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152 पेपर

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VARIANT: Web Server for Decoding and Analyzing Viral Mutations at Genome and Protein Levels

VARIANT एक निःशुल्क उपलब्ध वेब सर्वर है जिसे जीनोम और प्रोटीन दोनों स्तरों पर RNA वायरल उत्परिवर्तनों (mutations) का व्यापक रूप से विश्लेषण करने के लिए डिज़ाइन किया गया है, जो मानक वेरिएंट्स का स्वचालित एनोटेशन, "row" और "hot" उत्परिवर्तनों जैसे अद्वितीय पैटर्न का पता लगाना, और विविध वायरल परिवारों में RNA माध्यमिक संरचनाओं (secondary structures) के लिए दोहरी ग्राफ टोपोलॉजी विश्लेषण प्रदान करता है।

Rui Wang, Xuhang Dai, Xin Cao, Changchuan Yin, Tamar Schlick, Guo-Wei Wei2026-04-24
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Agentic AI-assisted coding offers a unique opportunity to instill epistemic grounding during software development

यह शोध पत्र "GROUNDED.md" का प्रस्ताव करता है, जो एक समुदाय-शासित दस्तावेज़ है जो गैर-परक्राम्य वैज्ञानिक बाधाओं और परंपराओं को कूटबद्ध करता है ताकि यह सुनिश्चित किया जा सके कि एजेंटिक AI-सहायता प्राप्त कोडिंग वैध, सर्वोत्तम-अभ्यास वाला सॉफ़्टवेयर उत्पन्न करे, भले ही इसका उपयोग गैर-डोमेन विशेषज्ञों द्वारा किया गया हो।

Magnus Palmblad, Jared M. Ragland, Benjamin A. Neely2026-04-24
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LAFA: A Framework for Reproducible Longitudinal Assessment of Protein Function Annotation Models

यह शोध पत्र LAFA को प्रस्तुत करता है, जो एक निरंतर, सर्वर-आधारित ढांचा है जो विकासशील ग्राउंड ट्रुथ के विरुद्ध कंटेनरीकृत विधियों का मूल्यांकन करके प्रोटीन कार्य भविष्यवाणी मॉडलों के निरंतर, पुनरुत्पादनीय और गतिशील बेंचमार्किंग को सक्षम बनाता है, जिससे आवधिक CAFA चुनौतियों के बाहर चल रहे मूल्यांकन प्लेटफार्मों की कमी को दूर किया जा सके।

An Phan, Yanli Wang, Frimpong Boadu, Maxat Kulmanov, Robert Hoehndorf, Jianlin Cheng, Predrag Radivojac, Iddo Friedberg2026-04-23
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Learning residue level protein dynamics with multiscale Gaussians

यह शोध पत्र DynaProt को प्रस्तुत करता है, जो एक हल्का और SE(3)-invariant ढांचा है जो स्थिर संरचनाओं से सीधे अवशेष-स्तर (residue-level) की प्रोटीन गतिशीलता की कुशलतापूर्वक भविष्यवाणी करता है और एन्सेम्बल जनरेशन के लिए पूर्ण कोवेरिएंस मैट्रिसेस का पुनर्निर्माण करता है, जो गणनात्मक रूप से महंगी आणविक गतिशीलता (molecular dynamics) सिमुलेशन के एक स्केलेबल विकल्प के रूप में कार्य करता है।

Mihir Bafna, Bowen Jing, Bonnie Berger2026-04-21
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ConforNets: Latents-Based Conformational Control in OpenFold3

ConforNets, OpenFold3 में pre-Pairformer pair latents के एक पुन: प्रयोज्य (reusable), चैनल-वार एफ़ाइन ट्रांसफ़ॉर्मेशन (affine transformation) को पेश करता है जो प्रोटीन संरचनात्मक परिवर्तनशीलता (conformational variability) पर कुशल, अत्याधुनिक नियंत्रण सक्षम बनाता है, जिससे वैकल्पिक अवस्थाओं का अनसुपरवाइज्ड जनरेशन और प्रोटीन परिवारों में संरचनात्मक परिवर्तनों का सुपरवाइज्ड ट्रांसफर दोनों संभव होते हैं।

Minji Lee, Colin Kalicki, Minkyu Jeon, Aymen Qabel, Alisia Fadini, Mohammed AlQuraishi2026-04-21
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Universal Loop Statistics from Active Extrusion with Kinetic Barriers

