🧬 biology

Geometric Representations of Knowledge Inside Biological Large Language Models: an Empirical Analysis

यह अनुभवजन्य अध्ययन प्रकट करता है कि जबकि जैविक लार्ज लैंग्वेज मॉडल्स (SCFMs) जैविक ज्ञान के लिए एक वास्तविक, निम्न-आयामी और आंशिक रूप से रैखिकीकृत ज्यामितीय संरचना को एनकोड करते हैं, यह संरचना मामूली है, अक्सर गैर-रैखिक रूप से उलझी हुई है, और काफी हद तक उस चीज़ के साथ ओवरलैप करती है जिसे शास्त्रीय अभिव्यक्ति-आधारित विधियाँ जैसे कि PCA पहले से ही पुनः प्राप्त कर सकती हैं, जो प्राकृतिक भाषा मॉडल्स में देखी गई स्पष्ट, नियमित ज्यामिति से कम है।

Olivia Denvis2026-07-22
🧬 biology

An Empirical Comparison of Virtual Cell Models: Perturbation Prediction, Representation, and the Baseline Gap

यह शोध पत्र ग्यारह वर्चुअल सेल मॉडलों के एक एकीकृत बेंचमार्क को प्रस्तुत करता है, जो यह प्रकट करता है कि जहाँ डीप लर्निंग दृष्टिकोण प्रतिनिधित्व कार्यों और संयोजी व्यवधान (combinatorial perturbation) भविष्यवाणी में बेसलाइन की तुलना में काफी बेहतर प्रदर्शन करते हैं, वहीं वे आम तौर पर अनदेखे एकल-जीन व्यवधानों की भविष्यवाणी करने में सरल रैखिक मॉडलों से आगे निकलने में विफल रहते हैं, जो यह सुझाव देता है कि क्षेत्र ने सेल स्टेट विश्लेषण के लिए एक वास्तविक "वर्चुअल सिम्युलेटर" के बजाय एक "वर्चुअल माइक्रोस्कोप" प्राप्त कर लिया है।

Olivia Denvis2026-07-22
🧬 biology

Findings from Sparse Autoencoders for DNA Sequence Models: Motif Detectors, Reading-Frame Features, and the Scarcity of Regulatory Logic

यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि जबकि स्पार्स ऑटोएनकोडर्स (sparse autoencoders) डीएनए फाउंडेशन मॉडल्स से सीक्वेंस मोटिफ्स (sequence motifs) और रीडिंग फ्रेम्स (reading frames) जैसे मोनोसेमेंटिक (monosemantic), जैविक रूप से व्याख्या योग्य फीचर्स को प्रभावी ढंग से निकालते हैं, वे जटिल नियामक तर्क (complex regulatory logic) को कूटबद्ध करने वाले फीचर्स की एक महत्वपूर्ण कमी को भी प्रकट करते हैं, जो यह सुझाव देता है कि वर्तमान मॉडल्स एक जीनोमिक शब्दकोश (genomic dictionary) को कैप्चर करते हैं न कि एक व्याकरण इंजन (grammar engine) को।

Olivia Denvis2026-07-22
🧬 biology

Information Entropy of Biological Data: An Empirical Analysis

यह शोध पत्र छह जैविक डेटा मोडैलिटीज़ (modalities) के माध्यम से एक एकीकृत अनुभवजन्य विश्लेषण प्रस्तुत करता है जो यह प्रदर्शित करता है कि परिमित-नमूना पूर्वाग्रह (finite-sample bias) सूचना-सैद्धांतिक अनुमानों को गंभीर रूप से विकृत कर देता है, और यह तर्क देता है कि एन्ट्रॉपी (entropy) और पारस्परिक सूचना (mutual information) को एस्टिमेटर (estimator) और नमूना आकार निर्दिष्ट किए बिना रिपोर्ट करना अक्षम्य है, क्योंकि पूर्वाग्रह-सुधारित विधियाँ विशिष्ट जैविक संकेतों को प्रकट करती हैं और एन्ट्रॉपी के व्यवस्थित कम आकलन तथा सूचना सामग्री के अधिक आकलन को ठीक करती हैं।

Alexander Memming2026-07-22
🧬 biology

Pre-Transformer Models for Longevity Science and Deep Ageing Clocks: An Empirical Analysis

