🧬 biology

Synthetic Phenotype Assisted Linear Mixed Models Improve Proteome-Wide Genetic Discovery in Incomplete Biobank Data

Il documento introduce Syn-PALM, un framework di modello lineare misto robusto e scalabile che sfrutta dati proteomici sintetici predetti tramite machine learning per aumentare significativamente la potenza statistica e la scoperta genetica negli studi di associazione genome-wide, nonostante la sostanziale mancanza di dati nei dataset dei biobank.

Xihong Lin, Haoyu Yang, Ruoyu Wang, Shuang Song2026-07-30
🧬 biology

Interaction-Token Structural Alignment (ITSA): An Interpretable Framework for Protein Similarity Based on Residue-Level Chemical Interactions

Il documento introduce l'Interaction-Token Structural Alignment (ITSA), un framework interpretabile che converte le strutture proteiche in token di interazione biochimica a livello di residuo per l'allineamento locale, dimostrando la sua efficacia nel catturare la somiglianza a livello di famiglia e nel preservare il contesto meccanicistico laddove i metodi tradizionali focalizzati sulla geometria risultano insufficienti.

Samanyu Kulkarni, Ranjita Thapa2026-07-30
🧬 biology

Transforming MRI volumes with Space-Filling Curves reveals Multifractal Signatures of Ageing and Dementia Progression

Questo studio introduce l'Analisi della Curva di Riempimento dello Spazio Multifrattale (MFSCA) per dimostrare che l'organizzazione spaziale delle strutture cerebrali, misurata tramite la multifrattalità nei dati MRI, si deteriora progressivamente da uno stato complesso ed eterogeneo verso uno più semplice ed omogeneo con l'avanzare dell'età e la progressione della demenza.

Marta Lotka, Jacek Grela, Zbigniew Drogosz, Jeremi K Ochab, Paweł Oświęcimka2026-07-30
🧬 biology

Exploring ubiquitination-related biomarkers in osteoarthritis based on single-cell and transcriptomic data

Questo studio integra dati trascrittomici single-cell e bulk per identificare cinque biomarcatori legati all'ubiquitinazione (MYC, TLR7, CX3CR1, PER1 e GADD45B) coinvolti nella patogenesi dell'osteoartrite, rivelando il loro arricchimento nella via del TNF-alfa/NF-kappaB, l'associazione con specifiche popolazioni di cellule immunitarie e l'espressione elevata nei fibroblasti sinoviali, offrendo così nuovi bersagli terapeutici per la malattia.

Tian Lan, Huan Dai, DeGuang Li, ChongYu Zhao, XiaoYu Mu, Li Li, Chao Wang2026-07-30
🧬 biology

Transformed Callus of Panax vietnamensis: Promising In Vitro Platform for Majonoside R2 Production alongside Hairy Roots

Questo studio dimostra che il callo trasformato di *Panax vietnamensis* indotto da *Agrobacterium rhizogenes* funge da alternativa stabile, priva di ormoni e altamente produttiva alle radici pilifere per la produzione in vitro sostenibile della rara saponina majonoside R2, in particolare quando potenziata dall'elicitazione con MeJA.

HUYEN TRAN, THI QUY TRAN, HongIk Yoon, Hei Chan Lee2026-07-30
🧬 biology

Polarity-Registered Nuclear Mapping Reveals Discrete Topological Classes of Chromosome Organization

Questo studio introduce un sistema di coordinate nucleari registrato sulla polarità che normalizza la geometria nucleare per rivelare classi topologiche discrete e riproducibili dell'organizzazione cromosomica nelle cellule staminali mesenchimali umane, dimostrando che i vincoli meccanici e di polarità guidano comportamenti spaziali asimmetrici e specifici per l'omologo.

Paolo Netti, Luca Messina, Carlo Natale2026-07-30
🧬 biology

BMP9 Promotes Hepatocellular Carcinoma Progression By Accelerating Cell Cycle through CKS1B Lactylation

Questo studio rivela che l'elevata espressione di BMP9 guida la progressione del carcinoma epatocellulare promuovendo la lattilazione di CKS1B, la quale potenzia l'interazione di CKS1B con CDK1–3 e facilita la degradazione di p27 per accelerare la progressione del ciclo cellulare.

Hong Tang, Han Chen, Jianhao li, Ying-Yi Li, Mingming Zhang, Jiayi Wang, Xia Zhu, Weixiu Li, Junpeng Zhou, Xiangnan Teng (…)2026-07-30
🧬 biology

FuncDECODE Resolves Cell-Type-Specific Functional Heterogeneity across Biological States and Spatial Contexts

FuncDECODE è un framework computazionale che sfrutta riferimenti a singola cellula per deconvolvere dati di bulk e di trascrittomica spaziale misti, consentendo così l'identificazione del rimodellamento dei programmi funzionali specifici per tipo cellulare attraverso diversi stati biologici, contesti patologici e architetture tissutali spaziali.

Yadong Wang, Renjie Liu, Tianyi Zhao2026-07-30
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Malaria parasites coordinate host cell remodeling through the AP2-HCR DNA-binding protein

Questo studio identifica PfAP2-HCR come un fattore di trascrizione ApiAP2 essenziale in *Plasmodium falciparum* che orchestra il rimodellamento della cellula ospite regolando direttamente l'espressione di proteine esportate chiave, garantendo così la sopravvivenza, lo sviluppo e la trasmissione del parassita attraverso sia le fasi ematiche asessuate che quelle sessuate.

Arnab Pain, Amit Subudhi, Dhiviya Vedagiri, Sara Mfarrej, Reem Abu-Shamma, Rohit Satyam, Rahul Salunke, Di Liu, Maya Aya (…)2026-07-30