q-bio.MN पेपर | Gist.Science

ECMSim: A high-performance interactive web application for real-time spatiotemporal simulation of cardiac ECM signaling and diffusion

यह शोध पत्र ECMSim को प्रस्तुत करता है, जो एक उच्च-प्रदर्शन, संवादात्मक वेब एप्लिकेशन है जो 10,000-कोशिका स्थानिक सरणी (spatial array) में कार्डिएक एक्स्ट्रासेलुलर मैट्रिक्स रीमॉडलिंग और फाइब्रोसिस के स्थानिक-कालिक सिमुलेशन को सक्षम करने के लिए, वास्तविक समय में 1.37 मिलियन युग्मित साधारण अवकल समीकरणों (coupled ordinary differential equations) को हल करने के लिए WebAssembly और संकलित C++ का उपयोग करता है।

Hasi Hays, William J. Richardson2026-05-26

🧬 biology

MetaboKG: An Analysis-centric Knowledge Graph Framework for Untargeted Metabolomics

यह शोध पत्र MetaboKG का परिचय देता है, जो एक विश्लेषण-केंद्रित नॉलेज ग्राफ फ्रेमवर्क है जो सार्वजनिक रिपॉजिटरी और GNPS मॉलिक्यूलर नेटवर्क से खंडित अनटारगेटेड मेटाबोलोमिक्स डेटा को एक एकीकृत, पता लगाने योग्य और अर्थपूर्ण समृद्ध संरचना में एकीकृत करता है ताकि जैव-रासायनिक ज्ञान के प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य SPARQL अन्वेषण और पुन: उपयोग को सक्षम किया जा सके।

Matthieu Féraud, Dina Boukhajou, Fabien Gandon, Louis-Félix Nothias2026-05-26

🧬 biology

Graph neural network explanations reveal a topological signature of disease-associated hubs in biological networks

यह शोध पत्र रोग हब (disease hubs) के विशिष्ट टोपोलॉजिकल हस्ताक्षरों (topological signatures) को प्रकट करने के लिए स्तन कैंसर डेटा पर चार ग्राफ न्यूरल नेटवर्क स्पष्टीकरण विधियों का मूल्यांकन करता है और एक सर्वसम्मत ढांचे का प्रस्ताव करता है जो इन पूरक दृष्टिकोणों को एकीकृत करता है ताकि कैनोनिकल कैंसर जीन के प्राथमिकता निर्धारण और जैविक रूप से सुसंगत सिग्नलिंग पथों की रिकवरी में महत्वपूर्ण सुधार किया जा सके।

Kyle Higgins, Ivan Laponogov, Dennis Veselkov, Kirill Veselkov2026-05-22

🧬 biology

A Characterization of Level-k Realizability for Clustering Systems

यह शोधपत्र यह निर्धारित करने के लिए एक हासे-आरेख (Hasse-diagram) आधारित अभिलक्षण स्थापित करता है कि क्या एक क्लस्टरिंग सिस्टम को रूटेड लेवल- $k$ नेटवर्क के हार्डवायर्ड क्लस्टरिंग सिस्टम के रूप में साकार किया जा सकता है, और यह सिद्ध करता है कि ऐसा निरूपण तभी अस्तित्व में होता है जब सिस्टम के हासे आरेख के प्रत्येक गैर-तुच्छ ब्लॉक से प्राप्त एक विशिष्ट पैरामीटर $\mu(B)$ , $k$ से अधिक न हो।

Shilong Dai, Yangjing Long2026-05-22

🧬 biology

HiRes: Inspectable Precedent Memory for Reaction Condition Recommendation

HiRes एक रिट्रीवल-ऑगमेंटेड रिएक्शन कंडीशन रिकमेंडेशन सिस्टम है जो पदानुक्रमित ग्राफ प्रतिनिधित्व (hierarchical graph representations) को k-NN प्रिसिडेंट रिट्रीवल के साथ जोड़ता है ताकि अत्याधुनिक भविष्यवाणी सटीकता प्राप्त की जा सके और साथ ही रसायनविदों को व्यावहारिक संश्लेषण नियोजन के लिए निरीक्षण योग्य, न्यायसंगत प्रिसिडेंट प्रदान किए जा सकें।

Shreyas Vinaya Sathyanarayana, Raja Sekhar Pappala, Deepak Warrier2026-05-21

🧬 biology

Informational blueprints reveal condition-dependent gene regulatory architectures

