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71 पेपर

🧬 biology

Identifiability of SDEs for reaction networks

यह शोध पत्र जैव-रासायनिक अभिक्रिया नेटवर्क से व्युत्पन्न स्टोकेस्टिक डिफरेंशियल इक्वेशंस (stochastic differential equations) की पहचान क्षमता (identifiability) की जांच करता है, यह स्थापित करते हुए कि किन परिस्थितियों में प्रसार नियम (diffusion law) से अभिक्रिया दरों और नेटवर्क संरचनाओं को विशिष्ट रूप से निर्धारित किया जा सकता है और यह प्रदर्शित करते हुए कि भिन्न नेटवर्क या गैर-पहचान योग्य दरें अविभेद्य स्टोकेस्टिक व्यवहार उत्पन्न कर सकती हैं।

Louis Faul, Linard Hoessly, Panqiu Xia2026-04-01
🧬 biology

Control of genes by self-organizing multicellular interaction networks

यह शोधपत्र जैविक रूप से सामान्य प्रथम सिद्धांतों और गतिशील ग्राफ़ पर आधारित बहुकोशिकीय स्व-संगठन के लिए एक नया सैद्धांतिक ढांचा विकसित करता है, जिसका लक्ष्य जटिल कोशिकीय नेटवर्क के भीतर जीन विनियमन को समझने और नियंत्रित करने की वर्तमान सीमाओं को दूर करना है।

Kyle R. Allison2026-03-30
🧬 biology

BSTModelKit.jl: A Julia Package for Constructing, Solving, and Analyzing Biochemical Systems Theory Models

यह शोध पत्र BSTModelKit.jl प्रस्तुत करता है, जो एक ओपन-सोर्स जूलिया (Julia) पैकेज है जो S-सिस्टम निरूपणों का उपयोग करके बायोकेमिकल सिस्टम थ्योरी (BST) मॉडल के निर्माण, सिमुलेशन और वैश्विक संवेदनशीलता विश्लेषण (global sensitivity analysis) करने के लिए एक व्यापक टूलकिट प्रदान करने हेतु SciML इकोसिस्टम का लाभ उठाता है।

Sandra Vadhin, Jeffrey D. Varner2026-03-20
🧬 biology

drGT: Attention-Guided Gene Assessment of Drug Response Utilizing a Drug-Cell-Gene Heterogeneous Network

drGT एक अटेंशन-गाइडेड ग्राफ डीप लर्निंग मॉडल है जो प्रमुख बेंचमार्क डेटासेट्स पर उच्च सटीकता के साथ ड्रग रिस्पॉन्स का पूर्वानुमान लगाता है और बायोमार्कर की पहचान करता है, साथ ही ज्ञात ड्रग-टारगेट इंटरैक्शन को मान्य करने और साहित्य-समर्थित नवीन ड्रग-जीन एसोसिएशंस को उजागर करने के लिए अटेंशन कोएफिशिएंट्स का लाभ उठाकर व्याख्यात्मकता (interpretability) को बढ़ाता है।

Yoshitaka Inoue, Hunmin Lee, Tianfan Fu, Rui Kuang, Augustin Luna2026-03-13
🌀 nonlinear sciences

Understanding the temperature response of biological systems: Part II -- Network-level mechanisms and emergent dynamics

यह शोध पत्र यह समझाने के लिए नियत (deterministic) और स्टोकेस्टिक (stochastic) नेटवर्क-स्तरीय मॉडलों की समीक्षा करता है कि कैसे व्यक्तिगत जैव-रासायनिक अभिक्रियाओं में अरहेनियस-समान (Arrhenius-like) तापमान निर्भरताएँ जटिल उभरते हुए प्रणालीगत व्यवहारों, जैसे कि गैर-अरहेनियस स्केलिंग और तापीय सीमाओं में परिवर्तित होती हैं, जिससे जैविक प्रणालियों के आणविक संगठन के साथ अनुभवजन्य तापमान प्रतिक्रिया वक्रों का सामंजस्य स्थापित होता है।

Simen Jacobs, Julian B. Voits, Nikita Frolov, Ulrich S. Schwarz, Lendert Gelens2026-03-11
🧬 biology

