412 articoli
La biofisica è il ponte affascinante che unisce i principi della fisica alla complessità della vita, esplorando come le forze e le energie modellino le cellule, le proteine e i sistemi biologici. Invece di affidarsi solo alla descrizione chimica, questo campo indaga i meccanismi meccanici ed elettrici che governano ogni processo vitale, rendendo tangibile ciò che altrimenti rimarrebbe invisibile.
Su Gist.Science, monitoriamo costantemente bioRxiv per portare queste scoperte emergenti direttamente a voi. Processiamo ogni nuovo preprint pubblicato in questa categoria, trasformando i dati grezzi in sintesi tecniche approfondite e spiegazioni in linguaggio semplice, garantendo che la ricerca all'avanguardia sia comprensibile a tutti. Di seguito trovate le ultime ricerche pubblicate in biofisica, pronte per essere esaminate.
Questo studio caratterizza funzionalmente una subunità KCNE a divergenza precoce di recente identificata, kcne0, nella lampreda priva di mascelle, dimostrando la sua capacità di attivare costitutivamente i canali KCNQ1 della lampreda e rivelando la compatibilità specifica per specie e i determinanti strutturali della modulazione dei canali attraverso i vertebrati.
Questo studio identifica MTCL1 come un fattore di licenza che accoppia la stabilizzazione dei microtubuli con l'acetilazione della tubulina attraverso il mimetismo molecolare durante l'assemblaggio, un meccanismo essenziale per la corretta funzione neuronale come dimostrato dai difetti motori e dall'aumentata suscettibilità alle convulsioni negli zebrafish carenti di MTCL1.
Questo articolo introduce ACCEST, un metodo NMR accelerato che utilizza la spettroscopia ad accordeon per acquisire profili completi di Chemical Exchange Saturation Transfer (CEST) da un singolo esperimento bidimensionale, offrendo così un risparmio di tempo sostanziale e consentendo lo studio di sistemi fuori equilibrio rispetto ai convenzionali approcci multi-spettro.
Questo articolo presenta un nuovo array di Risonanza Plasmonica di Superficie (SPR) ad alto rendimento in grado di profilare quantitativamente le interazioni tra 16 diverse preparazioni di glicosaminoglicani e proteine, convalidando con successo le specificità di legame note e scoprendo interazioni precedentemente non segnalate, come il legame di Slit2 con i condroitin e i dermatan solfati.
Questo articolo dimostra che gli strumenti di deep learning, guidati da un modello di base RNet addestrato su dati di mappatura chimica, possono progettare con successo de novo pseudonodi di RNA con strutture secondarie accurate e ripiegamenti 3D ben ordinati, eguagliando le prestazioni umane in una competizione Eterna senza richiedere soluzioni pregresse al problema generale della predizione della struttura 3D dell'RNA.
Questo articolo presenta un protocollo pratico per l'utilizzo dello strumento di deep learning auto-supervisionato e open-source spIsoNet per mitigare gli artefatti da orientamento preferenziale nelle ricostruzioni cryoEM attraverso due workflow complementari: correzione dell'anisotropia della mappa e correzione del disallineamento delle particelle.
Il documento introduce cryoGO, un metodo meccanico semplice e scalabile per l'apertura delle cellule direttamente su griglie EM, che consente il profilo strutturale ad alta risoluzione e risoluzione temporale di diversi macromolecole endogene nel loro ambiente cellulare nativo utilizzando quantità minime di campione.
Sfruttando la coevoluzione e l'apprendimento automatico per derivare una variabile collettiva indipendente dalla sequenza, questo studio stabilisce un meccanismo unificato ed evolutivamente conservato per l'attivazione dei GPCR di classe A che consente la previsione delle transizioni conformazionali e degli effetti dei ligandi attraverso diversi membri della famiglia, inclusi i recettori orfani.
Questo studio dimostra che i termini di energia decomposti nei calcoli dell'energia libera di legame MM-GBSA sono altamente collineari piuttosto che indipendenti, rivelando che le assunzioni tradizionali di separabilità sono invalide e sollecitando la combinazione di termini correlati in contributi efficaci polari, non polari ed entropici per una modellazione predittiva più robusta.
Questo studio presenta le strutture crioelettroniche dei recettori del kainato eteromerici GluK2/GluK5 negli stati apo, legati all'agonista e legati all'antagonista, rivelando che gli eterotetrameri esibiscono una dinamica conformazionale ridotta rispetto agli omoneri e dimostrando che il bersagliamento della subunità GluK5 con UBP310 è più efficace del bersagliamento di GluK2 nel bloccare il recettore in una conformazione con poro occluso.