यह शोध पत्र गैर-कोडिंग जीनोमिक क्षेत्रों में स्थिति-निर्भर ट्रांसक्रिप्शन फैक्टर बाइंडिंग साइट्स की पहचान करने के लिए रिनॉर्मलाइजेशन-ग्रुप तकनीकों से प्रेरित एक "इन्फॉर्मेशन ब्लूप्रिंट" एल्गोरिदम प्रस्तुत करता है, जो वैश्विक अनुक्रम जानकारी को सामूहिक निर्देशांकों (collective coordinates) में संकुचित करने की एक विधि है, जिसे *E. coli* डेटा पर विभिन्न विकास स्थितियों में नवीन नियामक तत्वों को प्रकट करने के लिए मान्य किया गया है।

Doruk Efe Gökmen, Rosalind Wenshan Pan, Tom Röschinger, Stephen Quake, Hernan Garcia, Rob Phillips, Vincenzo Vitelli2026-05-20

🧬 biology

Elemental Stoichiometry as an Ecological Biosignature with Applications to Life Detection

यह शोध पत्र एक नवीन जीवन पहचान ढांचे का प्रस्ताव करता है जो पारिस्थितिक तंत्र में लघु अणुओं के सांख्यिकीय तात्विक संरचना और स्केलिंग नियमों का विश्लेषण करके जैविक और अजैविक रासायनिक हस्ताक्षरों के बीच अंतर करता है, जो ग्रहीय विज्ञान मास स्पेक्ट्रोमेट्री डेटा में बायोसिग्नेचर की पहचान करने की इसकी क्षमता को प्रदर्शित करता है।

Pilar C. Vergeli, Cole Mathis, John F. Malloy, L. Felipe Benites, Christopher P. Kempes, Elizabeth Trembath-Reichert, Hi (…)2026-05-20

🧬 biology

Efficient stochastic simulation of gene regulatory networks using hybrid models of transcriptional bursting

यह शोध पत्र पीसवाइज-डिटरमिनिस्टिक मार्कोव प्रक्रियाओं के लिए एक गणनात्मक रूप से कुशल, SSA-समान सिमुलेशन एल्गोरिदम प्रस्तुत करता है जो जीन नियामक नेटवर्क में ट्रांसक्रिप्शनल बर्स्टिंग को सटीक रूप से मॉडल करता है, और एक टॉगल स्विच उदाहरण के माध्यम से यह प्रदर्शित करता है कि द्वि-आयामी (बाइमोडल) वितरण केवल बर्स्टिंग के बजाय जीन इंटरैक्शन द्वारा संचालित विशिष्ट बर्स्ट आवृत्तियों से उत्पन्न होते हैं।

Mathilde Gaillard, Ulysse Herbach2026-05-19

🧬 biology

Control Laws in Aging and Longevity

यह शोध पत्र एक नियंत्रण-सिद्धांत आधारित ढांचे (control-theoretic framework) का प्रस्ताव करता है जो बुढ़ापे को सुरक्षित नियंत्रणीयता (safe controllability) की हानि के रूप में पुनर्परिभाषित करता है और जैविक कार्य को पुन: स्थापित करने के लिए हस्तक्षेपों की खुराक, समय और अनुक्रम को अनुकूलित करने हेतु मात्रात्मक नियम प्रस्तुत करता है, यह तर्क देते हुए कि यह "नियंत्रण-मूल्य में कमी" (control-value reduction) मौजूदा स्थिर बायोमार्कर या हॉलमार्क-आधारित दृष्टिकोणों की तुलना में अनुवादकीय सफलता (translational success) का एक बेहतर भविष्यवक्ता है।

Alex Zhavoronkov2026-05-19

🤖 machine learning

Reading the Cell, Designing the Cure: Perturbation-Conditioned Molecular Diffusion for Function-Oriented Drug Design

यह शोध पत्र \themodel{} को प्रस्तुत करता है, जो एक नवीन मल्टी-रेज़ोल्यूशन ट्रांसक्रिप्टोम-गाइडेड डिफ्यूजन फ्रेमवर्क है जो वांछित सेलुलर स्टेट ट्रांज़िशन पर आधारित अणु उत्पन्न करने के लिए बायोलॉजी-केमिस्ट्री डोमेन गैप को पाटकर ट्रांसक्रिप्टोम-आधारित ड्रग डिज़ाइन की इल-पोज़्ड प्रकृति का समाधान करता है।

Ziyu Xu, Zijian Zhang, Liang Wang, Zhiyuan Liu, Qiang Liu, Shu Wu, Liang Wang2026-05-18

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