Automated Classification of Homeostasis Structure in Input-Output Networks

यह शोध पत्र एक स्केलेबल पायथन-आधारित एल्गोरिदम प्रस्तुत करता है जो बहु-इनपुट को संभालने के लिए सैद्धांतिक ढांचों का विस्तार करके और कनेक्टिविटी संरचनाओं से होमियोस्टैटिक उप-नेटवर्कों को सीधे सूचीबद्ध करके जटिल जैविक इनपुट-आउटपुट नेटवर्क में होमियोस्टैटिक तंत्रों की पहचान और वर्गीकरण को स्वचालित करता है, जिससे पिछले ग्राफ-सैद्धांतिक दृष्टिकोणों की संयोजी और सुलभता संबंधी सीमाओं को दूर किया जा सके।

Xinni Lin, Fernando Antoneli, Yangyang Wang2026-03-11
🧬 biology

HIDDENdb: Co-dependency database reveals a plethora of genetic and protein interactions

यह शोधपत्र HIDDENdb को प्रस्तुत करता है, जो एक स्वतंत्र रूप से सुलभ वेब-आधारित डेटाबेस है जो बड़े पैमाने पर पर्टर्बेशन स्क्रीन्स, मल्टी-ओमिक्स डेटा और क्यूरेटेड रिपॉजिटरीज़ को एकीकृत करता है ताकि आनुवंशिक और प्रोटीन सह-निर्भरता संबंधों को मैप और विज़ुअलाइज़ किया जा सके, जिससे विविध जैविक संदर्भों में कार्यात्मक मॉड्यूल और संभावित संरचनात्मक अंतःक्रियाओं का अनावरण होता है।

Iresha De Silva, Shantha Pathma Bandu, Rune T. Kidmose, Genona T. Maseras, Thomas Bataillon, Xavier Bofill-De Ros2026-03-10
🔬 physics

The Dynamics of Inducible Genetic Circuits

यह शोध पत्र पारंपरिक हिल फंक्शन-आधारित दृष्टिकोणों की तुलना में अधिक शारीरिक रूप से प्रासंगिक परिप्रेक्ष्य प्रदान करने के लिए, मैन्युअल रूप से ट्यून किए गए मापदंडों के बजाय एंडोजेनस इफ़ेक्टर सांद्रता (endogenous effector concentrations) के माध्यम से नियामक मोटिफ्स (regulatory motifs) की स्थिरता को जांचने हेतु सांख्यिकीय यांत्रिक मॉडलों का उपयोग करके जेनेटिक सर्किट के पारंपरिक डायनेमिकल सिस्टम विश्लेषणों से अलग हटकर चलता है।

Zitao Yang, Rebecca J. Rousseau, Sara D. Mahdavi, Hernan G. Garcia, Rob Phillips2026-03-05
🧬 biology

Dynamics of attractor transitions in Boolean networks under noise

यह शोध पत्र इस बात की जांच करता है कि शोर (noise) बोलीय नेटवर्क (Boolean networks) में अट्रैक्टर ट्रांजिशन (attractor transitions) को कैसे प्रभावित करता है, यह प्रकट करते हुए कि जहाँ वैश्विक शोर (global noise) बेसिन के आकार के आधार पर व्यवहार को संचालित करता है, वहीं स्थानीय शोर (local noise) संरचित पैटर्न उत्पन्न करता है जिसमें उन्नत स्थिरता, गैर-तुच्छ प्रभुत्व (non-trivial dominance), और अट्रैक्टर स्पेस का व्यापक अन्वेषण शामिल है।

Byungjoon Min, Jeehye Choi, Reinhard Laubenbacher2026-03-05
🤖 machine learning

Quantifying Ranking Instability Across Evaluation Protocol Axes in Gene Regulatory Network Benchmarking

यह शोध पत्र एक नैदानिक ढांचे (diagnostic framework) को प्रस्तुत करता है जो यह प्रदर्शित करता है कि जीन नियामक नेटवर्क अनुमान विधियों की रैंकिंग मूल्यांकन प्रोटोकॉल अक्षों (evaluation protocol axes) के विरुद्ध महत्वपूर्ण अस्थिरता प्रदर्शित करती है, जो मुख्य रूप से बेस रेट प्रभावों के बजाय सापेक्ष भेदभाव क्षमता में बदलाव से प्रेरित है, जिससे वर्तमान बेंचमार्किंग प्रथाओं में रैंकिंग अपरिवर्तनीयता की धारणा को चुनौती मिलती है।

Ihor Kendiukhov2026-03-05