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🧬 biology

Hierarchically supervised computational pathology stratifies HER2 categories and ERBB2 amplification risk from routine H&E slides in breast cancer

Il documento introduce CHERISH, un framework di patologia computazionale a supervisione gerarchica che sfrutta vetrini H&E di routine per stratificare accuratamente le categorie HER2 e predire il rischio di amplificazione di ERBB2 incorporando la logica dei test clinici nella sua architettura, superando così i limiti dei modelli convenzionali e riducendo la necessità di test di conferma ad alta intensità di risorse.

Xiaohua Zeng, Yansong Ba, Long Wang, Xiaomin Xiong, Xin Zhou, Qingming Jiang, Sihao Liu, Shanqi Li, Zhigang Pei, Tao Zha (…)2026-06-29
🧬 biology

Causal Responsibility Based Explainable AI for Vibrational Spectroscopy Applied to Cancer Diagnostics

Questo articolo introduce Spec-ReX, un metodo di Intelligenza Artificiale Spiegabile basato sulla responsabilità causale per la spettroscopia vibrazionale nella diagnostica del cancro, e ne valida rigorosamente le prestazioni rispetto ad altre tecniche di XAI attraverso dataset in silico, in vitro ed ex vivo per rispondere alla critica necessità di processi decisionali clinici trasparenti.

Nathan Blake, David Kelly, Sarah Kapllani-Mucaj, Rong Wang, Geraint Thomas, Hana Chockler2026-06-29
🧬 biology

Cohesin-mediated replication fork tethering enables fork slowing and reversal

Questo studio rivela che l'estrusione di loop mediata da coesina lega forche di replicazione adiacenti per promuoverne il rallentamento e la reversione durante lo stress da replicazione inibendo PRIMPOL, integrando così l'organizzazione del genoma con la tolleranza al danno del DNA per proteggere la stabilità genomica.

Massimo Lopes, Daniel González Acosta, Daniel Giménez-Llorente, Melani Rodrigues, Moses Aouami, Orhi Barroso-Gomila, Jav (…)2026-06-29
🧬 biology

The Artemis I mission reshaped seed amino acid composition and post-flight plant growth in a genotype-dependent manner

La missione Artemis I ha indotto cambiamenti dipendenti dal genotipo nei profili degli amminoacidi dei semi e nella crescita post-volo in *Arabidopsis thaliana*, rivelando che il metabolismo degli amminoacidi a catena ramificata è un fattore critico che influenza le risposte delle piante all'esposizione allo spazio profondo.

Joanne E Thomson, Evan Angelos, Ramona Gaza, Dinah Dimapilis, Ye Zhang, Kamber Scott, James O’Keefe, Federica Brandizzi2026-06-29
🧬 biology

Genetic dissection of dynamic leaf area index variation in maize using UAV-based phenotyping and time-series genome-wide association studies

Questo studio stabilisce un quadro robusto che integra il fenotipizzazione multispettrale basata su UAV e gli studi di associazione genome-wide in serie temporali per identificare loci genetici dinamici e il gene candidato *Zm00001d048615* che regolano l'indice di area fogliare del mais, offrendo obiettivi preziosi per il miglioramento dell'architettura della chioma e della resa.

Xuyang Wang, Jiaojiao Ren, Penghao Wu2026-06-29
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Sustained transcription and permissive chromatin in murine spermiogenesis

Questo studio mette in discussione la visione consolidata secondo cui la spermiogenesi comporti un silenziamento trascrizionale globale, dimostrando che il genoma aploide rimane trascrizionalmente attivo e dinamicamente organizzato durante questa fase, rendendo necessaria una ridefinizione del differenziamento degli spermatidi tardivi come un periodo di specializzazione trascrizionale piuttosto che di spegnimento.

Bing Li, Yimin Lao, Jingdong Xue, Yixuan Pan, Mengyuan Peng, Qi Zhang, Ming Yu, Lijuan He, Meiyang Liu, Mingqian Hu, Yuq (…)2026-06-29
🧬 biology

Daily symptom reports enable four-phase menstrual cycle tracking without wearables: Implications for equitable digital health

Questo studio dimostra che un modello ibrido di apprendimento automatico che utilizza la variabilità giornaliera dei sintomi auto-riportati può classificare accuratamente quattro fasi del ciclo mestruale senza l'ausilio di sensori indossabili, offrendo una soluzione scalabile ed equa per il monitoraggio della salute riproduttiva globale.

Bernhard Specht, Mohammad EL-Khozondar, Samaher Garbaya, Reinhard Schneider, Djamel Khadraoui, Zied Tayeb2026-06-29
🧬 biology

Efficient exploration of conformational ensembles via protein interaction-informed deep learning

Questo articolo introduce DynoM, un framework di deep learning generativo addestrato sulle interazioni tra complessi proteici che supera significativamente i modelli esistenti basati solo su monomeri nella previsione di ensemble conformazionali accurati e nella soppressione delle allucinazioni strutturali, sfruttando i vincoli fisici a lungo raggio inerenti ai dati dei complessi.

Zilin Ren, Duo Liu, Qianyi Jia, Qiantong Jin, Yubin Liu, Chan Liu, Zhixiang Sui, Luyao Han, Yixiang Zhang, Xin Yang, Pin (…)2026-06-29
🧬 biology

Delayed downstream detection and persistence of fish eDNA in a low-flow stream: a field observation

Questo studio fornisce prove sul campo che, nei corsi d'acqua a basso flusso, i segnali di eDNA dei pesci mostrano una comparsa ritardata a valle e persistono per un periodo dopo la rimozione dell'organismo sorgente, evidenziando la necessità di tenere conto della dinamica del trasporto e della persistenza temporale quando si interpretano i dati di eDNA negli ecosistemi lotici.

KeonHee Kim, KyuJin Kim, JongWook Kim, JaeGoo Kim, Ji-Woong Choi, Min-Ho Jang2026-06-29