💻 Category

bioinformatics

879 articoli

La bioinformatica è l'incontro vitale tra biologia e informatica, un campo che trasforma i dati biologici complessi in conoscenza comprensibile. Qui esploriamo come algoritmi e software aiutino gli scienziati a decifrare il codice della vita, dall'analisi del DNA alla scoperta di nuovi farmaci, rendendo accessibili scoperte che altrimenti rimarrebbero confinate in database tecnici.

Su Gist.Science, monitoriamo ogni nuovo preprint inviato da bioRxiv in questa categoria. Per ogni articolo, offriamo una doppia prospettiva: una spiegazione semplice per chiunque sia curioso e un riassunto tecnico dettagliato per i ricercatori. Questo approccio garantisce che le ultime novità scientifiche siano chiare, accurate e immediatamente disponibili.

Di seguito trovate i documenti più recenti pubblicati da bioRxiv nel settore della bioinformatica, pronti per essere esplorati nelle vostre forme più accessibili.

💻 bioinformatics

FUSED: A Functional Representation for Joint Structural and Elemental Analysis of Protein Ligand Binding Sites

Il documento introduce FUSED, una nuova rappresentazione funzionale multivariata che modella congiuntamente le informazioni strutturali e composizionali elementari dei siti di legame proteina-ligando come funzioni continue della distanza, dimostrando che questo approccio produce prestazioni predittive compatte, interpretabili e competitive per la discriminazione dei ligandi e la classificazione dei siti di legame rispetto ai metodi esistenti.

Priyankara, T. M. S., Ellingson, L.2026-07-16
💻 bioinformatics

Integrative computational toxicology reveals PFOS and PFHxS associated inflammatory keratinocyte niches in psoriasis through exposure transcriptomics, single-cell spatial mapping and token-aware virtual perturbation

Questo studio impiega un framework di tossicologia computazionale integrativa per dimostrare che l'esposizione a PFOS e PFHxS guida programmi infiammatori dei cheratinociti che convergono con la patologia della psoriasi, identificando specifici effettori molecolari e nicchie spaziali attraverso l'integrazione multi-omica e la perturbazione virtuale.

Ma, J., Yu, Q.2026-07-15
💻 bioinformatics

Computational design of a multi-epitope vaccine against M. tuberculosis

Questo studio presenta la progettazione computazionale e la validazione di un nuovo candidato vaccino multi-epitopo che prende di mira tre proteine di virulenza di *Mycobacterium tuberculosis* precedentemente inesplorate (EccB3, MycP e polichetide sintasi), dimostrando una forte stabilità strutturale, un efficace legame con i TLR e risposte immunitarie robuste attraverso una pipeline completa di vaccinologia inversa.

Buhari, A., Okutu, P., Oyeleke, U. A., Sivakumar, A., Hameed, S. A.2026-07-15
💻 bioinformatics

Taxonomic profilers and their influence on metagenomic diversity analyses

Questo studio dimostra che la scelta del profiler tassonomico, del database di riferimento e della parametrizzazione influenza significativamente le stime della diversità alfa e le conclusioni statistiche nelle analisi metagenomiche, sottolineando la critica necessità per i ricercatori di condurre analisi di sensibilità per garantire risultati scientifici robusti e affidabili.

Rondeau-Leclaire, J., Blanchet, G., Jacques, P.-E., Laforest-Lapointe, I.2026-07-14
💻 bioinformatics

Improved 3D Radial Phyllotaxis Trajectories for Uniform Density Distribution of Readout Directions and Sequential Binning

Questo articolo introduce traiettorie di fillotassi radiale 3D migliorate, specificamente UPhy e FlexiPhy, che raggiungono una densità uniforme della direzione di lettura e utilizzano un ordinamento interleave randomizzato per ridurre significativamente gli artefatti di ringing e migliorare la robustezza del binning sequenziale retrospettivo nella RM dinamica.

Leidi, M., Delitroz, J., Peper, E., Jia, Y., Barranco, J., Ledoux, J.-B., Romanin, L., Bastiaansen, J. A. M., Schneider (…)2026-07-14
💻 bioinformatics

SSUplex: fast, both-strand extraction and origin-sorting of small-subunit rRNA for environmental DNA metabarcoding

SSUplex è un rapido strumento open-source in Rust che rileva, estrae e ordina per origine le letture complete dell'rRNA della piccola subunità da entrambi i filamenti di DNA in cinque categorie (batteri, archaea, eukaryota, mitocondri e cloroplasti), offrendo un'alternativa ad alta velocità e con un uso efficiente della memoria a Metaxa2 per i flussi di lavoro del metabarcoding di DNA ambientale.

O'Brien, A., Vargas, J., Acuna, I., Restovic, F., Martinez, P., Parada, P.2026-07-13
💻 bioinformatics

TEDlm: domain-centric protein language models with optional structural pre-training

Il documento introduce TEDlm, un modello linguistico proteico centrato sui domini preaddestrato su segmenti di dominio definiti strutturalmente che supera i modelli a sequenza completa più grandi nella rilevazione dell'omologia remota e nella predizione della funzione molecolare, dimostrando che concentrarsi sui segnali intrinseci dei domini produce rappresentazioni compatte e strutturalmente informate.

Wei, T., Kandathil, S. M., Buchan, D. W. A., Jones, D. T.2026-07-13
💻 bioinformatics

amR: an R package suite to predict antimicrobial resistance in bacterial pathogens

La suite di pacchetti amR offre un framework completo e interpretabile per predire la resistenza antimicrobica nei patogeni batterici integrando l'estrazione di caratteristiche genomiche multi-scala, l'addestramento di modelli di apprendimento automatico e la visualizzazione interattiva per svelare i meccanismi di resistenza multi-farmaco e cross-specie.

Ghosh, A., Brenner, E. P., Boyer, E. A., McKim, A. P., Vang, C. K., Wolfe, E. P., Mayer, D. A., Lesiyon, R. L., Ravi, J.2026-07-13
💻 bioinformatics

Capabilities, specificity gaps and training-data dependence of AlphaFold3 across diverse application areas

Questo articolo valuta le prestazioni di AlphaFold3 in diverse applicazioni biomolecolari, riscontrando che, sebbene offra potenti capacità di modellazione all-atom, la sua accuratezza e affidabilità sono disomogenee e fortemente dipendenti dalla sovrapposizione con il set di addestramento, rendendo necessaria una cauta interpretazione rispetto al suo predecessore.

Follonier, O., Liu, Y., Campomanes, P., Lafrenaye, L., Racle, J., Alvarez, D., van Gerwen, J., Heinzmann, R., Jänes, J. (…)2026-07-13
💻 bioinformatics

Genomic Annotation Infrastructure (GAIn): Pipelines and Resource Repositories for Annotating Variants, Positions, and Regions

La Genomic Annotation Infrastructure (GAIn) è una piattaforma che consente l'annotazione trasparente, riproducibile e scalabile delle varianti genomiche attraverso pipeline dichiarative, repository di risorse pubbliche e interfacce web e a riga di comando flessibili che supportano estensioni personalizzate e la ri-annotazione automatizzata.

Cokol, M., Chorbadjiev, L., Lee, Y.-h., Jamsandekar, M., Gergova, I., Todorov, I., Iossifov, I.2026-07-12