचर की पहचान करने की इसकी क्षमता को प्रदर्शित करता है।
यह अध्ययन प्रकट करता है कि कोशिकीय और वायरल जीवन के प्रोटीओम (proteomes) में एक आश्चर्यजनक रूप से सुसंगत तात्विक संरचना मौजूद है जो अंतिम सार्वभौमिक सामान्य पूर्वज (Last Universal Common Ancestor) से भी पूर्व की है और यह सुझाव देती है कि आधुनिक अमीनो एसिड वर्णमाला के चयन और स्थिरीकरण को विकासवादी संबद्धता या विशिष्ट अमीनो एसिड उपयोग के बजाय मौलिक जैव रासायनिक बाधाओं ने आकार दिया है।
यह शोध पत्र प्रकट करता है कि ESM2-8M प्रोटीन लैंग्वेज मॉडल मेथियोनी इनिशिएशन (methionine initiation) के सार्वभौमिक जैविक नियम की भविष्यवाणी सीधे मास्क किए गए अवशेष (masked residue) की प्रत्यक्ष पहचान के माध्यम से नहीं, बल्कि एक जटिल, वितरित कम्प्यूटेशनल सर्किट के माध्यम से एक सांख्यिकीय पूर्व ज्ञान (statistical prior) को पुनः प्राप्त करके करता है, जिससे यह सिद्ध होता है कि उच्च मॉडल आत्मविश्वास वास्तविक जैविक साक्ष्य के बजाय सांख्यिकीय डिफ़ॉल्ट्स को प्रतिबिंबित कर सकता है।