यह शोधपत्र एक गतिज सिद्धांत (kinetic theory) विकसित करता है जो यह प्रदर्शित करता है कि अव्यवस्थित क्रोमैटिन (disordered chromatin) पर कोहेसिन-संचालित लूप एक्सट्रूज़न (loop extrusion) सार्वभौमिक सांख्यिकीय नियमों का पालन करता है, जहाँ वितरण का आकार (शिखर युक्त बनाम चरघातांकीय/exponential) दो-तरफा बनाम एक-तरफा एक्सट्रूज़न के लिए एक प्रत्यक्ष विभेदक के रूप में कार्य करता है, जिससे एक ऐसे मॉडल को समर्थन मिलता है जहाँ जीवित कोशिकाओं में दोनों कोहेसिन भुजाएँ सक्रिय रूप से कार्य करती हैं।

A. Chervinskaya, R. Metzler, K. E. Polovnikov2026-04-20
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Prebiotic Chemistry Insights for Dragonfly II: Thermodynamic Favorability of Nucleobases, Ribose, and Fatty Acids in Selk Crater on Titan

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि अमोनिया टाइटन के सेल्क क्रेटर में एक महत्वपूर्ण रासायनिक द्वारपाल (केमिकल गेटकीपर) के रूप में कार्य करता है, जहाँ इसकी उपस्थिति (≥1%) न्यूक्लियोबेस, राइबोज और फैटी एसिड जैसे विविध प्रीबायोटिक अणुओं के ऊष्मागतिक निर्माण को सक्षम बनाती है, जो ड्रैगनफ्लाई मिशन के लिए अकार्बनिक रसायन विज्ञान को अलग करने और चंद्रमा के अतीत के जलीय वातावरण को पुनर्गठित करने के लिए परीक्षण योग्य भविष्यवाणियाँ प्रदान करता है।

Ishaan Madan, Ben K. D. Pearce2026-04-20
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PUFFIN: Protein Unit Discovery with Functional Supervision

PUFFIN एक डेटा-संचालित ढांचा है जो संरचना-जागरूक पूलिंग (structure-aware pooling) और कार्यात्मक पर्यवेक्षण (functional supervision) के साथ ग्राफ न्यूरल नेटवर्क का उपयोग करता है ताकि व्याख्या योग्य, बहु-अवशेष प्रोटीन इकाइयों (multi-residue protein units) की खोज की जा सके जो संरचनात्मक व्यवस्थाओं और जैविक कार्य के बीच के अंतर को प्रभावी ढंग से पाटते हैं।

Gökçe Uludoğan, Buse Giledereli, Elif Ozkirimli, Arzucan Özgür2026-04-17
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Platelet plug microstructure and flow modulate fibrin gelation dynamics: Insights from computational simulations

यह अध्ययन यह प्रदर्शित करने के लिए एक नवीन 2D कम्प्यूटेशनल ढांचे का उपयोग करता है कि जबकि सघन प्लेटलेट प्लग थ्रॉम्बिन को केंद्रित करके रक्त वाहिका के परिधि के पास फाइब्रिन जेल के निर्माण की शुरुआत को तेज करते हैं, वे साथ ही प्लग के भीतर परिवहन को प्रतिबंधित करते हैं, जो एक यांत्रिक ट्रेड-ऑफ (mechanistic tradeoff) को प्रकट करता है जहाँ तीव्र प्लग घनत्वन (densification) उस आंतरिक फाइब्रिन निर्माण में बाधा डाल सकता है जो टिकाऊ थ्रोम्बस स्थिरीकरण के लिए आवश्यक है।

Janneke M. H. Cruts, Frank J. H. Gijsen, Aaron L. Fogelson, Anna C. Nelson2026-04-10
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Unavailability of experimental 3D structural data on protein folding dynamics and necessity for a new generation of structure prediction methods in this context

यह शोध पत्र प्रोटीन फोल्डिंग इंटरमीडिएट्स (folding intermediates) पर प्रयोगात्मक 3D संरचनात्मक डेटा की कमी को रेखांकित करता है, इन गैर-नेटिव अवस्थाओं (non-native states) को मॉडल करने में अल्फाफोल्ड2 (AlphaFold2) जैसे मौजूदा नेटिव-स्ट्रक्चर प्रेडिक्शन टूल्स की विफलता को प्रदर्शित करता है, और प्रोटीन फोल्डिंग तथा संबंधित रोगों की समझ को आगे बढ़ाने के लिए नए, डायनेमिक्स-अवेयर (dynamics-aware) तरीकों के विकास का समर्थन करता है।

Aydin Wells, Khalique Newaz, Jennifer Morones, Jianlin Cheng, Tijana Milenković2026-04-09