यह अनुभवजन्य अध्ययन प्रदर्शित करता है कि विविध आयु समूहों में जैविक-आयु भविष्यवाणी के लिए, प्री-ट्रांसफॉर्मर मॉडल (जैसे कि पेनलाइज्ड रिग्रेशन और ग्रेडिएंट बूस्टिंग) सटीकता, डेटा दक्षता, क्रॉस-कोहॉर्ट ट्रांसफर और मृत्यु दर जोखिम स्तरीकरण में अटेंशन-आधारित ट्रांसफॉर्मर से बेहतर प्रदर्शन करते हैं या उनके बराबर होते हैं, जो उन्हें दीर्घायु विज्ञान के लिए एक तर्कसंगत डिफ़ॉल्ट के रूप में स्थापित करते हैं जबकि ट्रांसफॉर्मर को केवल असाधारण रूप से बड़े डेटासेट के साथ व्यवहार्य एक विशिष्ट उपकरण के रूप में स्थितिगत करते हैं।

John Feng2026-07-22
🧬 biology

Deep Learning for Longevity Biomarker Development: An Empirical Analysis of Model Capacity versus Prediction Target for Blood-Based Aging Clocks

यह अनुभवजन्य अध्ययन यह प्रदर्शित करता है कि रक्त-आधारित आयु घड़ियों (ब्लड-बेस्ड एजिंग क्लॉक्स) के लिए, भविष्यवाणी लक्ष्य का चयन (मृत्यु-व्युत्पन्न फेनोटाइपिक आयु बनाम कालानुक्रमिक आयु) बायोमार्कर वैधता और मृत्यु दर संबंध को अत्यधिक रूप से निर्धारित करता है, जिससे इन महत्वपूर्ण परिणामों में सुधार के लिए डीप लर्निंग मॉडल की क्षमता में वृद्धि करना काफी हद तक अप्रभावी हो जाता है।

John Feng2026-07-22
🧬 biology

Alzheimer's Disease as the Result of Aberrant Reactivation of Embryonic Brain Pathways Silenced Decades Earlier

यह अध्ययन प्रस्तावित करता है कि अल्जाइमर रोग वृद्ध न्यूरॉन्स और ग्लिया में शांत भ्रूणीय एक्टिन-मायोसिन दोलन पथों के असामान्य एपिजेनेटिक पुनर्सक्रियन का परिणाम है, जो यांत्रिक अस्थिरता पैदा करता है जो सरल निष्क्रिय प्रोटोटॉक्सिसिटी के बजाय एक्सोनल "डाइंग-बैक" और सिनैप्टिक रिट्रैक्शन को प्रेरित करता है।

Steven Lehrer2026-07-22
🧬 biology

WITHDRAWN: MicroRNA-sequencing Analysis of Plasma-derived Exosomes Provides Novel Insights into the Disease Mechanism of Childhood Atopic Dermatitis

इस शोधपत्र को इसके लेखकों द्वारा एक संस्थागत प्रीप्रिंट नीति का अनुपालन करने के लिए वापस ले लिया गया है, और वे स्पष्ट रूप से अनुरोध करते हैं कि इस कार्य को उद्धृत न किया जाए।

Teng Zhu, Jing Sun, Jing Tian, Yuan Liang, Lin Ma2026-07-22
🧬 biology

EMT activates ER-to-Golgi trafficking through upregulation of REEP2 to promote lung cancer progression

यह अध्ययन REEP2 को EMT-जनित फेफड़ों के कैंसर की प्रगति के एक महत्वपूर्ण मध्यस्थ के रूप में पहचानता है, जो यह प्रदर्शित करता है कि ZEB1/miR-183/193a अक्ष REEP2 को अपरेगुलेट करके ER-से-गोल्जी ट्रैफ़िकिंग और प्रो-ट्यूमरजेनिक कारकों के स्राव को बढ़ाता है, जिससे ट्यूमर मेटास्टेसिस और इम्यूनोसप्रेशन को बढ़ावा मिलता है।

Guan-Yu Xiao, Kevin Fulp, Oluwafunminiyi Obaleye, Shike Wang, Xin Liu, Jiang Yu, Jonathan M. Kurie, Jun Xu, William Russ (…)2026-07-22
🧬 biology

Machine learning–derived exosome-related biomarkers for prostate cancer diagnosis and AKR1B1-centered functional characterization

यह अध्ययन मशीन लर्निंग का उपयोग करके प्रोस्टेट कैंसर के लिए एक सुदृढ़ आठ-जीन एक्सोसोम-संबंधित नैदानिक हस्ताक्षर की पहचान करता है, जिसमें विशेष रूप से ट्यूमर प्रतिरक्षा, चयापचय और संभावित दवा लक्ष्यीकरण से जुड़े एक आशाजनक बायोमार्कर के रूप में AKR1B1 के लक्षण वर्णन पर ध्यान केंद्रित किया गया है।

Junming Fu, Jian Chen, Chenjing Liu, Wenjun Ren, Chenguang Wu2026-07-22