895 articoli
La bioinformatica è l'incontro vitale tra biologia e informatica, un campo che trasforma i dati biologici complessi in conoscenza comprensibile. Qui esploriamo come algoritmi e software aiutino gli scienziati a decifrare il codice della vita, dall'analisi del DNA alla scoperta di nuovi farmaci, rendendo accessibili scoperte che altrimenti rimarrebbero confinate in database tecnici.
Su Gist.Science, monitoriamo ogni nuovo preprint inviato da bioRxiv in questa categoria. Per ogni articolo, offriamo una doppia prospettiva: una spiegazione semplice per chiunque sia curioso e un riassunto tecnico dettagliato per i ricercatori. Questo approccio garantisce che le ultime novità scientifiche siano chiare, accurate e immediatamente disponibili.
Di seguito trovate i documenti più recenti pubblicati da bioRxiv nel settore della bioinformatica, pronti per essere esplorati nelle vostre forme più accessibili.
Il paper introduce il *Neighborhood Product Co-localization* (NPC), un nuovo metodo efficiente e interpretabile per quantificare la co-localizzazione multivariata di diversi tipi cellulari nello spazio dei dati di trascrittomica spaziale.
Questo articolo presenta un workflow integrato in-silico che utilizza l'apprendimento automatico e risorse di dati chimici per enumerare e dare priorità a migliaia di potenziali prodotti di trasformazione degli insetticidi, espandendo così lo spazio chimico noto dell'esposoma.
Questo articolo presenta un libro online ad accesso libero e costantemente aggiornato che fornisce esempi di codice riproducibili, dataset e workflow per l'analisi dei dati di trascrittomica spaziale utilizzando Bioconductor in R, supportando al contempo l'interoperabilità con Python.
Questo studio dimostra che il fluido lacrimale raccolto dopo un esercizio aerobico di intensità moderata, ma non prima, sopprime significativamente la progressione della miopia in un modello di porcellino d'India, rivelando un nuovo meccanismo terapeutico mediato dall'esercizio per il trattamento della miopia.
Il documento introduce DEPower, uno strumento basato sul web e fondato sul framework del modello DESeq2, che consente ai ricercatori di eseguire un'analisi della potenza rigorosa e analitica per determinare le dimensioni campionarie ottimali sia in esperimenti di RNA-seq bulk che single-cell.
Questo articolo propone un framework linguistico statistico per l'analisi dei proteomi quantificando i descrittori informativi intrinseci e la comprimibilità attraverso diversi organismi, rivelando che le sequenze proteiche reali esibiscono dipendenze posizionali complesse e ridondanze che superano significativamente quelle previste da semplici modelli composizionali o di Markov del primo ordine.
Questo articolo introduce -PRO, un framework scalabile e rigoroso per la progettazione di primer multiplex aware delle varianti che combina un algoritmo quasi lineare per l'ottimizzazione robusta della regione di progettazione dei primer con un'euristica efficiente per la selezione dei subset termodinamici, superando gli strumenti esistenti nella creazione di pannelli PCR compatti e stabili per diversi dataset di patogeni.
Questo studio introduce StackCBEmbed, un nuovo modello di apprendimento automatico ensemble che combina le caratteristiche di sequenza tradizionali con gli embedding di modelli linguistici proteici pre-addestrati per prevedere accuratamente i siti di legame proteina-carboidrato a livello di residuo direttamente dalle sequenze primarie.
Il documento presenta spammR, un pacchetto R progettato per facilitare l'analisi e l'integrazione end-to-end di diversi set di dati multi-omici spaziali, con un focus specifico su misurazioni derivate dalla spettrometria di massa all'interno di un singolo campione di tessuto.
Questo studio dimostra che l'approccio di riposizionamento di farmaci multi-target della piattaforma CANDO identifica e valida con successo nuovi candidati terapeutici per la schizofrenia analizzando le firme di interazione composto-proteoma, rivelando sia meccanismi consolidati che potenziali nuovi meccanismi che coinvolgono i sistemi dei neurotrasmettitori e le vie di segnalazione del calcio.